Создание «Гэнъёся» положило начало организации других националистических обществ, внешне имевших различные предназначения, но в тайне ставивших одну единственную цель — выявлять уязвимые места у китайцев и русских, вести подрывную и разведывательную работу на их территории, готовить почву для японского вторжения.
В 1898 г. 2 небольших общества, возникшие вскоре после «Гэнъёся», объединились и образовали «Восточно-азиатское общество единой культуры». Официально его целью была объявлена выработка и распространение единой системы письменности для японо-китайского сближения. Деятельность этого общества ограничивалась территорией Китая.
В Шанхае японцы основали школу, известную как колледж Тун Вэня. Она готовила своих слушателей для работы в качестве тайных агентов в Восточной Азии. К 1908 г. колледж закончили 272 человека, которые затем были направлены на работу в Китай, Бирму, Индию и на Филиппины. Колледж продолжал свою бурную деятельность до самой капитуляции Японии в 1945 г.
Самым значительным из всех японских националистических обществ было Кокурюкай — «Общество черного дракона», основанное в 1901 г. Утидой Рёхэем. «Черный дракон»-это японское название реки Амур. В самом названии этой организации содержался намек на его главную цель — вытеснить русских за Амур. Вся деятельность Кокурюкай была направлена на войну с Россией, цель его работы заключалась в обеспечении успеха японской армии при помощи своих шпионских сетей. Все создатели «Кокурюкай» имели опыт шпионажа в Азии. К 1944 г. Кокурюкай насчитывало свыше 10 000 членов. Его деятельность охватывала такие отдаленные друг от друга районы как Россия, Северная Африка, США и Латинская Америка.
Как и другие подобные организации, общество «Кокурюкай» имело ряд собственных учреждений. Так в Токио ему принадлежало 2 школы, где проводилось обучение шпионажу. Подобная же школа существовала и в Осаке.
Формально японские националистические общества — «Гэнъёся», «Кокурюкай» и другие — были негосударственными организациями и не зависели друг от друга. На деле же, все они имели тесные связи с правительством и между собой и проводили единую политику, направленную на установление господства Японии в Азии, а затем во всем мире. Они оказывали постоянное сильное влияние на сторонников агрессивного курса в Японии, помогали тем, кто сочувствовал их целям занять высокие посты в правительстве и армии, устраняли их противников — политически или физически.
Своих членов националистические общества вербовали среди представителей различных социальных слоев. Например, членом «Кокурюкай» был премьер-министр Хирота Хиротакэ. Основным требованием к членам была беззаветная верность. Именно замечательная преданность членов привела к тому, что деятельность этих организаций за пределами Японии стала весьма значительной и опасной для других стран, в первую очередь для России. Агентам не обещали никаких наград, да они и не рассчитывали на это, считая, что их наградят боги. В националистические общества входили многие военнослужащие, работники официальной службы разведки. В свою очередь националистические общества отдали разведке многих своих лучших агентов.
Все агенты националистических обществ проходили курс обучения в специальных школах, где они изучали иностранные языки, методы конспиративной работы, а также дзю-дзюцу. Возможно, некоторые из них осваивали определенные приемы и из арсенала ниндзя.
С началом русско-японской войны большинство японских агентов покинуло вражескую территорию и с этого момента основной ударной силой японского шпионажа стали наскоро обученные китайцы, монголы и корейцы. Это сильно снизило качество работы, но в условиях использования колоссального количества агентов и почти полного попустительства русской контрразведки все равно обеспечило японскую армию необходимыми данными.
Разведка внесла огромный вклад в победу Японии в русско-японской войне. Например, французский корреспондент Людовик Нодо так оценивал деятельность японских шпионов: «Если бы меня после моего 10-месячного пребывания в Маньчжурии спросили, чем объясняю я… тот успех, который японцы одержали над русскими, то я ответил бы: японцы знали, а русские не знали».
По оценкам специалистов, ни в одной из предыдущих войн шпионаж не применялся в столь широких размерах, как в русско-японской войне 1904–1905 гг. В 1904 г. на разведывательную деятельность против России японцы истратили более 10 % всех средств, ассигнованных на войну. В результате японцы постоянно на шаг опережали русские войска. Например, о готовящемся кавалерийском рейде на Инькоу генерала Мищенко штаб фельдмаршала Оямы был осведомлен по крайней мере за 2 недели до того, как об этом узнали русские части, которые должны были принять участие в налете.