Как видно из самого названия школы, она передавалась в семье Куки. Основателем клана Куки и одновременно Куки синдэн-рю считается Куки Якусимару Курандо Такадзанэ, который прославился своими подвигами в 30-х гг. XIV в., когда он сражался на стороне императора Годайго против клана Ходзё и мятежника Асикаги.
Семья Куки принадлежала к слою мелких феодалов и активно занималась пиратством. Благодаря этому Куки прославились, прежде всего, как замечательные флотоводцы. Достаточно упомянуть знаменитого самурая этого клана Куки Ёситаку, «адмирала» Оды Нобунаги и Тоётоми Хидэёси.
Внук Ёситаки, Куки Садатака (XVII век) познакомил с учением семейной школы Окуни Кихэя Сигэнобу из провинции Идзумо, который к тому времени уже был 29-м патриархом школы Тёсуй-рю, созданной по преданию Отомо Кома-ро, изучавшим искусство рукопашного боя у китайского мастера Цзянь Чжэня, приехавшего в Японию в правление императрицы Кокэн (749–758), и известной под названием «Тёсуй-рю дакэн-дзюцу» — «Искусство кулачных ударов Тёсуй-рю». С Окуни Сигэнобу берет начало «внешняя» ветвь (в противоположность «внутренней» ветви семьи Куки) Куки синдэн-рю, традицию которой и унаследовал Хацуми Маса-аки. Никаких сведений о причастности Куки к ниндзя нет, как нет и упоминаний о передаче этой семейной традиции в руки кого-либо из «невидимок». Правда в источниках сообщается, что позже Окуни Кихэй стал ямабуси на горе Кума-но, но было это во второй половине XVII в., когда ямабуси уже давно утратили былую воинственность, а нин-дзюцу медленно умирало. Непричастность Куки синдэн-рю к ниндзя подтверждается и самой техникой школы, о чем свидетельствуют недавно выпущенные учебные фильмы самого Хацуми, в которых приемы боя с оружием (с мечом, копьем и шестом) и без него демонстрируются в тяжелом самурайском доспехе ёрои! Кстати, «секретная ниндзевская техника» фехтования мечом в Куки синдэн-рю в действительности по прямой линии восходит к таким «самурайским» школам как Катори Синто-рю (ее изучал Окуни Киёдзаэмон-но дзё у наставника Такатани Гэндзаэмона) и Бокудэн-рю, основанной одним из учеников Цукахары Бокудэна, последователя Катори Синто-рю и создателя Касима Синто-рю. Таким образом, практически вся техника боя с оружием и часть техники борьбы без оружия в Будзинкане никак не связаны с традициями рукопашного боя ниндзя.
Такаги Ёсин-рю, другая школа, входящая в программу Будзинкана, является родственницей Куки синдэн-рю. Такаги Ёсин-рю — «Школа возвышающегося сердца семьи Такаги» — ветвь одной из крупнейших школ японских бу-дзюцу Такаги-рю. Она включает в себя технику боя шестом, копьем, алебардой, метание сюрикэнов и дзю-дзюцу.
По преданию, основы Такаги-рю заложил буддийский монах Унрю — «Текущее облако» — из провинции Рикудзэн, что на севере Хонсю. Произошло это в 1570 г.
Унрю передал свое учение некоему Ито Кии-но Ками Сукэтаде, который положил в основу своей системы технику боя длинным шестом (бо-дзюцу) и разработал приемы с копьем, алебардой, короткой палкой, мечом и кодати.
С начала XVII в. эта традиция стала передаваться в небольшой самурайской семье Такаги, служившей князьям Сироиси и давшей свое имя этой школе бу-дзюцу. Большую роль в становлении Такаги-рю сыграл Такаги Ориуэмон Си-гэтоси (1625–1711), который добавил к имевшейся технике некоторые приемы сумо и разработал систему борьбы без оружия (тай-дзюцу) из 48 приемов.
Мастерство Ориуэмона было столь блестящим, что о нем уже при жизни ходили легенды. Так в одной из версий его биографии утверждается, что он был выходцем из знатного рода Огасавара, потерял господина в бою, стал ронином, но позже поступил на службу к сильному клану Мори. В другой легенде говорится, что однажды он проиграл бой патриарху школы Такэноути-рю Такэноути Хитати-но сукэ Хисакацу и был вынужден пойти к нему в ученики, благодаря чему еще больше усовершенствовал свое искусство. В 1695 г. за выдающееся мастерство в бу-дзюцу его назначили главным наставником по 6 видам боевого искусства княжества Овари. Позже он служил телохранителем у Нарусэ Хаято и получал за свою службу 300 коку в год.
Такаги Ориуэмон передал секреты Такаги-рю своему сыну, Такаги Уманосукэ (1656-?), который начал открытое преподавание Такаги-рю как комплексного бу-дзюцу. Уманосукэ называл свою технику Такаги-рю тай-дзюцу косино-мавари, или эмоно-дори («захват оружия») и больше всего любил работать копьем. При нем Такаги-рю получила распространение во многих районах Овари.