Пристально наблюдая русскую жизнь, Ахмад Дониш думал, что по возвращении на родину обязательно расскажет обо всем эмиру и убедит его принять меры к переустройству страны по русскому образцу. Однако надежды его были напрасны.
Дониш подробнейшим образом изложил все увиденное в России, однако его рассказ, выслушанный не то с удивлением, не то с равнодушием, не отрезвил эмира. Это было полное крушение юношеских мечтаний Ахмада Дониша. И все-таки он еще верил, что эмира можно направить на путь справедливости и гуманности посредством отстранения от управления государством реакционного духовенства и самодуров-правителей.
В 1860 году на бухарский престол взошел эмир Музаффар. Правление этого невежественного и слабовольного человека ознаменовалось еще большим экономическим ослаблением государства и дальнейшим ухудшением положения трудящихся.
Деспотизм, насилие, эксплуатация и разгул реакции достигли предела. Бесконечные интриги, наветы, клевета вынуждали просвещенных и образованных людей отказываться от государственной службы и жить в нищете и унижении. В эти годы Ахмад Дониш, хотя и не занимавший определенной государственной должности, продолжал официально числиться при дворе эмира.
Слава о нем, как о большом ученом и замечательном мастере, теперь уже давно перешагнула придворный круг, завоевав признание всех просвещенных и образованных людей того времени.
Опираясь на свое высокое общественное положение, Ахмад Дониш прилагал усилия к тому, чтобы склонить эмира к государственным реформам, прежде всего в области науки и просвещения.
В своей касыде, посвященной эмиру Музаффару, он недвусмысленно пишет, что главе государства, если он желает блага стране, следует окружать себя не кучкой кровожадных подлецов и тиранов, а передовыми образованными людьми — учеными, ли тераторами, врачами, художниками.
Однако эмир не захотел прислушаться к советам Ахмада Дониша. Государственная и экономическая система страны оставалась в том же опасном состоянии затянувшегося кризиса. Тем временем большая часть территории, принадлежавшей Бухарскому ханству, отошла к России..
В «Историческом трактате» Ахмад Дониш пишет, что в результате безрассудной политики эмира военные действия получили большой размах и, в результате, на полях сражения погибли тысячи невинных людей.
После подписания мирного договора 1868 года эмир Музаффар направляет в Петербург свое посольство, в состав которого был включен снова Ахмад Дониш. Посольство должно было выразить императору Александру верноподданические и дружественные чувства эмира Музаффара и попросить его вернуть эмиру некоторую часть бывшей территории эмирата, отошедшей к России согласно мирному договору.
Прибыв в Петербург 2-3 ноября 1859 года, делегация пробыла там более двух месяцев — до 10 декабря.
В этот раз Ахмад Дониш еще лучше ознакомился с политической, экономической и культурной жизнью России. Вместе с другими бухарскими послами он посетил сельскохозяйственный, геологический и транспортный музеи, обсерваторию, экспедицию по производству бумаги, казну государственного банка, стекольный и фарфоровый завод, кораблестроительные верфи, крепость Кронштадт, побывал на спектаклях оперы «Царь Кондаль», балетов «Конек-Горбунок» и «Корсар», присутствовал на торжественной церемонии при закладке памятника Екатерине II. В свое пребывание в Петербурге Ахмад Дониш близко сошелся с драгоманом Министерства иностранных дел России Казимбеком, который, по словам Дониша, был весьма образованным человеком. Благодаря ему Ахмад Дониш познакомился, в общих чертах, с образом жизни и обычаями русского народа.
На официальных встречах и приемах Ахмад Дониш выделялся своей образованностью и эрудицией и поэтому правительственные круги отнеслись к нему с особым уважением и вниманием.