Основателем Троице-Одигитриевой пустыни является Захарий Васильевич Верховский (1768–1833). Он остался в истории как пустынник схимонах Зосима, духовный писатель (написал, например, «Жизнь монаха и пустынножителя Василиска»), проживший 30 лет на безмолвии монах, затем основавший 2 монастыря (1822 г. – Свято-Троицкий Николаевский монастырь в г. Туринске в Западной Сибири; 1826 г. – Одигитриева пустынь в Подмосковье). З.В. Верховский происходил из древнего дворянского рода, известного с 1620 г.; родился он в семье полковника Смоленской шляхты. Верховский получил прекрасное домашнее образование, затем служил в привилегированном Преображенском полку. В 1789 г. он отдал свое имение родственникам, так как в 21 год окончательно решил стать монахом. Верховский прибыл на о. Коневец на Ладожском озере, там в Коневском монастыре он был пострижен с именем Зосима. Затем вместе со старцем Василиском он вел отшельническую жизнь на о. Коневец. В 1799 г. они отправились в сибирские леса, где продолжили жизнь отшельников в окрестностях современного города Кузнецка. Отец Зосима основал в Западной Сибири в 1822 г. Свято-Троицкий Николаевский женский монастырь в г. Туринске, этому содействовал митрополит Московский Филарет. В Туринском монастыре воспитывались и стали монахинями его осиротевшие племянницы Варвара и Матрёна, ставшие монахинями Верой и Маргаритой (умерли соответственно в 1868 и 1859).
В 1825 г., когда отецу Зосиме было 57 лет, он приехал в Москву, был принят святителем Филаретом и с его благословения поселился в Подмосковье. К старцу Зосиме приехала часть монахинь (22 сестры) из Туринского монастыря, они не хотели жить без его личного и регулярного духовного общения с ними. Жить им было негде, поэтому поначалу их приютила в своем доме госпожа М.С. Бахметева, потом она отдала им часть земли на своей даче в Верейском уезде. Старец Зосима понял, что нужно официально создавать и обустраивать новую женскую обитель. Для постоянного размещения обители и обеспечения ее жизнедеятельности разные люди пожертвовали земли в Верейском уезде и других местах. Жертвователями средств и земель для обители стали, кроме М.С. Бахметевой, помещик В.И. Булыгин, родственники старца Зосимы – дворяне Верховские, известный московский благотворитель, купец 1-й гильдии С.Л. Лепёшкин, грузинская царевна Тамара и грузинский царевич Ираклий и др. Старец Зосима назвал новую женскую обитель – Одигитриева, впоследствии ее стали называть Троице-Одигитриевым монастырем. Принять считать 1826 г. датой основания этой женской обители. В 1833 г., в возрасте 65 лет, Зосима принял схиму, стал схимонахом. Он умер в 1838 г. в возрасте 70 лет. Над его могилой возвели храм, посвященный по его воле Живоначальной Троице. В 1839 г. в пустыне похоронили и М.С. Бахметеву, которая в последние годы ее жизни жила в фактически созданной, но официально еще не утвержденной обители.
В 1841 г. при помощи митрополита Филарета (см. с. 39) было утверждено женское общежитие, его первой настоятельницей стала матушка Вера (Варвара Верховская). В 1868 г. под полом южного придела монастырского Троицкого храма ее похоронили, а в 1859 г. – и первую схимонахиню обители Маргариту (Матрёну Верховскую) – племянниц старца Зосимы. С момента создания пустыни богатый московский купец С.Л. Лепёшкин (умер в 1855), а затем его сыновья оказывали очень большую финансовую помощь обители. На средства главным образом Лепёшкиных, а также грузинской царевны Тамары и царевича Ираклия, других жертвователей в обители вели строительство, в первую очередь возводили, расширяли, украшали храмы. В 1856 г. женская община была преобразована в монастырь. В обители духовная связь с расположенной в г. Козельске (на Калужской земле) Введенской Оптиной пустынью (см. с. 277) была очень тесной. В 1855 г., когда расширили Троицкий храм двумя приделами, его освятил митрополит Филарет в сослужении с Оптинскими старцами Макарием (Ивановым), Антонием и Моисеем (Путиловыми); эти старцы в 1996 г. были канонизированы. Многие из первых пострижниц обители были духовными дочерьми Антония (Путилова). Троице-Одигитриева Зосимова пустынь в царский период имела цветущий вид. В детские годы в этот монастырь любит приезжать Василий Меркулов – будущий святой старец Варнава Гефсиманский.