После полного закрытия монастыря и роспуска сельскохозяйственной артели «Зосимова пустынь» в монастырских строениях устроили инвалидный дом, функционировавший здесь с 1928 по 1968 г. При этом монастырский храм продолжал действовать как приходской. Но в 1932–1933 гг. по решению местного совхозного начальства и при поддержке районных властей Троицкий собор закрыли; в 1933 г. в нем открыли клуб. Верующие люди в 1932 г. перезахоронили останки старца Зосимы на кладбище. Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в бывшем монастыре размещался военный госпиталь. С 1967 г. на территории монастыря размещался пионерский лагерь для детей сотрудников Московского метрополитена «Бекасово»; тогда монастырскую колокольню использовали как водонапорную башню.
Конец ХХ в. ознаменовался существенным улучшением отношений государства и Русской Православной Церкви. В 1990-е гг. праправнучатая племянница старца Зосимы – Людмила Александровна Верховская – стала инициатором возвращения Троице-Одигидриевой Зосимовой пустыни Русской Православной Церкви. Объединенными усилиями многих и разных людей начали кампанию возрождения женской обители. В 1999 г. в монастырских постройках стало действовать подворье Московского Новодевичьего монастыря. В 2000 г. Троице-Одигитриева Зосимова пустынь возродилась (подворье было преобразовано в пустынь, т. е. в небольшой самостоятельный монастырь).
В 1999 г. старец Зосима был канонизирован: причислен к лику местночтимых святых. Последняя игуменья обители матушка Афанасия также была канонизирована, она почитается как преподобноисповедница. Инициатор возрождения обители Л.А. Верховская стала насельницей возрожденной пустыни.
Предстоит сделать очень многое для восстановления архитектурного комплекса монастыря, его истинного возрождения как мощного духовно-религиозного центра. Соборный монастырский храм во имя Живоначальной Троицы (1838, расширен в 1855) в советский период был закрыт, отдан для использования в светских целях, разорен и переоборудован. Храм во имя Иконы Смоленской Божией Матери Одигитрии (1852) был разорен вскоре после Великой Отечественной войны. Надвратный храм во имя Рождества Иоанна Предтечи во 2-м ярусе колокольни (освящен в 1857) в начале 2000-х гг. еще не действовал. В возрожденной пустыни и около нее имеются почитаемые святыми источники. На территории Троице-Одигитриевой Зосимовой пустыни находится безымянный источник, почитаемый святым. Кроме того, в 3 км от Троице-Одигитриевой Зосимовой пустыни находится святой источник, который здесь называют «Отчин колодец».
В Троице-Одигитриевой Зосимовой пустыни и раньше, и теперь знают, помнят и любят рассказывать приезжающим в эту женскую обитель об особом действии Промысла Божьего в основании и развитии именно здесь монастыря во имя иконы Смоленской Божией Матери Одигитрии, о земной жизни здесь и праведных делах русских святых – митрополита Филарета и старца Зосимы Верховского.
Смоленская икона Божией Матери по преданию была написана самим апостолом и евангелистом Лукой. Еще в Греции она прославилась множеством чудес. В Россию – тогда Русь – образ прибыл в 1046 г., когда греческий император Константин выдавал свою дочь Анну за черниговского князя Всеволода Ярославича, он благословил свою дочь этой иконой в путь. Именно поэтому эту икону называют Одигитрией (Путеводительницей). После смерти черниговского князя Всеволода его сын Владимир Мономах перенес эту икону в Смоленск – тогда она и получила свое название – Смоленская. Икона прославилась на Руси во время нашествия хана Батыя, ее стали здесь повсеместно почитать чудотворной. В 1400 г. икону перенесли в Москву, затем при великом князе московском Василии II Темном ее вернули в Смоленск, но в Москве остался ее список. Чудотворная икона пребывала в Смоленске до 1941 г., а затем в 1941 г. она пропала. В Москве в Успенском соборе Кремля хранится древняя Смоленская икона из Надвратной церкви, которая всю Отечественную войну 1812 г. находилась при русских войсках. Именно перед этой иконой накануне Бородинского сражения в 1812 г. молился М.И. Кутузов. Смоленская икона Божией Матери почитается как вдохновительница победы русского народа в Отечественной войне 1812 г., как защитница России от ее недругов с Запада (в прошлом Руси-России именно с Запада часто приходили враги). Перед Смоленской иконой Божией Матери молятся о помощи от врагов с Запада, о сохранении и помощи в пути.