"Вместо ферментов рестрикции, - говорит Крейг, - мы случайным образом разрезали ДНК на мелкие фрагменты - двадцать пять тысяч фрагментов в одной пробирке для первого генома. Затем все эти фрагменты были секвенированы, и двадцать пять тысяч фрагментов были точно собраны заново". Крейг писал об этом процессе секвенирования Haemophilus в книге "Жизнь со скоростью света": "В результате 1,8 миллиона пар оснований генома [Haemophilus] были воссозданы в компьютере в правильном порядке. Следующим шагом стала интерпретация генома и определение всех входящих в него генов".
В 1995 году команда изложила результаты се-квенирования Haemophilus и их интерпретацию в статье в журнале Science под названием "Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd": "Тот факт, что мы смогли собрать Haemophilus с помощью алгоритма так быстро и так точно, бросил вызов всем. "Они использовали тот же аргумент, что и при секвенировании генома человека, - что на секвенирование такого количества ДНК старыми методами уйдут десятилетия. Но потом мы добились успеха с Haemoph-ilus, доказав, что математически это можно сделать гораздо быстрее. Это также доказало, что с помощью этого метода можно секвенировать геном человека. Это было бы невозможно, если бы мы не сделали сначала Haemophilus".
Когда геном Haemophilus был опубликован, он добавил: "Фред Сэнгер даже прислал мне милую записку от руки... в которой сказал, что всегда верил, что мой подход сработает, но у него не было возможности проверить его, потому что его коллеги хотели получить свой собственный кусок ДНК".
После секвенирования Haemophilus influenzae и Mycoplasma genitalium Крейг привлек к себе большое внимание в СМИ и научных кругах. Хэма и Крейга пригласили прочитать президентскую лекцию в Американском обществе микробиологии на его ежегодном собрании в Вашингтоне. "Хэм представил меня, и я прочитал лекцию", - рассказывает Крейг. "В конце произошло редкое для науки событие: двадцать тысяч ученых поднялись на ноги и аплодировали нам стоя за секвенирование первого в истории организма".
"Этот успех позволил нам получить крупное финансирование и продолжить эти ранние эксперименты и проверки секвенирования дробовика с использованием бактерий", - говорит он. Одним из главных спонсоров, сторонников и болельщиков почти всех проектов Крейга после Haemophilus был Ари Патринос, который в 1995 году был назначен ответственным за биологические и экологические исследования в Управлении науки Министерства энергетики США (DOE). Позже Патринос вспоминал, как он упустил шанс профинансировать Haemophilus, потому что о том, что рецензенты из министерства энергетики наплевали на предложенный проект. "Я хотел профинансировать секвенирование первого микробного генома, - говорит он, - но все отзывы о проекте были отрицательными. Все эти эксперты считали, что Крейг не справится. В конце концов я отменил их решение, что мне было разрешено, но мне пришлось пройти через всю бумажную волокиту, чтобы добиться отмены решения, а тем временем Крейг раздобыл немного частных денег и смог профинансировать первую работу без DOE, потому что мне потребовалось слишком много времени, чтобы получить разрешение". Однако после этого его бюро "финансировало практически все". "И это была одна из лучших вещей, которые я сделал", - сказал Па-тринос, потому что работа Крейга "была новаторской и очень сильно изменила мировоззрение научного сообщества в этой области".
Крейг вспомнил об одном откровенном открытии, сделанном в первые дни поддержки МЭ. "После Haemophilus и M. genitalium Министерство энергетики выделило нам двадцать или тридцать ге-номов, - говорит Крейг, - и создало консультативный комитет, чтобы помочь нам сделать выбор: Какие наиболее важные виды микроорганизмов на планете мы должны изучить в первую очередь?" В комитет вошли известный микробиолог Рита Колвелл, которая впоследствии стала директором Национального научного фонда, и Карл Виз, микробиолог, разработавший процесс штрихкодирования видов с помощью 16S рРНК и открывший существование типа клеток архея.