Затем образцы были отфильтрованы через три все более тонких фильтра, которые ученые использовали еще в Галифаксе: каждый круглый лист размером со средний диск виниловой пластинки. После того как вода была прокачана через них, фильтры были запечатаны буферами и хранились в бортовом холодильнике при температуре минус 80 градусов Цельсия, готовые к отправке обратно в JCVI на сухом льду в ближайшем порту с аэропортом.
Брук Дилл так отозвалась о сборе образцов: "Мне понравилось то, что это было очень просто и в какой-то степени душевно. Мы брали воду и прогоняли ее через фильтры с помощью компрессоров". Компрессоры находились в машинном отделении. "Нужно было следить за тем, что поступает, чтобы в воде не было слишком много всякой дряни, чтобы мы ничего не взорвали и трюмы не засорились. На стреле был установлен датчик, который определял, что насос всасывает воду. В то же время мы записывали температуру, pH и другие показатели, а также широту и долготу, чтобы убедиться, что мы точно определили место, где находимся. А потом, после того как фильтры были готовы, их упаковывали в вакуум".
"Чаще всего мы слушали музыку во время работы", - добавила она. "Джеффу нравился хэви-метал, но я играла классический рок, когда была там".
Позже ученые из института Крейга проанализировали образцы, взятые от Галифакса до Флориды и далее. Они обнаружили большое разнообразие микробных популяций в отдельных образцах, в зависимости от того, где они были взяты из моря. Глубина сыграла большую роль в возникновении этих различий. Вариации температуры и солености также имели значение. В 2007 году в статье PLoS Bi-ology ученые JCVI сообщили, что образцы, взятые в первые дни экспедиции у восточных берегов США, в итоге оказались разделены на "два четко определенных кластера" . Пять образцов, взятых по маршруту от Новой Шотландии через залив Мэн, содержали схожие сообщества бактерий в глубоководной части моря и в более низких, холодных водах. Далее на юг образцы, взятые в эстуариях Чесапикского и Делавэрского заливов, были очень похожи друг на друга и заметно отличались от северных образцов. "Эстуарии - сложные гидродинамические среды, в которых наблюдаются сильные градиенты кислорода, питательных веществ, органического вещества и солености, и на которые сильно влияют антропогенные питательные вещества", - отмечается в статье 2007 года в журнале PLoS Biology, первый автор Дуглас Раш, специалист по вычислительной биологии из JCVI, и группа соавторов9. Однако "образец из эстуария залива Фанди... явно не сгруппировался с двумя другими эстуариями, а скорее с северной подгруппой, что, возможно, отражает различия в скорости или степени смешивания [соленой и пресной воды] в месте отбора проб". Геномика собранных бактерий также показала различия в том, как организмы реагируют и живут в этих разных местах.
На следующий день, 21 декабря 2003 года, после еще одного долгого дня съемок и отбора проб, "Колдун II" вышел в море у Чарльстона, Южная Каролина. Когда погода снова стала бурной, завывающие ветры и проливной дождь заставили измученных ученых, кинооператоров и членов экипажа спуститься на воду, не понимая, что им грозит катастрофа и одна из самых серьезных проблем за все время плавания.
Снаружи дул ветер, и дождь, смешанный с градом, непрерывно стучал по главной каюте. Чарли Ховард приказал первому помощнику проверить и убедиться, что якорь, поднятый на носу, надежно закреплен. При почти штормовом ветре Говард опасался, что якорь может сорваться и упасть на корпус судна, что легко может пробить дыру в его борту. В обычной ситуации Чарли сделал бы это сам, но ему только что сделали операцию на колене. Поэтому он отрядил Брук Дилл и еще одного члена команды, которую мы назовем Ким - ее в итоге уволили, так что мы изменим ее имя, - чтобы они проверили это.
Позднее Дилл вспоминал об этой бурной сцене: "Мы поднялись на нос, и волны обрушились на нас с такой силой, что спасательный жилет Ким надулся". Но "солнце садилось, и нам пришлось спускать якорь". Когда Ким начала завязывать узлы, "я наблюдал за ней и не был уверен, что у нее все получается - ну, знаете, узлы, - и я спросил, уверена ли она, что у нее все есть. Она ответила "да" и приказала мне вернуться в хижину. Я переспросил ее еще дважды, и она накричала на меня, сказав, что все в порядке".