"Я помню, что гавань в Пуэрто-Айоре была довольно тесной", - говорит Хоффман. "Обычно туда не заходят огромные стофутовые яхты, там много рыболовецких судов и лодок для дайвинга. Так что заходить туда, где мы собирались бросить якорь, было очень нервно". Сам город был наполнен прибрежными лавками ремесленников, ресторанами, интернет-пабами и отелями. "На острове пахнет вулканической пылью и ветром, - пишет Брук Дилл, - сухим деревом и иногда рыбой. Мы можем легко пройти расстояние до этой деревни по ее мощеным улочкам за 10 минут. Морские львы греются на набережной, бурые олуши и пеликаны ныряют в воду, морские игуаны лениво лежат на камнях, стаи золотых скатов скользят по заливу, а водные такси деловито переправляют людей в деревню и обратно".
Научный писатель Джеймс Шрив приехал в экспедицию несколько недель спустя, чтобы собрать информацию для статьи для Wired. В статье, которую он в итоге опубликовал, рассказывается о целях и планировании галапагосского путешествия, а также о некоторых ожиданиях команды относительно того, что они найдут. В ней также отмечается, что Крейг черпал вдохновение у Чарльза Дарвина:
Вентер считал, что его экспедиция идет по стопам Дарвина, и теперь он заходил в те же бухты и пробирался по тем же скалистым тропам, что и сам великий человек. Он заранее договорился с учеными Исследовательской станции имени Чарльза Дарвина на острове Санта-Крус, чтобы взять пробы в наиболее продуктивных местах. Среди них было несколько необычных сред, каждая из которых могла содержать уникальный спектр микробной жизни, с различными путями метаболизма и, следовательно, различными наборами генов.
Первая экскурсия экспедиции на Галапагосы была наземной: они отправились в глубь острова Санта-Крус, где историк и местный гид Грег Эстес провел их к участку, изрытому "туманными, первобытными кратерами", как опишет их Дилл в своем журнале. Оттуда они отправились в лес, полный гигантских маргариток. Дарвин собирал их в 1830-х годах, обнаружив, что эти растения встречаются на нескольких островах и при этом отличаются друг от друга. "Это было его самое большое представление о видовой радиации", - пишет Дилл. Группа также видела птиц-фрегатов, которые взлетали после купания в небольших внутренних озерах. Их семифутовые взмахи крыльев в этом странном ландшафте придавали им вид птеродактилей, живших миллионы лет назад.
Во время исследования Галапагосских островов экипаж дополняли смотрительница парка по имени Симона и океанограф и микробиолог Виктор Гальярдо, профессор кафедры океанографии в Университете Консепсьона на юге Чили. Крейг познакомился с Гальярдо во время визита в Чили и узнал о его знаниях в области океана между Южной Америкой и Гала-Пагосами. В то время Гальярдо занимался десятилетним исследованием питательных веществ, которыми питается океанская жизнь в юго-восточной части Тихого океана у берегов Чили, включая микроскопические организмы, находящиеся в нижней части пищевой цепи и питающие фитопланктон и другие микроорганизмы. Позже Галлардо назовет свое пребывание на судне Sorcerer II на Галапагосах одним из самых захватывающих проектов в его жизни и источником постоянного обучения: "Я до сих пор работаю над пониманием некоторых открытий, которые мы сделали на Галапагосах".
Одним из нежелательных событий на Галапагосах стало возобновление утверждений некоторых критиков о том, что Крейг тайно пытается украсть микроприроду островов. Биодипломаты JCVI в течение нескольких недель работали над соглашением с эквадорским правительством в его посольстве в Вашингтоне и с официальными лицами в столице Эквадора Кито. Несмотря на эти усилия, 10 марта 2004 года ETC Group - та же организация, которая назвала Крейга "биопиратом" на Бермудских островах, - опубликовала на своем сайте "ком-муник" под заголовком: "Играя в Бога на Галапагосах: Дж. Крейг Вентер, мастер и командир геномики, в глобальной экспедиции по сбору микробного разнообразия для инженерии жизни. Снова обвиняя Крейга в эксплуатации, группа отметила, что один из его институтов финансируется Министерством энергетики "для создания в лаборатории новых форм жизни, которые можно было бы использовать для производства энергии или очистки парниковых газов". Экзотические микробы - такие, как найденные на Галапагосах, - являются сырьем для создания новых источников энергии и новых форм жизни".