В конце июня корабли дошли до северо-восточной оконечности острова Борнео. Около месяца моряки пробыли в столице княжества Бруней, богатом восточном городе. Здесь испанцы вступили в преддверие Восточных Индий, в край с высокой и древней культурой.
Мореплаватели отличились наглыми пиратскими предприятиями, которые вызвали возмущение у местного населения. Спасая себя, Карвалью вышел в море, оставив на берегу в руках у брунейского раджи группу моряков.
Вскоре судовые команды вынесли решение сместить Карвалью. На его место избран был Гонсало Эспиноса, мужественный и честный человек, в свое время оказавший Магеллану неоценимые услуги при подавлении мятежа в бухте Сан-Хулиан. Капитаном «Виктории» стал баск Себастьян Элькано, молодой моряк, один из активнейших участников мятежа. Вряд ли можно осуждать моряков за этот выбор. Только человек с железной волей и несгибаемым мужеством мог провести потрепанное в долгом плавании суденышко от берегов Малайского архипелага в Севилью через воды Индийского и Атлантического океанов. А на этом пути опасности, подстерегавшие экипаж, удваивались, ибо больше, чем штормов и голода, приходилось опасаться португальцев и, как огня, избегать встречи с их кораблями.
В сентябре кораблям встретилась лодка с двумя гребцами-туземцами, от которых Эспиноса узнал, каким путем следует идти к Молуккским островам.
Направившись к югу, флотилия 8 ноября достигла острова Тидоре в Молуккском архипелаге. Желанная цель – Острова Пряностей – была достигнута!
Забыв об испытанных лишениях, не думая о трудностях обратного пути в Испанию, моряки принялись скупать пряности – гвоздику, мускатный орех, корицу, имбирь.
На Тидоре испанцы встретили португальского купца Педру Аффонсу ди Лорозу, пробывшего в этих краях около 10 лет. Выяснилось, что король Мануэль, опасаясь, что друг Магеллана – Франсишку Серран облегчит испанцам овладение Молуккскими островами, послал эскадру на Тернате и приказал ее командиру увезти Серрана подальше от Островов Пряностей. Серран был доставлен в Малакку, бежал оттуда на Тернате и убедил местного властителя искать покровительства у испанского короля. Португальская эскадра снова появилась у берегов Тернате, но португальцам при их попытке высадиться на берег оказано было сопротивление. Убедившись, что Серрана не удастся захватить в плен, командир эскадры подкупил одну туземную женщину, которая отравила Серрана вскоре после того, как португальские корабли покинули Тернате.
Ди Лороза сообщил, что португальцы намерены захватить корабли экспедиции Магеллана, и порекомендовал испанцам как можно скорее отправляться восвояси, так как можно было ожидать, что сильная португальская флотилия вскоре появится в водах Молуккских островов.
Корабли закончили погрузку пряностей и собирались выйти в море, но тут выяснилось, что корпус «Тринидада» дает сильную течь. Решено было, что «Виктория» отправится в Испанию одна через Индийский и Атлантический океаны, а «Тринидад» после ремонта выйдет в обратный путь, следуя не в Испанию, а к берегам Панамы через Тихий океан.
«Тринидад» 6 апреля 1522 г. покинул Тидоре, но после шестимесячных скитаний в водах Тихого океана вынужден был возвратиться к Молуккским островам. В этом плавании погибла большая часть экипажа, а два десятка измученных испанских моряков на Молуккских островах были захвачены в плен португальской эскадрой. Страшная участь выпала на долю этих пленников – один за другим умирали они в португальских тюрьмах или на плантациях. Тех, кто вынес тяготы первого года пленения, отправили в Индию, где Эспиноса и его спутники влачили жалкое существование, зарабатывая себе на жизнь подаянием и все время пребывая под неусыпным надзором португальских властей. Только в 1527 г. Эспиноса попадает в Испанию с двумя моряками и священником – «последними могиканами» из экипажа «Тринидада», которым удалось выдержать муки долголетнего плена.
Иная судьба ждала «Викторию», которая 21 декабря 1521 г. отправилась в путь и 26 января 1522 г. прибыла на Тимор, где было закуплено небольшое количество сандалового дерева. Пополнив запасы воды и провианта, «Виктория» покинула Тимор, пересекла Индийский океан, выдержала жестокую бурю у мыса Доброй Надежды и 13 июля, совершив тяжелый переход через два океана, подошла к острову Сантьягу в архипелаге островов Зеленого Мыса. От цинги и голода погибла значительная часть моряков.