Все высказанные Лисянским соображения о положении, в котором находились местные жители русско-американских колоний, и предлагаемые им мероприятия рисуют его как человека, глубоко проникнутого идеями гуманности. Этим же чувством человечности характерно и описание островитян тропической части Тихого океана, которых он называет «дикарями» или «варварами» скорее по общераспространённому тогда обычаю, а не по свойственному в те времена многим западноевропейским путешественникам высокомерному отношению к «низшим» народам и сознанию своего превосходства.
Описания многих кругосветных путешествий, совершённых западноевропейскими мореплавателями, составлены в тоне высокомерного презрения к «диким», которых европейцы считали неизмеримо ниже себя в расовом отношении. Такая точка зрения, естественно, выражалась и в ряде насилий и грабежей местного туземного населения, которыми так прославились, например, испанские и португальские конквистадоры. Позже, в XVIII веке, тоже происходили вооружённые столкновения между европейцами и «дикими». Даже крупнейший английский мореплаватель Джемс Кук, пользующийся мировой известностью, погиб во время такого столкновения. Ничего подобного не происходило во время русских кругосветных путешествий. Гуманное отношение к жителям тропических тихоокеанских островов было для них характерным. Лисянский и Крузенштерн подали в этом отношении благородный пример другим русским кругосветным путешественникам. Эта традиция прекрасно была выражена впоследствии Ф. П. Литке, который при описании Сенявинских островов столкнулся с противодействием со стороны местных жителей. "Конечно, — пишет Литке, — мы могли бы удержать дикарей в почтительном от нас расстоянии. Для сего оставалось одно средство — дать им почувствовать силу нашего огнестрельного оружия. Но средство сие почитал я слишком жестоким и готов был лучше отказаться от удовольствия ступить на открытую нами землю, нежели купить это удовольствие ценою крови".
Не менее гуманно, чем по отношению к жителям посещённых кораблём «Нева» мест, держал себя Лисянский с членами своей команды. Глубоким пониманием важности, ответственности и значения труда матросов в успехе экспедиции проникнуто всё описание кругосветного путешествия Лисянского. Сознавая, что нормальные условия этого труда зависят от его рациональной организации, от предоставления команде разумного и своевременного отдыха, а также от качества одежды, пищи, личной гигиены и санитарного состояния корабля. Лисянский значительную часть своего времени посвящает разрешению всех этих вопросов. Он периодически осматривает и проверяет состояние продуктовых запасов, устанавливает пищевой рацион в зависимости от климата и состояния здоровья команды, предписывает ряд гигиенических мер, которые должны были способствовать укреплению здоровья матросов. Лисянский неоднократно высказывает на страницах описания своего путешествия ряд опасений перед возможностью заболеваний при резкой смене климата и прилагает все усилия, чтобы избежать на своём корабле появления цынги, которая еще в XVIII веке была бичом всех дальних плаваний и уносила в могилу обычно значительную часть личного состава кораблей. Непрестанная бдительность, проявленная Лисянским в отношении здоровья вверенных его командованию людей, дала положительные результаты. Экипаж избежал каких-либо серьёзных и длительных заболеваний, и матросы, по выражению Лисянского, "пребывали в добром здравии". Лисянский вернулся в Кронштадт с потерей всего лишь двух человек, вызванной падением с мачты одного матроса и острым желудочным заболеванием другого. Не меньшую заботу Лисянский проявлял также и в отношении предоставления отдыха своему экипажу, особенно после многодневных штормов, с которыми ему не раз приходилось бороться в открытом океане. Обычная на корабле работа во время стоянок в крупных гаванях была организована таким образом, чтобы ежедневно часть команды могла посещать берег с целью развлечения, а также "укрепления здоровья". Не меньше, чем за физическим состоянием своей команды, наблюдал Лисянский и за соблюдением дисциплины, которая являлась одним из основных условий успеха того трудного предприятия, каким во времена парусного флота было кругосветное плавание. В этом отношении очень характерно напутствие, с которым Лисянский обратился к своей команде в самом начале путешествия.
"Вышед в открытое море, — пишет он, — приказал я собрать всю команду на шканцах. Первым моим долгом почёл я представить каждому, сколь продолжительно и с какими трудностями сопряжено предпринятое нами путешествие; а потом советовал им жить между собою дружески, содержать всевозможную чистоту, а паче всего быть послушными высшему начальству".
В этой краткой речи выражена и другая, характерная для Лисянского черта, а именно то большое значение, которое он придавал развитию и укреплению дружеских отношений между всеми членами экспедиции. Глубоко понимая, что дружеская взаимопомощь и прочный мир между всеми членами команды, надолго оторванными от другого общества, являются залогом высокой дисциплины и сильного духа всего экипажа, Лисянский старался внушить эту мысль и матросам. Очень характерно, что подобное же тёплое, дружеское расположение Лисянский неоднократно высказывает в описании своего путешествия по отношению к Крузенштерну и другим членам экспедиции, находившимся на «Надежде». Казалось, что назначение Крузенштерна начальником всей экспедиции при том условии, что и он, и Лисянский находились в одинаковых чинах капитан-лейтенанта, причём Лисянский обладал большим стажем, могло бы послужить причиной для возможных недоразумений между командирами «Невы» и «Надежды». В действительности, ничего подобного не произошло. Вот что пишет по этому поводу Лисянский: "Долговременное моё с сим отличных дарований человеком знакомство, прежнее путешествие наше в Америку и в Восточную Индию, а наипаче желание быть полезным отечеству при столь важном случае были причиною, что я, невзирая на старшинство своей службы, с великою охотой согласился свершить сие толико отдалённое путешествие под его начальством, с тем однако же, что мне самому позволено было избрать для корабля, управлению моему вверенного, чиновников и морских служителей по собственному моему усмотрению""
Отличаясь большой скромностью и дружественным, добросердечным отношением к товарищам, Лисянский в то же время обладал многолетней боевой закалкой, которая сформировала в нём твёрдую волю, мужество, упорство в преодолении препятствий, находчивость в исключительных обстоятельствах, настойчивость в достижении заранее поставленных целей, готовность к подвигу. Все эти высокие качества моряка и командира Лисянский проявил при осаде Архангельской крепости, где он показал также способность к терпению и уменье выждать благоприятный момент. Не менее мужества и находчивости обнаружил Лисянский во время грозившей «Неве» опасности, когда корабль неожиданно сел на коралловый риф и мог быть разбит ветром у берега. Те же принципы руководили Лисянским, когда он решил закончить своё обратное путешествие непрерывным переходом с острова Ява в Англию. По этому поводу Лисянский пишет: "Я решился оставить прежнее своё намерение итти к острову Св. Елены, а направил свой путь прямо в Англию, быв уверен, что столь отважное предприятие доставит нам большую честь; ибо еще ни один мореплаватель, подобный нам, не отваживался на столь дальний путь, не заходя куда-либо для отдохновения… Я единственно сожалел об одном, что такое наше путешествие должно разлучить нас с кораблём «Надежда» до самого прибытия нашего в Россию; но что делать? Имея случай доказать свету, что мы заслуживали в полной мере ту доверенность, каковую отечество нам оказало, нельзя было не пожертвовать сил удовольствием". 6 марта «Нева» покинула Зондский пролив и прибыла в английский порт Портсмут 26 июня. Следовательно, Лисянский находился в плавании более 3 1/2 месяца, ни разу не заходя в порт для пополнения запасов воды и продовольствия. Такой длительный и далёкий путь до него еще не совершало ни одно судно.