После создания водородной бомбы Сахаров был награжден Сталинской премией и получил звание Героя Социалистического Труда. Его осыпали множеством других почестей, что давало всевозможные материальные удобства, включая дачу, машину с водителем и персонального телохранителя. Единственной привилегией, которой его лишили, была возможность выезжать за границу. Государство боялось, что Сахаров может разгласить бесценные секреты, которыми он обладал. Другими словами, он был одним из наиболее привилегированных сыновей системы.
Потом, в 1958 году, он начал интересоваться тем, что называл «социальными вопросами», то есть тем, что на Западе называют «политикой». Он боролся против идеологически абсурдной «доктрины Лысенко», отвергавшей влияние наследственности и нанесшей большой урон развитию советской биологии и судьбам многих ученых. Сахаров также выступил с призывом запретить ядерные испытания. В 1966 году он написал письмо XXIII партийному съезду и выдвинул аргументы против реабилитации Сталина.
Он стал борцом в первую очередь за права национальных меньшинств, за право свободного передвижения через границы и за самоопределение мелких политических образований. Это могло означать предоставление независимости не только республикам Советского Союза, но и таким кавказским регионам как Абхазия, Осетия и — что особенно интересовало Елену, наполовину армянку — анклаву Нагорный Карабах. Сахаров писал: «Республика Нагорный Карабах не будет принадлежать ни Армении, ни Азербайджану — она будет сама по себе и получит право вступать в экономические и другие отношения с теми, с кем сама захочет»[36].
Острый конфликт точек зрения возникает в произведениях двух великих диссидентов. В книге «Бодался теленок с дубом» Солженицын скорее осуждает Сахарова, чем хвалит[37]. «… Чудом… было в советском государстве, — пишет он с налетом сарказма, присутствующего при любом упоминании о Сахарове и других известных личностях, — появление Андрея Дмитриевича Сахарова — в сонмище подкупной, продажной, беспринципной технической интеллигенции», для защиты жертв советского режима. Солженицын говорит о «прозрачной доверчивости, от собственной чистоты» Сахарова. Эти два человека встречались осенью 1968 года, вскоре после вторжения советских войск в Чехословакию и публикации небольшой книги Сахарова «Размышления о прогрессе, мирном сосуществовании и интеллектуальной свободе». Этот меморандум, подтверждавший его веру в «социалистический курс», одновременно осуждал систему за ее полицейские методы и ограничения свободы слова.
В то время Сахаров имел доступ к сверхсекретным материалам, что давало ему множество привилегий, хотя, с другой стороны, накладывало ограничения. К примеру, как заявлял Солженицын, Сахарову не было дозволено пользоваться общественным телефоном. Все разговоры он мог вести только по телефонам, прослушиваемым КГБ. Кроме того, он мог навещать друзей только в тех квартирах и домах, которые значились в списке, предварительно утвержденном КГБ, и где легко могли прослушиваться все разговоры. Несмотря на это, по словам Солженицына, осенью 1968 года они с Сахаровым все же нашли такое место, где смогли в течение нескольких часов поговорить о том, как лучше распространять диссидентские идеи. Они обсуждали, например, совместную акцию протеста против ввода войск в Чехословакию, но оставили эту затею как неосуществимую. Оба сошлись на том, что в СССР нет такой значимой фигуры, которая бы примкнула к ним в столь «вероотступническом» действии. Те же семеро диссидентов, которые устроили демонстрацию у Кремля, были арестованы и заключены под стражу.
Книга Сахарова ознаменовала разрыв его сотрудничества с советской системой. После ее появления его сразу лишили доступа к секретным материалам, урезали привилегии, и он стал все более активно участвовать в диссидентском движении.
В следующем году первая жена Сахарова умерла от рака, оставив ему сына и двух дочерей, а два года спустя он женился на Елене Георгиевне Боннэр. Она сразу одобрила его общественную и политическую деятельность, и в результате советские средства массовой информации начали изображать ее злобной, властной женщиной, манипулирующей мужем и сбивающей великого академика с советского пути. Это было преувеличением. Сахаров достаточно глубоко погрузился в диссидентскую деятельность еще до того, как Елена вошла в его жизнь, хотя она, бесспорно, помогала ему, поддерживая в нем мужество в трудные моменты, тогда как его сын и дочери осуждали его политическую деятельность и остались верны советскому строю.