Н. Н. Миклухо-Маклай посетил Новую Гвинею пять раз. И неизменно он привлекал внимание и дружественные чувства населения этой части Меланезии. Однако на каждом новом месте приходилось быть настороже. Так, во второе путешествие на Новую Гвинею Н. Н. Миклухо-Маклай выбрал для высадки берег Папуа-Ковиай, о жителях которого между малайцами ходили самые ужасные рассказы, как о людоедах, морских пиратах, грабящих суда и поедающих матросов. Оставив здесь в своей хижине около 10 человек, Н. Н. Миклухо-Маклай с остальными людьми отправился в глубь Новой Гвинеи. Когда он вернулся, все оказалось разграбленным местными папуасами берега Папуа-Ковиай, люди убиты, источники пресной воды отравлены. «Несмотря, однако, на этот неприятный эпизод, — писал Н. Н. Миклухо-Маклай, — я решил остаться на Новой Гвинее». В течение целого месяца он не оставлял намерения наказать главного зачинщика нападения. «Хотя человек этот, — говорит Н. Н. Миклухо-Маклай, — был втрое сильнее меня, но нервы мои оказались крепче, и мне удалось взять его в плен живым. Мое появление перед ним среди окружавших его дикарей было так неожиданно, что когда я приказал своим людям связать разбойника, то не встретил ни малейшего сопротивления со стороны толпы папуасов, которые даже помогли моим людям перенести остаток моих вещей и пленника на урумбай (парусную лодку с каютой)».
По существу папуасы берега Папуа-Ковиай, на котором поселился Н. Н. Миклухо-Маклай во второе путешествие на Новую Гвинею, были такие же мирные дикари, как и папуасы берега Маклая. Но европейцы и малайцы, посещавшие их и ведшие торговлю невольниками, изменили их мирный быт, посеяв среди них междоусобицу и взаимное истребление. В конце концов папуасы, жившие у берега, бросили свои хижины и плантации и обратились в водных номадов, скитаясь в пирогах вдоль берегов. Воспользовавшись гостеприимством генерал-губернатора Лаудона, Н. Н. Миклухо-Маклай описал ему в полуофициальном письме бедственное положение папуасов берега Папуа-Ковиай и недопустимое обращение с ними малайцев, ведущих торговлю невольниками, с тем чтобы голландское правительство приняло меры к искоренению торговли невольниками.
Н. Н. Миклухо-Маклай пытался бороться и против безжалостной эксплуатации папуасов трэдорами (купцами из белых европейцев) и деятельности тичеров, т. е. миссионеров, состоявших преимущественно из малайцев и занимавшихся, главным образом, торговыми операциями. Тичеры и трэдоры прививали первобытным людям дурные навыки — привычку к водке и табаку, распространяли среди них болезни и истребляли их, вывозили их в европейские колонии.
Когда Н. Н. Миклухо-Маклай впервые приехал на Новую Гвинею и поселился на берегу Маклая, он застал папуасов этой местности почти в первобытном состоянии. «Туземцы этого берега, — писал Н. Н. Миклухо-Маклай, — не находились до моего приезда в соприкосновении ни с белою, ни с малайскою расами», тогда как на других островах Меланезии папуасская раса являлась более или менее смешанной с другими расами. Папуасы берега Маклая в его время жили жизнью каменного века. Они не умели даже добывать огонь и всегда держали у себя костер или горящее бревно, зажженное когда-то от горящего дерева, полученного от малайцев или белых. Переселяясь и странствуя, они носили с собой горящее бревно. Вся семейная и общественная жизнь папуасов, описанная Н. Н. Миклухо-Маклаем, характерна своей первобытной простотой, о которой писали и другие. Но в его описаниях нет ничего присочиненного, субъективного, тогда как в описаниях миссионеров и случайных путешественников есть значительная доля фантазии, выдумки, преднамеренного желания выделить папуасов как расу, самой судьбой обреченную на эксплуатацию и вымирание. Такое отношение к первобытным племенам возмущало и огорчало Н. Н. Миклухо-Маклая — человека большого сердца и искреннейшего друга первобытных народов. При каждом сколько-нибудь подходящем случае он подымал голос протеста против варварского отношения к ним, выступая на защиту первобытных людей.