Сначала был построен маленький деревянный храм во имя преподобного Алексия Человека Божия. Затем были выстроены кельи, здания для служб, кроме того, находилось здесь и кладбище. Через некоторое время была возведена соборная церковь в честь зачатия святой праведной Анны. Таким образом, монастырь назывался Зачатьевским по соборному храму, а по престолу храма в честь Алексия Человека Божия – Алексеевским.
Преподобная Иулиания стала игуменьей монастыря, а ее сестра помогала ей во всех трудах и начинаниях. Число насельниц монастыря постепенно росло, росло и монастырское хозяйство, так как многие люди делали пожертвования в пользу святой обители.
Игуменья Иулиания преставилась в 1393 году в ночь на 3 мая. Через год отошла в мир иной и ее сестра Евпраксия.
Над местом погребения преподобных сестер вскоре была сооружена часовня.
После того монастырь продолжал постепенно расти и развиваться. В 1514 году после пожара в монастыре по велению князя Василия Ивановича был построен каменный двухпрестольный храм во имя Алексея Человека Божия и Преображения Господня.
В 1524 году был основан Новодевичий монастырь в Москве, а Зачатьевский монастырь стали называть Стародевичьим.
После июньского пожара 1547 года царь Иван Грозный решил перевести Зачатьевский монастырь в каменный город в Чертолье, ближе к Кремлю, на место, которое потом было предназначено для строительства храма Христа Спасителя.
Монастырь назывался Зачатьевским по соборному храму, а по престолу храма в честь Алексия Человека Божия – Алексеевским.
В Земляном городе осталась малая обитель, известная под названием Зачатейской. Место старого монастыря отошло к опричнине.
Наследник Ивана Грозного, Федор Иоаннович, последний из правящей династии Рюриковичей, был бесплоден. В 1584 году царь Федор Иоаннович и жена его Ирина основали на месте старого монастыря Зачатьевский монастырь в надежде на то, что Бог дарует им наследника. Главный собор монастыря был освящен во имя Зачатия святой Анны с приделами Федора Стратилата и святой мученицы Ирины. Он был поставлен в центре территории монастыря.
Территория монастыря была обнесена каменной оградой.
При учреждении монастыря была установлена преемственность со старым, основанном Иулианией и Евпраксией, даже были найдены места их погребения. В церкви Рождества Богородицы устраивают придел во имя святителя Алексия, что усиливает память о его благословении этого места.
Церковь Сошествия Святого Духа в Зачатьевском монастыре, Москва. Фото А. Савина
В 1585 году в новом Зачатьевском монастыре в Москве соборные приделы освящаются во имя патрональных святых царя и царицы.
После прихода на престол брата жены царя Федора – Бориса Годунова началось смутное время и польская интервенция.
Русь спасло народное ополчение, которое возглавил князь Пожарский. Ставка князя в 1612 году находилась на Остоженке. В августе 1612 года около стен Зачатьевского монастыря ополченцы князя Дмитрия Пожарского начали атаку на поляков и взяли приступом их укрепление близ Арбатских ворот, отразив попытку польского войска гетмана Хоткевича прорваться в Кремль. Монастырь сильно пострадал, но вскоре был возрожден.
К началу ХХ века монастырь представлял собой величественный ансамбль с четырьмя храмами и одиннадцатью каменными строениями.
После революции 1917 года монастырь не избежал судьбы многих обителей того времени. 16 марта 1925 года, за 9 дней до кончины, здесь служил свою последнюю литургию святой Тихон, Патриарх Московский и Всея Руси. Вскоре Зачатьевский монастырь был закрыт.
Перед закрытием монастыря последняя его игуменья Мария совершила последний молебен и после него поставила свой игуменский жезл к чудотворной иконе Царицы Божией Матери «Милостивая», как бы передав Богородице сестер обители под покровительство. Позже чудотворный образ вместе с жезлом был передан в находящуюся неподалеку церковь святого пророка Илии в Обыденном переулке.
В 1925 году многие строения монастыря обращены в «трудкоммуну для беспризорных».
В 1933 году с церкви Сошествия Святого Духа сняли купол и полностью перестроили здание.
Весной 1934 году был взорван великолепный по своей красоте и изысканности Зачатьевский монастырский собор, постройки великого русского архитектора XVIII века – М. Казакова.