По некоторым данным, инициатива свой военной операции в Чечне в 1994-1996 годах принадлежала следующим лицам:
начальнику УФСК по Москве и Московской области Евгению Савостьянову (разработал справку о возможных действиях ФСК в период наведения порядка в Чечне для Сергея Шахрая);
министру обороны РФ Павлу Грачеву (в сентябре 1994 года сформировал оперативную группу офицеров ГШ и Минобороны для планирования операции);
заместителю начальника Главного оперативного управления ГШ Анатолию Квашнину (возглавил эту группу);
директору ФСК Сергею Степашину (отрабатывал вопрос координации взаимодействия МО и ФСК).
Позже, после неудачного начала операции, именно Квашнин согласился возглавить Северо-Кавказский военный округ (СКВО) вместо отставленного Алексея Митюхина (кстати, этот пост тогда отказались занять Эдуард Воробьев и Георгий Кондратьев).
В этот период сформировался «первый состав» команды Квашнина, куда вошли:
Вячеслав Тихомиров (тогда — Командующий временной объединенной группировки; позже — командующий внутренними войсками, друг Квашнина);
Виктор Казанцев (тогда — начальник штаба СКВО; сейчас — Полномочный Представитель Президента РФ в Южном федеральном округе);
Геннадий Трошев (Командующий 58-й армией);
Владимир Шаманов (тогда — командующий группировкой МО; сейчас — губернатор Ульяновской области);
Константин Пуликовский (Полномочный Представитель Президента РФ в Дальневосточном федеральном округе).
Тогда же Квашнин, по некоторым данным, установил доверительные отношения с Валентином Корабельниковым, начальником ГРУ ГШ МО РФ.
В 1996 году Евгений Савостьянов стал начальником Главного управления кадров Администрации Президента РФ, курирующим ВС. Говорят, что тогда наладился хороший контакт с между ним и Квашниным — оба выступали с жестких позиций по отношению к Чечне. В том же году сторонники Квашнина Георгий Шпак (сейчас Шпак и Квашнин — противники) и Валерий Манилов стали соответственно Командующим ВДВ и заместителем начальника Генштаба (курировал идеологию).
Спустя год, в мае 1997 года, с подачи Савостьянова, уже — заместителя Руководителя Администрации Президента РФ, лидер группы Квашнин был назначен и.о. начальника Генштаба, а в июне был утвержден в этой должности Б.Ельциным.
На этом посту Квашнин, как говорят, развил бурную деятельность, в краткие сроки разработав план реструктуризации ВС РФ и фактически превратив Генштаб в самостоятельное от министерства обороны ведомство. Он, как уже упоминалось, даже инициировал подписание Б.Ельциным распоряжения, позволяющего ему в экстренных случаях обращаться напрямую к Президенту, минуя министра. Забегая немного вперед, скажем, что в ответ министр обороны инициировал создание Главного командования стратегических ядерных сил, не подчиняющееся начальнику Генштаба. Кстати, именно в этом кроется причина патологического неприятия Квашниным РВСН.
Несмотря на то, что министром обороны стал противник Квашнина Игорь Сергеев, начальник Генштаба начал кадровые продвижения своих людей: Виктор Казанцев стал Командующим СКВО, Геннадий Трошев стал его заместителем; в августе 1997 года начальником Главного оперативного управления ГШ стал Юрий Балуевский; в ноябре — Главнокомандующим ВМФ стал однокурсник Квашнина по академии ГШ Владимир Куроедов.
В августе 1997 года министром юстиции был назначен другой член команды — Сергей Степашин. В результате, по некоторым данным, сформировалась связка: Савостьянов — Степашин — Квашнин. Говорят, что в круг лиц, с которыми контактировал в Администрации Президента РФ Квашнин в этот период входил и Владимир Путин.
В ходе войны Квашнина с Игорем Сергеевым, был отставлен Петр Дейнекин, Главком ВВС, сопротивлявшийся объединению ВВС и ПВО. На его место был поставлен генерал-полковник авиации Анатолий Корнуков, командующий авиацией ПВО, который поддержал идею Квашнина об объединении.
Говорят, что в свое время Квашнин был инициатором реформирования Сухопутных войск (упразднения Главкомата), что привело к ослаблению позиций Владимира Семенова, очередного кандидата на пост министра обороны. Позже Семенов «ушел в политику» и увяз в грандиозном скандале вокруг выборов президента в Карачаево-Черкесии.
В ходе этой войны Квашнин получил еще одного союзника — Николая Михайлова, статс-секретаря и заместителя министра обороны, который и сейчас занимает в команде Квашнина видное место.
Интересно, что в этот период некоторые источники называли Квашнина креатурой Бориса Березовского, с которым генерал был замечен в ряде поездок на Северный Кавказ.
В декабре 1998 года Евгений Примаков отправил в отставку Евгения Савостьянова, чем ослабил команду Квашнина, однако — не до конца: в марте 1999 года Главное оперативное управление ГШ получило приказ о разработке плана очередной антитеррористической операции на территории Чечни. Кроме самого Квашнина, другими разработчиками плана были — Сергей Степашин (от МВД) и Владимир Путин (от ФСБ). А назначение Степашина на пост премьер-министра вновь усилило позиции команды.
Одновременно ГОУ ГШ (Юрий Балуевский) подготовило проект участия России в мирном урегулировании ситуации в Югославии — то самый десантный бросок на Приштину. Моральный успех операции добавил влияния Квашнину и выставил Сергеева генералом, «проспавшим» операцию.
В августе 1999 года, с началом военной операции в Дагестане против отрядов Басаева и Хаттаба, и.о. премьер-министра стал Владимир Путин. Успех операции предопределил не только рост рейтинга Путина, но и генералов, которые обеспечивали ее проведение: Квашнина, Казанцева, Трошева, Шаманова и Корнукова. Они и стали основой генеральской поддержки кандидатуры Путина на выборах Президента РФ. В результате, после победы Путина на президентских выборах, Квашнин занял очень устойчивые позиции в своей нише.
Особые отношения имеют Квашнин и военная реформа. В 1997 году, еще только придя в Генштаб, Квашнин начал продвижение концепции реформы Вооруженных сил на базе создания семи оперативно-стратегических командований, в распоряжение которых отходили бы ВВС, ПВО и Сухопутные войска: «Министерство обороны создает условия для выполнения боевых задач, Генштаб формулирует их, а командующие округов — и только они — отвечают за выполнение этих задач. У них в руках и авиация, и ПВО, и сухопутные соединения… Все остальные — администраторы»[80]. Подозревают, что именно эта концепция оказала идеологическое влияние на Путина, который позже реформировал административную вертикаль, разделив ее именно на 7, но не военных, а федеральных округов (кстати, во главе которых встали именно генералы из команды Квашнина).
В 2000 году Квашнин изменил свой взгляд на концепцию реформы ВС в сторону построения мононациональной континентальной армии с правом участия в политической жизни страны.