С сентября 1999-го по ноябрь 2000 года Чемезов возглавлял «Промэкспорт». С 2000-го по апрель 2004 года – первый зам. гендиректора «Рособоронэкспорта», затем гендиректор. На вопрос о воинском звании ответил: «Генерал-лейтенант. Впрочем, форму надеваю раз в году». Председатель советов директоров «Оборонпрома», «Корпорации Ависма», «АвтоВАЗа». Член советов директоров «КамАЗа», «НПК «Иркут», «Концерна ПВО «Алмаз-Антей», «Авиационной компании «Сухой», Казанского оптико-механического завода. В декабре 2006 года Чемезов был введен в состав бюро высшего совета «Единой России».
Чемезову уже давно было тесно в роли главного торговца российским оружием. Сначала его «Рособоронэкспорт» спасал для государства «АвтоВАЗ», потом с политическим дисконтом выкупал у частных владельцев титанового монополиста «ВСМПО-Ависма». Еще более широкое поле для деятельности Чемезов получил, возглавив госкорпорацию «Российские технологии».
В 2008-м министр финансов Алексей Кудрин обвинил «Ростехнологии» в попытке скрытой приватизации передаваемого госкорпорации федерального имущества. Глава Минфина потребовал исключить из перечня передаваемых «Ростехнологиям» госактивов предприятия гражданских отраслей промышленности, доли РФ в зарубежных совместных предприятиях, а также один из ключевых оборонных холдингов – ОАО «ОПК «Оборонпром».
Еще Алексей Кудрин протестовал против способов финансирования деятельности «Ростехнологий» за счет самостоятельной продажи части передаваемых ей госактивов. «Реализация данного предложения является скрытой формой приватизации, а также предполагает как непрозрачность механизмов продажи данных активов, так и отсутствие контроля над использованием этих доходов самой госкорпорацией», – писал Кудрин.
Такая практика, по его мнению, направлена на увод доходов от продажи госактивов из федерального бюджета. Изначально в перечень приватизируемых предприятий входило примерно 250 компаний с госучастием, однако позже список был расширен до 600 предприятий. А антимонопольное ведомство тогда же выступило против передачи «Ростехнологиям» госпакетов акций предприятий, контролируемых частными акционерами, как например, «КамАЗ» и УАЗ.
Между тем руководство автогиганта «АвтоВАЗ» за три года так и не сумело выстроить эффективную систему управления. Генпрокурор Юрий Чайка заявил о том, что Генеральная прокуратура РФ приступила к анализу итогов эффективности управления имуществом «АвтоВАЗа». Тогда же к проверке тольяттинского автогиганта приступили аудиторы Счетной палаты (СП) РФ. Пристальное внимание контролирующих органов к «АвтоВАЗу» связывают со значительными вливаниями госсредств в это предприятие.
Сразу стало известно, что «АвтоВАЗ» передал свой комбинат питания на аутсорсинг некой компании без проведения тендера. С поставщиком питания был заключен контракт стоимостью 7,4 млрд руб. Это третья часть помощи, выделенной государством «на восстановление платежеспособности «АвтоВАЗа»». Кроме того, как отметил в интервью «Эху Москвы» Михаил Бергер, выбранной без тендера коммерческой компании «АвтоВАЗ» предоставил в аренду свои помещения по цене аренды в 2–3 раза меньше «не то, что рыночной, а ниже стоимости содержания имущества». «Это означает, что ««АвтоВАЗ» доплачивает коммерческой компании те самые деньги, которые они выдурили у правительства и премьера», – делает вывод экономист.
Решение о выделении беспрецедентной помощи «АвтоВАЗу» было озвучено премьером Владимиром Путиным, на совещании по вопросу развития автопрома в Тольятти 30 марта 2009 года. Кроме того, правительство предоставило гарантии по банковским кредитам «АвтоВАЗу» на сумму более 90 млрд руб. Одним из основных условий щедрой господдержки была модернизация производства и выход на новый модельный ряд. Однако за годы пребывания у руля «АвтоВАЗа» чемезовской команды управленцев публично звучал уже не один десяток обещаний, связанных с модернизацией производственных мощностей, разработкой новых моделей и двигателей к ним, реструктуризацией автогиганта, оптимизацией системы продаж, повышением прозрачности корпоративного управления и т. д. Фактически ни одно из этих обещаний так и не было выполнено, что поставило под серьезные сомнения и дальнейшие перспективы «АвтоВАЗа»…