За три с половиной века голландского господства Нидерландская Индия знала много народно-освободительных войн. Вспыхнув на одном острове, восстания обычно распространялись на другие острова. Но проходили они везде под одним флагом – знаменем порабощённой нации. Призывая народ на борьбу с чужеземными захватчиками, вожди восстаний провозглашали единство своей страны, какой она и была в XIII-XV веках, будучи объединённой в могущественную империю Маджапахит. (Кроме большей части современной Индонезии в состав империи Маджапахит входили также теперешняя Малайзия и южные районы Филиппин.) Очевидно, ещё тогда на здешних островах начался процесс формирования великой нации с единым государственным языком, управлением, во многом общей культурой и т.д.
Продолжить сплочение коренного населения страны в единую нацию – такую первоочередную цель ставили перед собой патриоты. Голландские колонизаторы, однако, прекрасно понимали, что это неизбежно повлечёт за собой и объединение всех народно-освободительных сил, против которых им не устоять. Поэтому, чтобы не допустить национального возрождения на покорённых островах, они разделили всю страну на 282 «автономных» султаната и 16 колоний, каждая из которых официально считалась как бы отдельным государством лишь вассально зависимым от верховной власти генерал-губернатора Нидерландской Индии, наделённого полномочиями вице-короля. Кроме назначенных им коронных голландских губернаторов, районных резидентов и так называемых «советников», эти «государства» имели туземные «правительства», местную полицию и даже пограничные войска. Иными словами, было сделано всё, чтобы создать у отдельных групп коренного населения иллюзию самоопределения и навсегда закрепить в их сознании убеждение, будто между ними нет ничего общего, а потому не может быть никакого единства. Султанатам и «государствам» якобы для большего «охранения этнической самобытности и автономного саморазвития» не полагалось вступать друг с другом даже в дипломатические отношения, но воевать – сколько угодно.
На Яве, например, на территории бывших мелких княжеств Матарам Джокьякарта были созданы два султаната, которые голландцы милостиво взяли под свою умиротворяющую опеку, но, тем не менее, так же милостиво позволяли им воевать то за никогда не существовавшие между ними «исторические» границы, то чтобы выказать свои «национальные» амбиции. Особенно прославил себя ратными подвигами «владыка» Матарама Паку Бувоно II, объявленный голландским сусухуманом – султаном над султанами. Ему внушали, будто султан соседней Джокьякарты Хаменгку Бувоно I по сравнению с ним – плебей и должен поэтому находиться у него в вассальной зависимости. Того же, Хаменгку Бувоно, исподтишка убеждали в обратном, будто плебей-то как раз Паку Бувоно, он-де узурпатор, незаконно присвоивший себе титул, который по праву принадлежит ему, Хаменгку. И вот за престиж своих дутых сюзеренов, одинаково невежественных и нелепых в своих притязаниях на божественное величие, Матарам и Джокьякарта годами бились насмерть. Неукротимый Паку Бувоно довоевался до того, что вынужден был бежать из своей столицы Картасуры в глухую деревушку Соло (теперь город Суракарта – один из важных культурных центров Явы), да и так доживать там свой незадачливый век.
Понятно, подобные междоусобицы приносили народно-освободительному движению огромный вред, нередко делая организованные выступления против колонизаторов невозможными. Разжигая ничем не оправданную вражду между коренным населением островов, голландцы этого, естественно, и добивались. И тут им здорово помог известный английский учёный Альфред Уоллес, тот самый, который одновременно с Чарльзом Дарвиным и независимо от него открыл закон естественного отбора. Вернее, обширную статью о закономерностях выживания видов Уоллес написал раньше, но Дарвин опередил его со своей публикацией и потому пожал лавры первооткрывателя. Однако если Дарвин, чьё учение породило полигенизм – расистскую теорию, разделившую человечество на низшие и высшие расы, сам полигенистов никогда не поддерживал, то Уоллес был и до последних дней своей жизни оставался убеждённым расистом, искавшим биологическую неравноценность между людьми всюду, где только мог. Именно он, Уоллес, восемь лет путешествовавший по островам Малайского архипелага, подал, как оказалось, голландцам идею о будто бы значительном биологическом превосходстве яванцев над жителями Суматры, а балийцев – над яванцами. Эту «идею» генерал-губернатор Нидерландской Индии ван Лансберге, мнивший себя жрецом этнографии, и взял потом за основу для своей собственной «теории» о «коренных этнических, исторических и структурно-общественных различиях между туземными племенами Малайского архипелага».