Подчиняясь приказу, Кирос вывел «Сан-Хиронимо» в открытое море, но, обнаружив недалеко от прежней стоянки очень удобный залив, приказал встать там на якорь и произвести все-таки хотя бы самый неотложный ремонт. Когда работы были закончены, 29 января 1596 г. «Сан-Хиронимо» вышел в море. Через два дня судно подошло к порту Нивалон на побережье острова Лусон. 1 февраля судно уже было совсем недалеко от Манилы, у Галвана. Там донна Исабель послала двух своих братьев с семью солдатами на берег под предлогом поисков продовольствия. На самом же деле она хотела, чтобы власти в Маниле получили информацию о плавании до прихода туда корабля и такую, какую она считала нужной.
«Сан-Хиронимо» продолжал плавание у острова Лусон, весьма опасное из-за многочисленных рифов. На корабле опять ощущался острый недостаток продовольствия. 2 февраля с «Сан-Хиронимо» увидели каноэ с большим числом аборигенов. Но, увидев корабль, те поспешили скрыться. Потом испанцы узнали, что аборигены испугались появления их судна, приняв его за британское (в их памяти еще жило посещение тех мест Томасом Кавендишем), ибо испанские суда в это время обычно здесь не появлялись. Опять испанцы упустили возможность пополнить запасы продовольствия. Экипаж голодал. Кирос попросил Исабель разрешить взять провизию из ее запасов, но та категорически отказала.
Показались две лодки с 40 аборигенами. На вопрос, откуда они, те отвечали на испанском языке, что из Манилы, находившейся неподалеку. Кирос попросил их прислать человека, который провел бы корабль в Манильскую гавань, подходы к которой были опасны для незнакомых с ними людей. Аборигены согласились, и один из них поднялся на борт «Сан-Хиронимо». Наконец корабль в бухте. Ему навстречу идет шлюпка с четырьмя испанцами и восемью аборигенами. Измученным, истощенным людям на корабле они показались «четырьмя тысячами ангелов», как писал впоследствии Кирос. Когда прибывшие на шлюпке поднялись на борт судна, глазам их предстало печальное зрелище. Больные, обессилевшие люди в лохмотьях, кричали: «Дайте нам еды, мы сходим с ума от голода и жажды». Вдруг прибывшие на корабль увидели двух откормленных свиней. «Почему их не убили?» — спросил Алонсо де Альбарран, один из прибывших. Ему объяснили, что свиньи принадлежат донне Исабель. «Что за дьявол! Почему в такое время им оказывают столько почтения?» — воскликнул де Альбарран.
Прибывшие были представителями губернатора Манилы, и Исабель не могла с этим не считаться. Она тут же приказала заколоть свиней.
Донна Исабель отправила одного из солдат к губернатору с ответом на переданное ей галантным де Альбарраном послание, в котором тот в весьма лестных выражениях отзывался о плавании, узнав о нем от ее братьев, и приглашал ее к себе.
Вскоре пополудни к «Сан-Хиронимо» подошла еще одна шлюпка, на которой находились братья Исабель с главой местного магистрата. Они привезли хлеб, вино и фрукты, посланные на корабль губернатором. Донна Исабель и ее приближенные начали пировать, а экипаж продолжал голодать. В ночь один из детей, находившихся на борту «Сан-Хиронимо», умер от истощения. Лишь на следующее утро на корабль были доставлены продукты для экипажа.
«Сан-Хиронимо» входил в порт. На берегу были выстроены солдаты, развевалось знамя, гремел артиллерийский салют. С корабля раздались ответные залпы. «Сан-Хиронимо» бросил один из оставшихся якорей на полусгнившем канате. Это было 11 февраля 1596 г. 50 человек экипажа умерло во время плавания из Санта-Крус.
Как только «Сан-Хиронимо» встал на якорь, на его борт поднялось много людей. Все были поражены бедственным состоянием экипажа и корабля и выражали искреннее удивление, как вообще удалось в таких условиях закончить плавание.
На следующий день, поздно вечером, донна Исабель покинула корабль. На берегу ее встретили с величайшими почестями, даже салют прогремел в ее честь.
Больных перенесли на берег и доставили в госпиталь. В течение нескольких дней умерло еще 10 человек.
Фрегат «Санта-Каталина», как потом сообщили, был найден у одного из Филиппинских островов. Вся команда была мертва. Галиот «Сан-Фелипе» достиг небольшого островка Каманигуин. Большинство членов экипажа умерло. Оставшиеся в живых были совершенно истощены и наверняка погибли бы, если б не местные жители, которые помогли им добраться до испанских католических священников, живших на острове. Те переправили их к губернатору острова Минданао, последний арестовал пятерых из них (Фелипе Корсо и четырех матросов) и отправил в Манилу. В сопроводительном письме манильским властям губернатор объяснял свои действия следующим: капитан галиота самовольно покинул флотилию Альваро де Менданьи, совершив тем самым тяжкое преступление. В Маниле арестованных заключили в тюрьму.