Вернувшись, Кирос передал продовольствие капитану погибшего корабля. Он увидел, что команда почти закончила постройку нового фрегата, на котором ему предложили продолжить плавание. Но Кирос отказался, сославшись на необходимость вернуться в Каракас. С несколькими людьми он опять на шлюпке отправился в Каракас, где пробыл восемь месяцев в ожидании попутного корабля.
К своему великому удивлению, Кирос встретил в Каракасе трех детей своего брата, о котором много лет ничего не слышал. Оказалось, что тот здесь женился и умер, оставив вдову с двумя сыновьями и дочерью. Жена его тоже умерла, и дети воспитывались у бабушки. Кирос попросил ее отпустить с ним двух племянников, оставив девочку у себя. Получив согласие, Кирос с племянниками сел на пришедший в Каракас корабль и отправился в Картахену. Об одном из племянников Кироса, Лукасе де Киросе, сохранились сведения, что он впоследствии стал опытным картографом, составившим по распоряжению вице-короля Перу карту Южной Америки от Картахены до Магелланова пролива.
В Картахене Кирос показал губернатору приказы короля и просил его оказать помощь, но тот не проявил никакого интереса. Кирос отправился в Пуэрто-Белло. Туда он прибыл совершенно без денег. И опять местные власти не проявили никакого интереса к показанным Киросом приказам испанского монарха. И это неудивительно. Испанские гранды, добиваясь назначения на высшие посты в колониальной администрации, думали отнюдь не о служении государству, а прежде всего о скорейшем собственном обогащении. Вдали от Мадрида они чувствовали себя местными самодержцами и не спешили выполнять волю короля, тем более что приказ монарха не был адресован им непосредственно.
К довершению неприятностей с Киросом случилось большое несчастье. 30 августа в городе было религиозное празднество, и он пошел посмотреть его. Чтобы лучше видеть, Кирос взобрался на крышу местного госпиталя, где уже скопилось много народа. Прогнившие перекрытия не выдержали тяжести. Часть здания обрушилась, увлекая за собой не только стоявших на крыше, но и больных, находившихся на втором этаже. Были убитые и раненые. Кирос сломал руку и правую лодыжку, получил сильный удар в бок. Два с половиной месяца он пролежал в больнице, не имея ни гроша. «Это было чудо, — писал Кирос впоследствии, — что кто-то сжалился надо мной и помог».
Наконец Кирос смог продолжить свое путешествие. Он покинул Панаму, отправившись на корабле в Перу. Через 20 дней судно подошло к порту Пайта. Перейдя на другой корабль, Кирос через 18 дней, 6 марта 1605 г., достиг Кальяо.
Он попросил лошадей у одного из старых знакомых и отправился в Лиму, куда прибыл уже ночью. Кирос нигде не мог найти ночлега, и только горшечник, добрый человек, приютил его на несколько дней.
Лишь 11 марта Киросу удалось добиться аудиенции у вице-короля, графа Монтерея, сменившего Луиса де Веласко. Ознакомившись с приказом короля, граф назначил следующую встречу на 28 марта. На этот раз у вице-короля находились два местных судьи, два священника, командующий флотом в Кальяо Лоис де Уллоа, начальник гвардии и секретарь.
Вице-король попросил Кироса подробно рассказать о предстоящей экспедиции и следил за его объяснениями по карте, расстеленной на столе. Присутствующие задали Киросу много вопросов. Его ответы как будто удовлетворили их. Хуан де Виллела, один из судей, и отец Франсиско Коелло горячо поддержали проект экспедиции. Тогда граф Монтерей заявил, что, по его мнению, целесообразнее начать экспедицию не из Лимы, а из Манилы. Это будет дешевле и сократит много времени. Кирос отвечал, что, во-первых, королевский приказ ясно требует, чтобы экспедиция была начата из Лимы, а не из Манилы, и, во-вторых, неблагоприятные ветры не позволят успешно провести плавание с Филиппин. К тому же в Маниле очень трудно набрать матросов и солдат. Вице-король промолчал и заседание было закончено.