Время шло, а подготовка к экспедиции не начиналась. Вице-король все время ссылался то на свою занятость другими делами, то на здоровье. Кирос, беспокоясь, что будет упущено наиболее благоприятное время для проведения экспедиции, послал графу Монтерею памятную записку. Но и это не подействовало. Кирос не только не встречал поддержки со стороны местных властей, а, наоборот, лишь сопротивление в осуществлении плавания. К тому же Фернандо де Кастро, прибыв в Лиму, заявил о своих правах на Соломоновы острова как муж вдовы Менданьи, первооткрывателя этого архипелага; Кирос отверг его притязания, предъявив соответствующие места в приказах короля Филиппа III.
Кирос по-прежнему был без всяких средств и потому с большой признательностью принял предложение королевского судьи доктора Ариаса Угарте поселиться в его доме. Доктор Угарте почти насильно заставил Кироса взять у него деньги.
Кирос продолжал посылать вице-королю один меморандум за другим, но все было тщетно. Тогда он обратился с просьбой к графу Монтерею назначить специальных уполномоченных, ответственных за подготовку экспедиции, поскольку суперинтендант адмирал Хуан Колманеро де Андрада не справлялся с этим делом. На этот раз вице-король принял некоторые меры, и подготовка экспедиции началась.
Однажды граф Монтерей пригласил к себе Кироса и завел с ним разговор о том, что согласно королевскому приказу должен быть назначен его преемник на посту начальника экспедиции на случай смерти самого Кироса, и он хочет назначить кого-нибудь из членов экипажа.
«Я заявил ему, — писал Кирос много лет спустя, — что не хотел бы брать с собой в плавание того, кто будет знать, что займет мое место, поскольку это сопряжено с очевидной опасностью. В приказе его величества говорится, что я сам назову кандидатуру в случае, если мне будет угрожать смерть, до того как я вернусь в Лиму или выйду из нее, чтобы предприятие продолжалось, но в настоящее время я здоров и чувствую себя хорошо. Поэтому я просил его подождать с этим делом и посмотреть, как распорядится господь, а пока предоставить это дело мне. И, если я увижу какую-либо серьезную опасность для экспедиции, я сумею выбрать такое лицо». Вице-король больше не говорил на эту тему, но, как оказалось впоследствии, не внял аргументам Кироса.
Наконец все приготовления к плаванию были закончены. Три корабля, готовые к отплытию, стояли в порту Кальяо. Кирос с капитанами двух других судов явился к графу Монтерею. Он извинился перед вице-королем за назойливость, проявленную им при подготовке экспедиции, объяснив ее лишь желанием скорее закончить приготовления. Граф же в ответ поблагодарил Кироса за такую преданность делу и пожелал счастливого плавания, предупредив, что из-за нездоровья не сможет быть в порту при отплытии кораблей. Вице-король вручил Киросу текст своей речи, которую следовало прочитать перед отплытием судов из Кальяо. Граф Монтерей подчеркивал важность предпринимаемой экспедиции для Испании и выражал уверенность, что она будет проведена успешно.
Вернувшись в Кальяо, Кирос распорядился ознакомить экипажи судов с посланием вице-короля. На кораблях были подняты паруса. Верхушки мачт были украшены флагами, развевался королевский штандарт.
Суда экспедиции прошли мимо стоявших в порту кораблей, салютуя из пушек и мушкетов. Те дали ответный залп. Это было в три часа пополудни, 21 декабря 1605 г.
Один за другим три корабля экспедиции покинули порт Кальяо. Впереди шел флагман «Сан-Педро-и-Сан-Пабло», затем вице-адмиральский корабль «Сан-Педро» и замыкал шлюп «Три волхва». Первые два судна были небольшими, водоизмещением 60 и 40 тонн, а последнее — совсем маленькое, всего 12 тонн. В экспедиции принимало участие 300 человек. Кроме матросов и солдат на борту находились шесть священников-францисканцев и врач с четырьмя братьями милосердия. Флагманским кораблем командовал сам Кирос, вице-адмиральским — Луис Ваэс де Торрес, а шлюпом — Бернал Серменто. Главным кормчим экспедиции против желания Кироса вице-король назначил Хуана де Бильбоа. Именно его граф избрал в возможные преемники Кироса, что весьма неприятно поразило последнего и сулило большие осложнения.
Тем не менее общее настроение было превосходным. Один из шкиперов экспедиции, Гонсалес де Леса, говорил впоследствии: «Нас охватило такое горячее желание послужить богу, святой католической церкви и во славу короля, нашего повелителя, что нам казалось все возможным».