Наложение королевой эмбарго послужило основанием для захвата товаров испанских кораблей. Герцог Альба послал своего представителя д’Ассонлевилля в Лондон для переговоров. Тем временем испанские корабли, находящиеся в портах Англии, были конфискованы, а их экипажи арестованы. Захваченные деньги были перевезены в Тауэр. Дон Гуэро находился под домашним арестом. Прибыв в Лондон, д’Ассонлевилль был арестован, так как не имел верительных грамот от испанского короля.
Но 26 января 1569 г. Дрейк вернулся в Плимут. В ту же ночь У. Хокинс послал с ним письмо королеве, прося ее возместить понесенные экспедицией большие убытки из средств, полученных от конфискации испанской собственности в стране. Аналогичное письмо он написал и Сесилу. Через неделю, однако, в Плимут вернулся Д. Хокинс, и вопрос о компенсации повис в воздухе. Спор же между Елизаветой и Филиппом был решен следующим образом. Королева взяла на себя долг Филиппа генуэзским банкирам, а Филипп решил впредь посылать деньги армии Альбы сухопутным путем, несмотря на то, что это и медленно, и дорого. Одна такая перевозка требовала 17 повозок, пять смен лошадей и 200 солдат конвоя.
Джон Хокинс и Фрэнсис Дрейк горели огнем мщения. Но пути мести они выбрали разные. Хокинс прикинулся преданным союзником короля Филиппа. Он вызвался своим флотом охранять подступы к испанской Америке от вражеских кораблей всех национальностей. Для этого он имел достаточный флот, насчитывавший 16 кораблей. В распоряжении Хокинса находилось 500 матросов. За свои услуги Хокинс ожидал различных благ от испанцев: участие в доле вест-индской торговли, особые привилегии для себя в сравнении с другими иностранными купцами.
Для лучшего осуществления своего плана Хокинс даже стал участником заговора против своей королевы. Дело в том, что в это время в глубокой тайне готовилось свержение Елизаветы с престола. Вместо нее испанский король хотел сделать английской королевой Марию Стюарт, королеву Шотландии, находившуюся в заточении в Англии. Нити заговора сосредоточивались у итальянского банкира Ридольди, агента Папы римского. После захвата престола Марией Шотландской герцог Альба должен был высадить войска в Англии, использовав для их переброски флот под командованием герцога Медины. Хокинс просил испанского посла передать королю, что он в критический момент поддержит испанцев. И посол, и король Филипп поверили в искренность англичанина. За свои услуги Хокинс просил освободить его матросов в испанских тюрьмах и возместить ему понесенный ущерб. К концу августа 1571 г. его матросы были освобождены и отправлены на родину, получив по 10 дукатов каждый. Хокинс же получил 40 тыс. ф. ст. Кроме того, король Филипп выдал ему патент на звание испанского гранда. Хокинс вошел в такое доверие к испанскому послу, что тот сообщал ему о каждом шаге, предпринятом заговорщиками. На самом же деле Хокинс и не думал изменять королеве. Он действовал с согласия английского правительства и обо всем его постоянно информировал. В январе 1572 г. королева приказала испанскому послу немедленно покинуть Англию. Заговор был раскрыт. Посол так никогда и не узнал, кому он обязан провалом безукоризненно, казалось бы, спланированной операции.
План мщения, задуманный Дрейком, вполне соответствовал его характеру. Он был смелым до дерзости. Дрейк бросал вызов самому могущественному монарху мира. Он решил нанести решительный удар Испании там, где сосредоточивались все сокровища, дававшие силу иберийскому владыке. В Сан-Хуан-де-Улоа Дрейк увидел, как стекается серебро Мексики к Атлантическому побережью. Он узнал, что ежегодно все драгоценности, добытые на перуанских рудниках, доставляются на Тихоокеанское побережье Панамы, а оттуда на мулах переправляются в Номбре-де-Диос, порт на Атлантическом побережье. К тому времени сюда приходит испанский флот из Севильи, обычно в составе 70 кораблей, который и доставляет драгоценности в Испанию. Дрейк решил нанести удар именно здесь, в «сокровищнице мира», как называли это место пираты всех стран.
Но сначала Дрейк, как он задумал еще до плавания в Сан-Хуан-де-Улоа, женился на Мэри Ньюмен. Это произошло 4 июля 1569 г. Фрэнсису было 25 лет, его невесте — 17. Ее отец — Гарри Ньюмен — тоже был моряком.