Кирос еще в Кальяо почувствовал себя плохо. На корабле болезнь усилилась. Три дня Кирос был в очень плохом состоянии, но затем поправился. «Если богу угодно, то будешь жить», — напишет он позднее, вспоминая начало своего плавания.
Учитывая опыт экспедиции с Менданьей, Кирос, поправившись, написал подробнейшую инструкцию, которую передал 8 января 1606 г. капитанам двух других судов. В инструкции Кирос давал скрупулезные указания не только по части навигации, рациона питания экипажей, но и дисциплины. Все азартные игры были запрещены. Капитанам вменялось в обязанность строго следить за обращением офицеров с матросами и солдатами. Требования соблюдения дисциплины не должны были перерастать в жестокость. Капитану «следует использовать те методы, которые необходимы для поддержания твердой дисциплины, дружелюбия, честности и преданности, помня, как многого может достичь тот, кто добивается повиновения не применением жестоких мер, а добром».
Кирос специально остановился в инструкции на поведении в отношении коренных жителей открываемых земель. «Запомните, что если на кораблях появятся вожди или простые туземцы, то их следует принимать любезно, как гостей, и одаривать подарками, которые им больше всего приглянулись. Такой же линии поведения необходимо придерживаться и на берегу, когда туземцы пожелают войти в сношение и говорить с нами... Узнавайте у туземцев, есть ли поблизости другие острова или обширные земли, и если они населены, то какой цвет кожи у их жителей, едят ли они людей, миролюбиво или воинственно настроены; есть ли у них золото... серебро... жемчуг, специи... как они называются на их языке и запоминайте эти названия. Выясните, где это все добывается. Покажите свою благодарность за все то, что они дали... Крики и шум туземцев на их сборищах, бряцание оружием не должны вызывать у нас тревоги... При нападении туземцев сначала надо дать холостой залп из мушкетов, выстрелить в воздух, а затем уже, сообразуясь с обстановкой, предпринять необходимые меры, чтобы их отогнать или остановить... Мы должны относиться к туземцам как к детям... Всегда быть справедливыми к ним, иметь открытые и честные намерения, и тогда бог поможет нам, как он помогает всем, чьи цели добры». Кирос предусмотрел и случай, если корабли потеряют друг друга: корабль, который первым придет в Санта-Крус, должен ждать остальных три месяца. Если же по истечении этого времени они не появятся, ему следует «плыть в поисках Южной Земли на юго-запад к 20° ю. ш., затем на северо-запад до 4°, оттуда на запад, вдоль северного побережья Новой Гвинеи к Маниле, а потом домой, в Испанию, через мыс Доброй Надежды».
Суда шли заданным курсом. Великий океан был тогда действительно тихим, хотя ветры часто меняли направление, затрудняя движение кораблей. Так продолжалось до 22 января, когда суда достигли 26° ю. ш. Погода резко изменилась. Начался сильный шторм. Кирос, несмотря на протесты Торреса, решил изменить курс и идти на северо-запад. Он считал, что в это время года безопаснее уйти в более теплые моря.
25 января с кораблей увидели в воде пучки водорослей, а на следующий день — стаи птиц. Неподалеку испанцы обнаружили небольшой атолл, но подойти к нему оказалось невозможно, а на судах кончались запасы питьевой воды. Испанцы пользовались предусмотрительно захваченной Киросом «машиной» для переработки морской воды в пресную, но для ее работы требовались дрова, которых тоже оставалось немного. К вечеру исчез «Сан-Педро», что сильно обеспокоило Кироса, но, к счастью, наутро с флагмана увидели, что он идет навстречу на всех парусах.
29 января вдали показалась земля. С «Сан-Педро» была спущена лодка с тремя людьми. Вернувшись, они сообщили, что подходы к берегу опасны для судов. И на этот раз высадка не состоялась, корабли пошли дальше.
В первые дни февраля испанцы обнаружили еще несколько неизвестных островов, но все они были окружены рифами, которые делали невозможным подход судов.
Наконец 10 февраля корабли подошли к острову, где в отличие от всех встреченных ранее на берегу были видны люди, дым костров.
Испанцы, первые увидевшие все это, закричали: «Люди, люди на берегу!» Это известие вызвало такой восторг у экипажей судов, уже много дней мучившихся от нехватки воды, что люди на берегу показались им ангелами, как писал впоследствии Кирос.
Но и к этому острову подходы оказались опасными. К берегу была послана шлюпка, которая тоже не смогла подойти к острову: находившиеся в шлюпке матросы увидели, что стоявшие на берегу люди вооружены дубинками и копьями. Испанцы знаками показали аборигенам, что хотят высадиться, те также знаками ответили, что не возражают и показали направление, куда надо плыть. Но высокая волна мешала шлюпке подойти к берегу. Тогда двое из матросов разделись и вплавь добрались до острова. Встреча поразила их. Аборигены, положив на землю оружие, три раза поклонились испанцам. Они обнимали их и целовали «в щеки, что означает выражение дружбы, используемое также и во Франции», — отметил Кирос в своих записках.