Через семнадцать дней плавания Дрейк достиг Форта Диего, так он назвал место, где семь недель назад приказал построить укрепленный лагерь. Здесь его ждали плохие новости. Его брат Джон, совершая на пиннасе плавание вдоль берега, встретил испанское судно, которое попытался захватить. Но и сам он, и его люди были почти безоружны. Джон бросился на палубу корабля во главе штурмующей группы, держа в одной руке сломанную рапиру, а в другой вместо шита подушку. Он получил пулю в живот, и «в течение часа этот юноша, подававший большие надежды, окончил свои дни», — писал один из спутников Дрейка.
Дрейка ожидала и другая беда. Десять человек заболели, и большинство из них умерли через несколько дней. Среди умерших был второй брат Дрейка — Джозеф. Надо заметить, что это единственный случай, когда в описаниях жизни Дрейка, воспоминаниях его современников и сподвижников упоминается имя этого его брата. Остались неизвестными ни обстоятельства его жизни до этого плавания, ни даже его возраст.
Дрейк приказал хирургу вскрыть тело Джозефа, чтобы обнаружить, что за болезнь поразила его команду, определить, как ее лечить. Вразумительного ответа Дрейк не получил: сам хирург умер через несколько дней. Один из спутников Дрейка впоследствии писал: «Это был первый и последний эксперимент в области анатомии, который капитан сделал во время плавания».
В начале января 1573 г. мароны, служившие Дрейку разведчиками, принесли известие о том, что в Номбре-де-Диос прибыл из Испании флот под командованием Диего Флореса де Вальдеса, а в Панаме ведется подготовка к перевозке драгоценностей на Атлантическое побережье.
Дрейк послал одну из своих пиннас под названием «Лев» проверить сообщение маронов. Это нетрудно было сделать, ибо если флот действительно прибыл, то испанцы должны были свозить в Номбре-де-Диос на судах продовольствие из различных городов своих американских владений. Действительно, «Лев» вскоре встретил испанский корабль из Толу, груженный маисом, курами и тыквами. Продовольствие предназначалось для флота, стоявшего в Номбре-де-Диос. Судно вместе с тринадцатью испанцами, составлявшими его экипаж, было доставлено в Форт Диего. Там Дрейку с немалыми трудностями удалось уговорить маронов не убивать захваченных испанцев.
Было самое время начинать главное дело. Дрейк оставил часть своей поредевшей команды охранять захваченных испанцев, а сам с восемнадцатью матросами и двадцатью пятью маронами выступил в поход через Панамский перешеек. Мароны оказывали Дрейку большую помощь. Они служили носильщиками, добывали пищу, охотясь на зверей и птиц, разбивали лагерь обычно на берегу рек, в тех местах, где было вдоволь овощей и фруктов. Вооружены они были луками и стрелами. Англичане заметили, что мароны имели различные виды стрел в зависимости от их назначения. Боевые стрелы были подобны шотландским, но несколько длиннее, с наконечниками из железа, дерева или рыбьих костей. Для охоты на крупного зверя они использовали стрелы с железными наконечниками весом в полтора фунта. Для охоты на небольших животных у них были стрелы с наконечниками, весившими вдвое меньше, а на птиц — стрелы с наконечниками весом не более 30 граммов. Железо на наконечниках было хорошо закалено, и они не тупились. В путь отправлялись с восходом солнца и шли до 10 часов утра. Отдыхали два часа. В полдень возобновляли переход и шли до четырех часов дня. После этого останавливались на ночевку. Мароны разбивали лагерь, готовили пищу.
На третий день отряд Дрейка пришел в селение маронов, которое было расположено на склоне холма недалеко от реки. Селение было окружено рвом шириной в три метра и обнесено стеной высотой в четыре метра. В нем была одна широкая улица и несколько узких, пересекавших ее. Всего в селении было 50 домов. Оно имело очень опрятный вид. Жители по случаю прихода отряда Дрейка оделись в праздничные платья в испанском стиле. Вокруг селения на расстоянии трех миль постоянно находились патрули маронов, предупреждающие об опасности в случае появления испанцев, хотя от испанских поселений было более 100 миль.