Губернатор согласился, и 28 апреля англичане ушли из города, увезя захваченную добычу на лодках. Деньги губернатор обещал прислать позднее в обмен на пленных, захваченных в городе. Через неделю к Пуне подошла лодка, на которой было доставлено 44 тыс. ф. ст. После угрозы англичан увезти с собой в Англию пленных испанцев губернатор прислал еще 7 тыс. ф. ст. В ответ на это Роджерс освободил пленных.
Вскоре после того как английские корабли исчезли в открытом океане, за ними по распоряжению вице-короля Перу была послана погоня: три испанских и одно французское судно. Но они не сумели найти англичан.
В это время англичане тяжело расплачивались за свой успех в Гуаякиле. В городе, как оказалось, свирепствовала эпидемия какой-то тяжелой болезни. Роджерс называет ее в своих записях злокачественной лихорадкой, а Довер — чумой. Англичане подхватили там инфекцию, и на пути к Галапагосским островам, куда направились их корабли, число больных доходило до 150 человек. Излечившись от болезни пуншем, Роджерс распорядился лечить всех других больных тем же способом.
Дав отдохнуть командам и пополнив запасы продовольствия и питьевой воды на Галапагосских островах, Роджерс приказал кораблям плыть к другой излюбленной базе буканьеров — на острове Горгоны в Панамском заливе. Там англичане отпустили на берег 72 остававшихся у них пленных из команд захваченных испанских судов и распродали часть награбленных товаров. Тут же была произведена раздача «легко делимой добычи» в соответствии с правилами, определенными офицерским советом кораблей. Каждый получил свою долю колец, пряжек, пуговиц, цепочек, одежды, шпаг с серебряными рукоятками и т. п. Но раздача добычи не только не способствовала укреплению дружественных отношений между членами экипажей, а, напротив, привела к серьезным раздорам не только между офицерами и матросами, но и между самими офицерами. Так, Довер был очень недоволен размером полученного добра, Роджерсу пришлось даже перевести его на корабль Кортни. 60 человек подписали петицию с требованием увеличить их долю добычи. На кораблях назревал мятеж. Роджерсу пришлось арестовать четырех человек. Одновременно он собрал всех людей на палубе, потребовал от них заверений в отказе от мятежных действий, а добившись этого, выпустил арестованных и объявил о сокращении доли офицеров в награбленном имуществе, а также заявил, что он лично отказывается от той добычи, которая была найдена в каютах захваченных кораблей, что всегда считалось «законной» собственностью капитанов приватирских кораблей. «Мы, — писал Роджерс, — чтобы сохранить надлежащую дисциплину, дали команде впечатляющий пример того, как надо свои интересы подчинять общим, даже неся при этом потери».
Установив порядок на кораблях, можно было приступать к дальнейшим разбойничьим операциям. Дампир убедил Роджерса идти на поиски манильского галиона, поскольку первая из его навязчивых идей — разграбление города — была выполнена. Дампир советовал идти к мысу Корриентес на мексиканском берегу и там поджидать галион, идущий в Акапулько. По его подсчетам, корабль должен был появиться через месяц.
Английские корабли подошли к Калифорнийскому заливу и стали на якорь напротив мыса Лукас. Однако, увидев эти пустынные берега, англичане поняли, что в течение месяца им здесь не прокормиться. Действительно, вскоре люди начали страдать от голода. Ждать появления галиона стало мучительно. Наконец, 21 декабря 1709 г. «Дюк» и «Датчис» вышли в море, а «Маркиз» остался. Англичане страстно желали встретить манильский галион.
«К нашей огромной радости и удивлению, — писал Роджерс, — около 9 часов матрос, находившийся на верхушке мачты, закричал, что видит парус на юго-западе от нас примерно на расстоянии семи лиг. Мы немедленно подняли наш флаг и бросились за ним. На «Датчис» сделали то же самое. Но ветер стих, и я распорядился послать пиннасу с вооруженными людьми за «Маркизом».
На следующий день, приблизившись к неизвестному кораблю, англичане увидели, что это был не галион, а обычное судно — хорошо построенный французский фрегат с 40 пушками. Английским судам долго не удавалось подойти к французскому фрегату поближе, чтобы атаковать его. Наконец на следующий день «Дюк» подошел к фрегату с одного борта, а «Датчис» — с другого. После ожесточенной схватки фрегат удалось захватить. Его команда насчитывала 193 человека, девять из них были убиты в бою. Англичане потеряли 20. Сам Роджерс был тяжело ранен. Пуля попала ему в челюсть, и ее потом не могли извлечь в течение нескольких месяцев. Рана сильно беспокоила Роджерса на протяжении всего дальнейшего плавания. После этого он перестал говорить, боясь, что кусок раздробленной челюсти попадет в горло. Все свои распоряжения он писал на бумаге.