Не получив ответа от Бэнкса, Флиндерс 16 октября написал аналогичное письмо в директорат Ост-Индской компании. 22 октября директорат рассмотрел предложение Флиндерса и передал его для дальнейшего изучения в комитет по судоходству. И в этом случае Флиндерс вынужден был ждать. Он покинул на время Лондон и поехал в родные края: ему очень хотелось повидаться с семьей и, конечно, со своей дорогой Аннетт.
Встреча с семьей была невеселой. Еще не улеглась боль от потери Елизаветы. Отец окончательно перестал надеяться, что сыновья станут продолжателями его дела. Это ожесточило его. Вернувшись в Лондон, Мэтью получил от отца письмо, в котором тот сообщал, что прекращает всякую финансовую помощь и ему, и брату Сэмюэлу.
После этого отец прожил недолго. Он умер в мае 1802 г.
В Лондоне Флиндерс наконец получил письмо от Бэнкса, который приглашал Мэтью к себе домой. Дальнейшие события стали развиваться с головокружительной быстротой. Письмо Бэнкса было написано 16 ноября, а уже 21 ноября Адмиралтейство выделило корабль для плавания. Дело в том, что Бэнкс сразу же понял значение проекта Флиндерса и принялся за его осуществление с присущей ему энергией. Надо сказать, что Бэнксу не пришлось долго объяснять Адмиралтейству и правительству необходимость скорейшей организации экспедиции в Новую Голландию. Об этом свидетельствует отсутствие каких-либо письменных документов: ни записок Бэнкса в Адмиралтейство, ни протокольных записей рассмотрения предложения Флиндерса на заседании кабинета. Видимо, Бэнкс просто переговорил с графом Спенсером, первым лордом Адмиралтейства, и все было решено. Столь благоприятная позиция правительства объяснялась тем, что оно разрешило французскому мореплавателю Николасу Бодену на кораблях «Натуралист» и «Географ» отправиться в подобное плавание. Теперь же, узнав от Бэнкса всю важность экспедиции и неблагоприятные для Англии последствия успешного ее завершения французами, правительство стремилось исправить ошибку. Французские корабли, направлявшиеся к Маврикию, прошли Канарские острова. Но это известие было месячной давности. Надо было спешить. 10 декабря Адмиралтейство приказало «снабдить корабль продовольствием на шесть месяцев заграничного плавания как можно быстрее». 19 января 1801 г. судно было зарегистрировано в списке британского военно-морского флота под названием «Исследователь». В этот же день был подписан приказ о назначении Флиндерса командиром корабля.
Когда неделю спустя Флиндерс принял командование судном, его уже начали переоборудовать для предстоящего плавания. Флиндерс с помощью президента Королевского общества Бэнкса получил разрешение Адмиралтейства на полный контроль за ходом этих работ, а также за подбором экипажа, оснащением судна различным исследовательским оборудованием, покупкой и погрузкой продовольствия.
Флиндерс скрупулезно следил за снаряжением судна в далекий и трудный путь. Был взят запасной руль, оборудованы дополнительные баки для пресной воды. Для того чтобы освободить для них место, десять крупнокалиберных пушек были заменены на легкие орудия. Флиндерс распорядился погрузить на корабль большое количество лимонного сока, уксуса, кислой капусты как противоцинготных средств.
Одновременно Флиндерс с большой тщательностью отбирал команду корабля. Желающих принять участие в экспедиции было очень много. Однажды Флиндерс сказал, что хотел бы посмотреть одиннадцать человек, а пришло двести пятьдесят. О Флиндерсе шла слава не только как об опытном навигаторе, но как и о гуманном человеке, хотя и требовательном. К тому же нельзя не учитывать, что в это время шла война, поэтому куда спокойнее было отправиться в плавание к берегам Новой Голландии, чем принимать участие в морских сражениях в европейских водах. Так что у Флиндерса был большой выбор, и он не преминул этим воспользоваться.
Прекрасно был подобран научный состав экспедиции: ботаник Роберт Браун, картограф Уильям Уэстолл и художник Фердинанд Бауэр. Все они, как и Флиндерс, были люди молодые. Самым юным из них был Бауэр, которому исполнилось лишь девятнадцать лет. На должность второго лейтенанта Флиндерс пригласил своего брата Сэмюэла.
Во время подготовки экспедиции Дж. Бэнкс был для Флиндерса добрым гением. Он вовремя вступал в дело, устраняя возникавшие препятствия, оказывал нужную помощь и поддержку. Это ускоряло ход подготовительных работ. А времени было мало. Чтобы быть на месте в наиболее благоприятное для экспедиции время, «Исследователь» должен был прийти в Порт-Джексон в декабре 1802 г., т. е. через одиннадцать месяцев после назначения Флиндерса капитаном корабля. По крайней мере половину этого времени должна было занять плавание. На отбор экипажа и снаряжение судна у Флиндерса оставалось не более пяти месяцев. Время для Англии было трудное, французская угроза становилась все серьезнее. Доставать все необходимое для экспедиции было очень сложно.