В память о столь удивительной встрече Флиндерс назвал бухту, где стояли малайские суда, Малайским заливом, а близлежащий остров — островом Побассо.
И англичане, и малайцы торопились продолжать свой путь. Поэтому 19 февраля они расстались. Побассо повел свои суда на юго-восток, а Флиндерс — на запад. Он прежде всего решил тщательно исследовать острова Английской компании. Две недели «Исследователь» передвигался от острова к острову, а Флиндерс наносил на карту их расположение.
Завершив эту работу, Флиндерс направился к заливу Арнем. На вельботе он прошел вдоль всего побережья залива, а затем взял курс на острова Уэссел. Время шло быстро. Срок жизни «Исследователя», определенный Эйкеном и Мэртом, пугающе сокращался. Флиндерс должен был окончательно решить, что делать: идти дальше или вернуться назад. После трудных раздумий он принял решение прекратить исследование северного побережья Новой Голландии, но идти не в Сидней, а на северо-запад, к Тимору.
Было 5 марта 1803 г. В дневнике Флиндерс так объяснил свое решение: «Ветры, дующие в течение последних четырех дней преимущественно с востока, убедили меня, что настало время принять во внимание состояние корабля и необходимость безотлагательного возвращения в Порт-Джексон… Я подсчитал, что, если мы немедленно отправимся в Порт-Джексон, наше возвращение завершится почти в те шесть месяцев, которые были определены Эйкеном и Мэртом, и что мы пройдем вдоль южного побережья и через Бассов пролив, где ожидается наиболее плохая погода, до того как зимние ветры наберут силу. Это даст нам реальный выход из положения, если состояние корабля не окажется хуже, чем мы считаем… Против немедленного возвращения есть следующее возражение: нынешние благоприятные ветры в высшей степени способствуют продолжению изучения этого очень интересного побережья, поскольку мы уже нашли здесь многочисленные гавани и места, удобные для захода судов. Возрастающая скорость течений, улучшающаяся плодородность почв, так же как и увеличивающаяся близость к нашим индийским владениям, — все это говорит в пользу продолжения изучения этого побережья. Я убежден, что оставить такое место, как это, сознавая, что никогда уже сюда не удастся вернуться, может лишь человек, который не одержим страстью открытий… Я способен сбросить бремя обязанностей, но я никогда не мог похвастать, что обладаю хотя бы искрой того священного огня, который воспламенял души Колумба и Кука! Я, конечно, не такой уж Дон-Кихот в открытиях, хотя, с тех пор как прочел «Робинзона Крузо», стал постоянно к этому стремиться. Но есть и другое основание для возвращения — это плохое состояние моего здоровья, так же как и многих других членов экипажа, хромота из-за неизлечимых цинготных язв на обеих ногах, не позволяющая, мне пользоваться шлюпками или подниматься на верхушку мачты, что совершенно необходимо для проведения достаточно тщательных исследований. Нужно ли говорить, что именно эти обстоятельства заставили меня принять решение вернуться в Сидней. И теперь мы отправились в путь при свежем и благоприятном ветре».
Миновав острова Уэссел, «Исследователь» направился по Арафурскому морю на запад, к порту Купанг, расположенному в юго-западной части. Тимора. Флиндерс все ещё колебался, куда идти: к Тимору или прямо в Сидней. Лишь 26 марта он окончательно решил идти в Купанг. При этом он руководствовался двумя соображениями. Во-первых, Флиндерс надеялся найти там судно, готовящееся к отплытию в Европу, и на нем отправить в Англию Роберта Фоулера с собранными материалами, а в случае удачи приобрести новые корабли для продолжения своего плавания. Во-вторых, его очень тревожило все ухудшающееся состояние здоровья команды. Больных было уже 22 человека. Судовой врач X. Белл в своих записках так объяснял причину этого: «Более девятнадцати месяцев, прошло с тех пор, как мы покинули Англию, и в течение этого времени представилось лишь две возможности пополнить наши продовольственные запасы и отдохнуть — четыре дня на Мадейре и восемь дней у мыса Доброй Надежды; да еще один раз в Порт-Джексоне в день рождения его величества.
За все время пребывания в Порт-Джексоне команда корабля не могла достать мяса, а овощей получала очень мало, да и то лишь вследствие милосердия, проявленного к ней губернатором. За последние восемь месяцев у нас не было возможностей пополнить пищевые запасы, фруктов и овощей — лучших противоцинготных средств — доставать не удавалось. В течение этого периода команда судна подвергалась почти непрерывному воздействию страшной, изнуряющей жары и до крайности удушливой атмосферы, что продолжалось до 16 декабря, когда небо заволокли тучи, блеснули молнии, загремел гром и начался ливень. Это изменение погоды очень скоро пагубно отразилось на состоянии здоровья команды: начался страшный понос, часто сопровождавшийся симптомами лихорадки».