Большое огорчение принесло ему известие о том, что Перон опубликовал книгу о плавании Бодена, которому приписал все открытия, сделанные Флиндерсом на южном побережье Новой Голландии. «Издание книги о французских открытиях, написанной господином Пероном, — отмечал впоследствии Флиндерс, — было большой нелепостью. Император Наполеон, придавая общенациональное значение этой книге, выделил большую сумму на ее публикацию. Из «Монитора» от июля 1808 г. я узнал, что всем открытым мною и капитаном Грантом местам на южном побережье Terra Australis даны французские названия. Ни словом не упомянуто о том, что я когда-либо высаживался на побережье. Говоря о первом томе книги господина Перона, газеты утверждали, что никогда английская нация не совершала плаваний, которые можно было бы сравнить с экспедицией «Географа» и «Натуралиста». После исследования южного побережья до острова Кенгуру я встретил капитана Бодена и дал ему первую информацию об этих местах и о том, что его там ожидает. Мне было больно узнать, что, несмотря на. это, о моих открытиях не упоминается ни словом. Французское правительство всячески превозносило значение экспедиции Бодена, и все офицеры, принимавшие в ней участие, получили повышения; плавание же «Исследователя» пока привлекло мало внимания как в Англии, так и во Франции; никто из моих офицеров не был продвинут по службе по возвращении на родину, и для меня ничего не было сделано за долгие годы заключения. Совершенно очевидно, что в одном случае была нарочитая щедрость, а в другом — несправедливость и пренебрежение. Огромная разница в отношении к двум плаваниям усугубила мою горечь и поколебала ту слабую надежду, которая еще оставалась у меня на скорое и почетное освобождение».
В мае 1809 г. в Порт-Луи прибыло французское судно, доставившее известие, что все обращения и письма, посланные Флиндерсом с офицерами фрегата «Резвый», переданы адресатам. Но проходила неделя за неделей, а его положение оставалось без изменений. Прождав месяц, Флиндерс написал письмо губернатору, прося его разрешить Аннетт приехать к нему на Маврикий. Впоследствии Флиндерс так объяснял этот свой неожиданный шаг: «В мои планы не входило, чтобы жена покинула Англию, но я надеялся из ответа губернатора узнать о его намерениях. По прошествии шести недель, когда из Франции прибыло еще одно судно, мне был дан следующий ответ: «Губернатор не возражает против приезда вашей жены на жительство в колонию, но для обеспечения ее безопасности необходимо, чтобы она обратилась к министрам его британского величества, которые сделают запрос министрам его величества императора и короля». Это было равносильно тому, что либо новый приказ о моем освобождении не был получен, либо его не думали выполнять».
В сентябре стали распространяться слухи о намерении Англии напасть на Маврикий, и все пленные англичане стали строго охраняться. В середине месяца британские военные корабли подошли к острову и блокировали его, бомбардировав в ряде мест побережье. 12 декабря к острову подошел корабль британской Ост-Индской компании «Гарриет»: Британские суда, патрулировавшие побережье, пропустили его в гавань Порт-Луи. На корабле находился Хью Хоуп, посланный британским правительством для ведения переговоров с Деканом об обмене военнопленными.
Флиндерс узнал, что Хоуп надеялся добиться его освобождения из плена. В конце декабря Хоуп письменно сообщил Флиндерсу, что встретил у Декана очень любезный прием и обсудил с ним вопрос об освобождении Флиндерса. В конце письма он выражал уверенность в успехе. Но Флиндерс не разделял радужных надежд Хоупа, ибо не верил в искренность губернатора. В конце января 1810 г., в соответствии с достигнутой договоренностью об обмене военнопленными, Декан послал корабль к мысу Доброй Надежды за пленными французами. С этим кораблем Флиндерс отправил в Англию большую часть своих книг и вещей, а также письма родным и знакомым.
К этому времени британский флот прекратил блокаду острова, так как наступил сезон бурь. Сообщение Маврикия с внешним миром восстановилось. Из Франции прибыло несколько кораблей, но ничего нового для пленника они не привезли.
Неожиданно 13 марта 1810 г. Флиндерс получил письмо от Хоупа, в котором он сообщал, что губернатор согласился освободить и отправить Флиндерса на «Гарриет»; официальное уведомление об этом должно быть передано ему в тот же день. Отплытие корабля назначено на конец марта. Но ни в тот день, ни через неделю письмо от губернатора не пришло. Лишь 28 марта Флиндерс получил следующее письмо от полковника Монистроля: «Его превосходительство губернатор уполномочил меня сообщить вам, что он распорядился отправить Вас на родину на судне «Гарриет» при условии, что Вы не будете участвовать во враждебных действиях против Франции или ее союзников в течение теперешней войны… Отплытие корабля назначено на субботу 31 марта».