Тогда Флиндерс попросил, чтобы ему выплачивали полное жалованье с того времени, как он начнет работу над книгой «Путешествие к Terra Australis». Это будет официальное издание, подчеркивал он, и Адмиралтейство получит на него все права. Адмиралтейство отказало ему и в этом, но Флиндерс не сдавался. Если бы не работа над книгой, писал он в Адмиралтейство, я смог бы поселиться в сельской местности, где жизнь намного дешевле. Работа же над книгой и картами заставляет меня оставаться в Лондоне, где жить на назначенное жалованье — фактически обрекать семью на нищету.
Спор продолжался до второй половины 1811 г. Окончательное решение Адмиралтейства гласило, что Флиндерс будет получать половинное жалованье командира военного судна с 18 декабря 1803 г., а в счет «компенсации» ему будет дополнительно выплачена сумма в 500 фунтов стерлингов.
Все это время Флиндерс вынужден был заниматься поисками наиболее дешевых квартир. За три года жизни в Лондоне он сменил их шесть раз.
Поражает, с какой черствостью и безразличием относились власти к Флиндерсу. Мало того, что он был обречен на нищенское существование, ему предъявили обвинение в незаконном расходовании денежных средств во время плавания «Исследователя». Например, потребовали, чтобы он вернул деньги, уплаченные за фрукты и овощи, купленные на Тиморе для тяжелобольных матросов, компенсировал затраты на освещение кают научного состава экипажа во время экспедиции и т. п. Только помощь всесильного Бэнкса спасла Флиндерса от наскоков адмиралтейской бюрократии.
Теперь Флиндерс, казалось бы, мог приступить к осуществлению цели, намеченной еще на Маврикии, — написанию книги о своем путешествии вокруг Новой Голландии. Но и здесь Адмиралтейство пыталось ставить ему палки в колеса. От брата первого лорда Адмиралтейства адмирала Джозефа Йорка Флиндерс узнал, что Адмиралтейство сначала решило поручить написание книги или «рассказов» о путешествии нескольким литераторам, но затем склонилось к тому, чтобы это сделал Флиндерс с помощью ученых, принимавших участие в плавании «Исследователя». Распоряжение Адмиралтейства гласило: «Их лордство настоящим объявляет, что если сведения, собранные во время плавания, представляются достаточно значительными, то оно согласно с их опубликованием в форме рассказа, составленного командиром по плану, сходному с тем, который был использован при публикации плаваний капитана Кука».
Узнав об этом, Бэнкс немедленно отправил секретарю Адмиралтейства Джону Бэрроу письмо, в котором предложил свою помощь в составлении плана работы. Бэрроу ответил, что Адмиралтейство принимает предложение Бэнкса «с удовольствием и удовлетворением». Одновременно Бэрроу сообщил, что Адмиралтейство приказало ему собрать все рисунки, карты, записки и другие необходимые материалы, Поскольку «карты и гравюры будут подготовлены за государственный счет, а бумага, печатание и т. п. оплачиваться не будут». Иначе говоря, Адмиралтейство не брало на себя никаких обязательств, связанных с подготовкой и изданием книги. Все взваливалось на плечи Флиндерса.
Флиндерс целиком погрузился в работу. В соответствии с планом, составленным Бэнксом, он сначала написал расширенное вступление, в котором рассмотрел все плавания к берегам Новой Голландии, совершенные до него, и сделанные во время них открытия. Вступление Флиндерс закончил в конце января 1812 г. Затем он приступил к работе над первым томом, в котором описал плавание «Исследователя» к мысу Луин и вдоль южного побережья Новой Голландии. К первому тому было сделано приложение, в котором уточнялось географическое положение южного побережья пятого континента. Во втором томе Флиндерс рассказал о плавании вдоль восточного и северного побережий Новой Голландии, о возвращении с Тимора в Сидней, а также о последнем плавании, закончившемся его пленением. Ко второму тому были сделаны два приложения. В первом уточнялась долгота восточного и северного берегов Новой Голландии, а во втором сообщалось об очень важном исследовании Флиндерса — влиянии судового железа на показания компаса. К книге, получившей название «Путешествие к Terra Australis», был приложен великолепно выполненный атлас побережья континента.
В работе над книгой Флиндерсу очень помогали его дневниковые записи. Но, как уже отмечалось, Декан не вернул ему третьей части дневника, касавшейся как раз последнего плавания Флиндерса, которое окончилось у берегов Маврикия. Флиндерс так и не мог ее разыскать. В течение почти 130 лет ничего не было известно о третьей части дневника. Лишь в 1927 г. она была обнаружена среди неразобранных старых рукописей, хранившихся в Лондонском архивном управлении.