Дрейк, однако, не обнаруживал своих подозрений. Более того, он проявлял к Доути очевидное расположение. Доути был назначен капитаном флагманского корабля «Пеликан». Когда был захвачен испанский корабль, на борту которого находился да Сильва, Доути был переведен на него, а еще спустя некоторое время назначен на «Лебедь». И вот теперь именно «Лебедь» исчез. Подозрения Дрейка в отношении Доути перешли в уверенность.
12 мая, подойдя к 47° ю.ш., Дрейк обнаружил гавань, которая ему понравилась как удобное место стоянки. Дрейк решил сам, взяв лодку с «Елизаветы», обследовать бухту. Но не успел он вернуться на борт корабля, как повторилось то, что англичане наблюдали в первые дни, подойдя к бразильскому берегу: неожиданно стемнело, и началась сильнейшая буря. Наутро Дрейк обнаружил исчезновение второго судна — «Златоцвета». Свою поредевшую флотилию Дрейк повел дальше на юг, к порту Святого Юлиана, где останавливался еще Магеллан. Через два дня корабли бросили якорь. Найдя место очень удобным для стоянки, Дрейк тем не менее решил направиться сначала на поиски пропавших кораблей. Капитану «Елизаветы» Винтеру он приказал идти на юг, а сам на «Пеликане» отправился на север и вскоре встретил «Лебедя». Когда «Пеликан» подошел вплотную к борту «Лебедя», Дрейк приказал перенести весь груз с него на свой корабль. Переведена была и команда, в том числе и Доути. Затем Дрейк распорядился уничтожить «Лебедь». После этого Дрейк приказал судить Доути. Судьями он назначил офицеров кораблей.
В число судей вошел друг Доути — Викари, который заявил, что подобный суд не правомочен решать вопрос о лишении Доути жизни. «Я и не поручал вам решать этот вопрос, — ответил Дрейк. — Оставьте его решение мне. Вы должны только определить, виновен он или нет».
Суд состоялся, и, по словам Флетчера, вина Доути была полностью установлена. Сам обвиняемый ее признал и сказал, что если судьи не вынесут ему смертный приговор, то он сам станет своим палачом. Судьи в количестве сорока человек единогласно вынесли смертный приговор. Определение вида казни предоставлялось на усмотрение Дрейка. Суд происходил на небольшом островке в заливе порта Святого Юлиана, который Дрейк назвал Остров Истинной Справедливости.
После того как приговор был вручен Дрейку, которому, как сообщает Флетчер, королева на последней аудиенции перед отплытием из Англии подарила меч, сказав при этом: «Мы считаем, что тот, кто нанесет удар тебе, Дрейк, нанесет его нам», он приказал позвать Доути и прочитал ему приговор. Затем Дрейк предложил Доути выбор: желает ли он быть казненным здесь, на острове, или вернуться в Англию, чтобы предстать перед Тайным советом королевы?
Доути, как передает Флетчер, «смиренно поблагодарил генерала за мягкость, проявленную к нему», и попросил дать время подумать. На следующий день Доути сообщил свое решение: хотя он и виновен в совершении тяжкого греха и теперь справедливо наказан, у него есть забота превыше всех других забот — умереть христианином; ему все равно, что станет с его телом, единственное, чего он хочет, — это быть уверенным, что он сподобится будущей лучшей жизни. Он опасается, что оставленный на суше среди язычников вряд ли сможет спасти свою душу. Если же он решит вернуться в Европу, то ему понадобится корабль, продовольствие и команда. Если даже Дрейк даст ему все необходимое для плавания, то все равно не будет желающих его сопровождать на родину, а если и найдутся такие, то для него путь домой будет той же казнью, но долгой и мучительной вследствие глубоких душевных переживаний от сознания своей тяжкой вины. Поэтому он от всего сердца принимает первое предложение генерала, обращаясь только с просьбой, чтобы ему дали возможность перед смертью принять святое причастие вместе с друзьями и умереть, как подобает джентльмену.
Просьба осужденного была удовлетворена. На следующий день Доути вместе с Дрейком причастился. После принятия причастия они вместе очень дружески пообедали, подбадривая друг друга. На прощание выпили один за здоровье другого, «как если бы им предстояло лишь обычное путешествие».