При осмотре писем выяснилось, что в них не указаны фамилии адресатов, а лишь выставлены цифры 30 и 40. Байи утверждал, что его попросили перевезти письма и что ему не известны ни шифр, ни значение этих цифр. Однако вскоре был обнаружен шифр - его отыскали, разрезав подкладку камзола Байи. Таким образом, в руки Кобгема попали нити опаснейшего заговора, который сплела контрреформация против правительства Елизаветы. Губернатор, которому было еще не известно, что скрывалось за цифрами 30 и 40, намеревался немедля доставить захваченные бумаги лорду Берли. Услышав об этом, Байи как-то странно посмотрел на присутствовавшего при допросе родного брата губернатора Томаса, который недавно втайне принял католичество. Тот понял значение этого взгляда и сказал, что если эти бумаги попадут к Берли, то герцог Норфолк конченый человек. Однако ни Томас, ни Байи не осмелились разъяснить Кобгему, почему адресаты, помеченные таинственными цифрами 30 и 40, затрагивают могущественного герцога. Губернатор решил ехать к Берли.
По дороге, в лодке, Томас снова начал с жаром убеждать брата не передавать бумаги Берли. Эти просьбы тем более имели вес, что сам Уильям Кобгем находился в какой-то связи с Ридольфи и боялся, что главный министр так или иначе докопается до этого обстоятельства. Но как скрыть от Берли и его вездесущих тайных соглядатаев бумаги, официально конфискованные таможенниками и привезенные ими Кобгему? Лодка подплыла к дому министра. Продолжавший колебаться Кобгем отдал книги, захваченные при аресте Байи, ...и с письмами вернулся домой. Надо было на что-то решиться. Вместо того, чтобы передать письма Берли, Кобгем переслал их к Лесли с вежливым письмом, содержащим просьбу к епископу как к послу иностранной государыни явиться завтра к нему и вместе распечатать таинственную корреспонденцию. Ловкому прелату и не требовалось ничего больше. Он без промедления прибыл в испанское посольство, где вместе с послом доном Герау Деспесом занялся спешной фабрикацией поддельных писем, которые должны были заменить настоящие. Фальшивые были написаны тем же шифром, что и подлинные. В них сохранялся враждебный в отношении Елизаветы тон, но были выброшены все указания на существование заговора. Несколько других писем, вроде письма Марии Стюарт дону Герау, было дополнительно вложено в пакет, чтобы окончательно усыпить подозрительность Берли. Настоящие же письма были отправлены Норфолку и лорду Лэмли. После того как сфальсифицированная корреспонденция была переслана Берли, Лесли для пущего правдоподобия даже официально потребовал ее выдачи, ссылаясь на неприкосновенность дипломатической переписки.
Берли на некоторое время был обманут фальшивыми письмами. Однако его поразил наглый тон книги Лесли, за которым должны были скрываться какие-то далеко идущие планы. Кроме того, подозрительность министра питали и донесения посланного им во Фландрию разведчика Джона Ли. Он выдавал себя за католика, бежавшего от правительственных преследований, и втерся в круг католических дворян, эмигрировавших из Англии и активно участвовавших в заговорах против Елизаветы. Но Берли не любил ненужной поспешности. Он придерживался принципа "бросать камень так, чтобы не было видно кинувшей его руки". Из предосторожности он отправил Байи в тюрьму Маршальси, хотя узнавший об этом Лесли тщетно доказывал, что фламандец является его слугой и пользуется дипломатическим иммунитетом.
Берли решил продолжать игру и перехитрить своих врагов. Главным его козырем были арест Байи и опасение Лесли и дона Герау, что их связной сообщит что-либо противоречащее той версии, которую они довели до сведения Берли с помощью фальшивых писем. Берли ожидал, что будут предприняты попытки установить связь с Байи, и не ошибся в своих предположениях. Сначала дон Герау послал верного человека к фламандцу, потом Лесли направил к нему ирландского священника. Оба они не вернулись. А тут неожиданно подвернулось счастливое обстоятельство...
Темной ночью в мрачную сырую камеру, где на вязанке соломы лежал, дрожа от холода, Байи, неожиданно проникла какая-то фигура. Заключенный с радостью узнал своего старого знакомого. Да, это был Томас Герли, которого благочестивые католики считали святым великомучеником. Двоюродный брат леди Нортумберленд, жены предводителя недавнего католического восстания, Герли за участие в этом выступлении был брошен в тюрьму. Заключенные и посетители тюрьмы Маршальси видели, как несчастного страдальца заковали в тяжелые цепи и неделями держали в подземных темницах на хлебе и воде. Католики, включая епископа Росского и дона Герау, считали Герли невинной жертвой протестантов. Многие пытались даже заручиться советами или благословением узника в благочестивой уверенности, что на него нисходит дух божий. Последнее доказать, конечно, трудно. Доподлинно известно другое: Герли находился на постоянном жалованье у лорда Берли; не установлено только, пытался ли он требовать прибавки за свою славу святого. Во всяком случае, он предлагал принять участие в похищении или убийстве любого человека по желанию лорда Берли. К услугам столь любезного человека и обратился министр.
Все это, конечно, было неизвестно Байи, который в ответ на сообщенные Герли "важные тайны" поведал ему много такого, о чем с живейшим интересом утром узнал любознательный Уильям Сесил. Но спрос на услуги великомученика быстро возрастал. К святому обратился Лесли и попросил, учитывая, что Герли разрешили свидания с посетителями, послужить связным между епископом и Байи. Герли с готовностью вызвался уважить желание достойного прелата. С писем, которые он носил от Лесли к Байи и от Байи к Лесли, разумеется, снимались точные копии в канцелярии лорда Берли. Эти письма, однако, были шифрованными, и шифр раскрыть не удавалось. А святой при очередной встрече с Байи не совсем ловко сыграл свою роль и проговорился. Байи понял, что перед ним правительственный шпион. Министр тогда приказал привезти Байи. к себе и потребовал от него расшифровать свою корреспонденцию с Лесли. Фламандец уверял, что потерял ключ к шифру. Тогда Берли приказал перевезти пленника в Тауэр, чтобы надежно изолировать его от других заговорщиков, и там подвергать пытке до тех пор, пока он не откроет содержания шифрованных писем.
На стене камеры Байи сохранилась вырезанная им надпись, помеченная 10 апреля 1571 г.: "Мудрым людям следует действовать с осмотрительностью, обдумывать то, что они намерены сказать, осматривать то что они собираются брать в руки, не сходиться с людьми без разбору и превыше всего не доверять им опрометчиво. Шарль Байи". Однако, как мы увидим, автор плохо вник в смысл того поучения, которое он вывел из своего знакомства с Томасом Герли...