На протяжении апреля и мая 1571 г. Байи подвергали допросу под пыткой, впрочем, по понятиям закаленных на этот счет современников, не очень суровой. Дон Герау, с понятным вниманием следивший за событиями, деловито сообщал, что "Байи более напугали, чем нанесли ему телесные повреждения". Лесли не мог разделять хладнокровное спокойствие испанца: тому в самом худшем случае угрожала высылка на родину, а для епископа с его сомнительным титулом "посла" арестованной Марии Стюарт вполне реально вырисовывалась перспектива самому познакомиться с прелестями Тауэра. Поэтому не удивительно, что он всячески старался укрепить дух Байи, посылая ему постельные принадлежности, вкусную пищу и, главное, постоянные напоминания о том, как вели себя в языческих темницах христианские святые, прославившие церковь.
По-видимому, "святые" действительно никак не желали оставить в покое злополучного фламандца. Трюк с Герли оказался настолько удачным, что Сесил решил попробовать еще раз. А чтобы преодолеть естественное недоверие Байи, решили обратиться к услугам святого, репутация которого стояла вне всяких подозрений. В Тауэре в это время сидел доктор богословия Джон Стори. Католический фанатик, призывавший к убийству Елизаветы, после ее восшествия на престол бежал во Фландрию и сделался испанским подданным, продолжая там плести сети заговоров против английского правительства. Герцог Альба поручил Стори богоугодное дело - обыскивать корабли в Антверпене и конфисковывать протестантские книги, которые пытались контрабандой провезти во владения испанского короля. Однажды, когда достопочтенный доктор богословия явился на один из кораблей, команда неожиданно подняла якорь и на всех парусах направилась в английский порт Ярмут. Это было судно, специально посланное для того, чтобы изловить Стори и доставить в Англию, Суд приговорил Стори как изменника к смерти. Но Елизавета в эти годы еще играла в милосердие и отказывалась подписывать смертные приговоры за политические преступления. (Тысячи участников восстания на севере были казнены без суда, да к тому же это ведь были простые крестьяне!) Как бы то ни было, Стори продолжал сидеть в Тауэре, ожидая своей участи, а авторитет его среди рьяных католиков возрастал с каждым месяцем заключения.
Правда, доктор Стори, с готовностью выполнявший поручения гер-Цога Альбы, не годился на роль агента лорда Берли. Но министр не привык останавливаться перед такими пустяками. Ведь Байи не знал Стори в лицо; фламандцу было лишь известно, что почтенный доктор сидит в одной из соседних камер. Роль Стори было поручено сыграть одному из ловких разведчиков Сесила, некоему Паркеру (тому самому, который oрганизовал похищение богослова из Антверпена).
Ночью перед дремавшим Байи возникла худая длинная фигура нового святого. Можно ли было сомневаться в докторе Стори? Тем более wo он ведь ни о чем не спрашивал Байи, а лишь жалел и сокрушался о несчастьях, постигших фламандца. И не только сокрушался, но и дал Байи мудрый совет, как избежать предстоящей ему назавтра более суровой, чем прежние, пытки и вместе с тем верно послужить римской церкви и королеве Марии. Байи следует наняться на службу к лорду Берли и начать за ним шпионить, сообщая добытые сведения епископу Росскому. А поступить к Берли на службу будет очень нетрудно: дело в том, что министр уже узнал каким-то образом ключ к шифру. Так что Байи лучше всего будет раскрыть этот шифр, все равно уже известный, и таким путем войти в доверие к Берли... Байи поддался на соблазнительное предложение избегнуть пытки и в то же время помочь заговорщикам. На другой день он открыл ключ к шифру и был крайне поражен, когда понял, что полностью выдал своих доверителей. Предложение поступить на службу к Берли было также, конечно, отвергнуто к неменьшему удивлению Байи. Злополучному фламандцу теперь оставалось лишь заполнять каменные стены своей темницы нравоучительными сентенциями о вреде нетерпения, которые он составлял на английском, французском и латинском языках. (Его освободили через несколько лет и выслали на родину.)
Однако Байи не знал и не мог поэтому выдать самого главного секрета кто скрывался за цифрами 30 и 40. Берли попытался это выведать у самого Лесли с помощью нашего старого знакомого Томаса Герли. Епископ Росский, так как ему не передавали никаких сведений от Байи, не подозревал о подлинной роли Герли и продолжал поддерживать с ним связь через верных людей. Однако, сколько ни жаловался, потрясая кандалами, мученик на преследования со стороны нечестивого министра еретической королевы, посланец епископа не мог ему сообщить значение двух таинственных цифр. Да и письма, которые можно было расшифровать, были ведь фальшивые - это теперь стало ясным для Берли. Нужно было овладеть подлинными письмами.
Вскоре епископ получил письмо от Герли. Почтенного человека, как стало известно Лесли, снова допрашивали и угрожали пыткой. Герли в своем письме просил о помощи и доверии со стороны епископа. Тот, несмотря на полное сочувствие мукам страдальца, все же не видел причин для сообщения ему содержания своей секретной корреспонденции.
Делать нечего, по приказу Тайного совета Лесли был арестован и подвергнут допросу относительно писем, которые привез Байи, и поручений, которые давались Ридольфи. Епископ попытался вывернуться с помощью нового обмана, заявив, что "ЗО" означает дона Герау, а "40" - Марию Стюарт и что оба эти письма он сжег. Что же касается писем, которые были посланы с Ридольфи, то они, по уверению Лесли, содержали просьбу о помощи со стороны папы римского и герцога Альбы для борьбы против врагов Марии Стюарт в Шотландии. Иначе говоря, епископ отчаянно пытался замести следы своего участия в заговоре против Елизаветы и скрыть само существование этого заговора.
Берли, конечно, не поверил ни одному слову в показаниях епископа Росского. Но министр все еще не знал, кто действительно скрывался за двумя цифрами. Пока что Лесли, учитывая его сан и становившуюся, правда, призрачной роль "иностранного посла", посадили под арест в резиденции одного англиканского епископа. Строгость заключения, в котором содержалась Мария Стюарт, заметно возросла, ее слугам было запрещено после заката солнца покидать место заключения королевы.