Война против Франции, начатая еще при Марии Тюдор без всякой подготовки, была неудачной. В 1558 г. англичане лишились своего последнего опорного пункта на континенте — французского города Кале, который был ими завоеван в XIV в. Трокмортон получил инструкцию выразить согласие с Като-Камбрезийским договором. Вместе с тем посол должен был действовать, исходя из того, что главными непосредственными задачами английской политики были выдворение французов из Шотландии и возвращение Кале. Трокмортону были даны поручения, явно не укладывавшиеся в его дипломатические функции, — точно разузнать, что собираются предпринимать Гизы в отношении Шотландии (причем чрезмерная любознательность английского посла не должна быть замечена). Трокмортон должен был также устроить побег из Франции шотландского графа Эррана, имевшего права на шотландский престол. Однако Трокмортон свои задачи понимал еще шире. Он один из первых почувствовал, какие выгоды может извлечь для себя протестантская Англия, поддерживая протестантские силы в различных странах Европы, и прежде всего французских гугенотов. Помощь протестантам в надвигавшейся религиозной войне во Франции могла стать наилучшим способом достижения Лондоном внешнеполитических целей.
Едва Трокмортон обосновался в Париже, как Генрих II в начале июля 1559 г. был смертельно ранен, участвуя в рыцарском турнире. Через несколько дней король скончался, на престол вступил его сын Франциск II, муж Марии Стюарт, а Гизы установили полный контроль над правительством и подготовили посылку значительных французских подкреплений в Шотландию. Тревожные депеши Трокмортона Сесил использовал, чтобы сломить сопротивление Елизаветы против плана английской вооруженной интервенции в Шотландию. Осенью 1559 г. Трокмортон был отозван, в марте следующего года начались военные действия. Превосходство англичан на море заставило Гизов согласиться на эвакуацию французских войск из Шотландии — таковы были условия Эдинбургского договора, добиться ратификации которого Марией Стюарт Елизавета поручила Трокмортону, снова отправившемуся для этой цели в Париж. К этому времени Трокмортон был уже заметной фигурой на европейской дипломатической сцене. Впрочем, его акции в глазах английской королевы были подорваны бестактными советами, которыми продолжал докучать ей сэр Николае. Положение мало менялось даже тогда, когда советы преподносились под видом донесений, в которые включались слухи, ходившие о Елизавете при французском дворе.
Другим активным разведчиком тех лет был Генри Киллигрю, посланный во Францию для связи с гугенотами. Сэр Генри в известном смысле являлся противоположностью Николасу Трокмортону. Снедаемый страстями, Трокмортон не раз шел собственными путями, которые вызывали неудовольствие королевы и ее министров. Киллигрю, напротив, был идеальным, почти безликим слугой тюдоровской монархии, всегда послушным, неколебимым в своем усердии, готовым без малейших угрызений совести на любые действия, включая убийство, если только оно соответствовало государственным интересам в том смысле, какой вкладывали в это понятие Елизавета и ее советники. Мария Стюарт оказала Киллигрю во Франции важные услуги, так же как и Трокмортону, который запомнил это и пытался совместить преданность Елизавете с поисками политики, которая не вредила бы и шотландской королеве. Иное дело — Киллигрю. Он сразу же с холодной ненавистью стал самым непримиримым ее врагом — ненавистью, целиком вызванной трезвым политическим расчетом. Однако во Франции и Трокмортон, и Киллигрю еще действовали в полном согласии для осуществления целей явной и тайной дипломатии елизаветинского правительства. Уже в июле 1559 г. Трокмортон многозначительно известил королеву, что Киллигрю сослужил ей «многими различными способами столь добрую и трудную службу, что заслуживает хорошей награды».
В Лондоне считали, что герцог Гиз, обладавший большим влиянием при французском дворе, постарается силой поддержать притязания своей племянницы Марии Стюарт. Вдобавок в Шотландии все еще находилось некоторое количество французских войск. Задачей английской секретной службы поэтому стало всяческое поощрение политической и религиозной оппозиции и в Шотландии, и во Франции. Трокмортон и Киллигрю вполне подходили для выполнения подчас весьма щекотливых поручений, связанных с такой политикой. В июле 1559 г. Киллигрю удалось устроить бегство из Франции графа Эррана, который был нужен английской разведке в Шотландии. Киллигрю действовал вместе с английскими разведчиками Томасом Рэндолфом и Ричардом Тремэйном.
Через месяц, в августе, Киллигрю установил контакт с Антуаном, королем Наварры, возможным руководителем французских протестантов. Одновременно Киллигрю собрал и направил в Лондон подробную информацию о французской эскадре, которая под командой маркиза д'Эльбефа в январе 1560 г. отплыла в Шотландию. Буря рассеяла эту эскадру, что было большой удачей для Англии.
Трокмортон, Киллигрю и ряд других английских агентов деятельно участвовали в подготовке широкого заговора французских протестантов. Вернувшись в Лондон в конце февраля 1560 г., Киллигрю мог доложить о предстоящих важных событиях во Франции. Речь шла о знаменитом Амбуазском заговоре, в котором глава протестантов принц Конде ставил цель захватить короля Франциска II и лидеров католической партии — Гизов. Главным организатором заговора был Жан Дю Бари де ла Реноди, который выполнял поручения не только Конде, но и английской разведки.
Заговор был очень опасным для Гизов, но его не удалось сохранить в тайне. О нем узнали, в частности, лазутчики герцога Савойского и кардинала Гранвеллы, испанского наместника в Нидерландах, поспешившие известить обо всем Гизов. Информация, хотя и довольно неточная, просочилась к Гизам и по другим каналам. Из попытки захватить двор врасплох в Амбуазе ничего не вышло, и протестантский заговор потерпел полную неудачу.
В декабре 1560 г. умер Франциск II. Мария Стюарт перестала быть царствующей королевой Франции и вскоре уехала в Шотландию. Гизы потеряли контроль над французской политикой. Вступление на престол брата умершего короля, Карла IX, фактически передало бразды правления в руки его матери Екатерины Медичи, которая в это время стремилась предотвратить открытую войну между католиками и гугенотами. Сэр Николае Трокмортон придерживался прямо противоположного мнения насчет желательного направления развития событий во Франции. К этому времени он успел создать прочную разведывательную организацию и мог посылать Сесилу подробные отчеты о малейших изменениях французской политики. Екатерина Медичи, со своей стороны, установила постоянную слежку за британским дипломатом.
События вскоре пошли как раз по руслу, по которому их стремился маправить Трокмортон, хотя в том не было его особой заслуги. Убийства гугенотов в Васси и в других местах по наущению Гизов послужили в
1562 г. сигналом к началу первой из ряда религиозных войн, растянувшихся на полстолетия. Гугеноты взялись за оружие, их силы во главе с адмиралом Шатийоном и Конде сосредоточились в Орлеане. И там же очутился британский посол с немалым количеством золота. Сэр Николае видел в гражданской войне во Франции не только средство вернуть Кале. Трокмортон думал о большем. Он писал Сесилу, что при умелом ведении дел Елизавета «будет в состоянии стать арбитром и правителем христианского мира» вместо испанского короля.
Правительство Елизаветы предполагало побудить гугенотов уступить Англии Гавр и Дьепп как плату за военную помощь. Эти города могли быть потом обменены на Кале. В Лондоне учитывали стратегическое значение Дьеппа и особенно Гавра, а также занятого гугенотами Руана. Гавр и Руан были ключами к Парижу, так как контролировали устье Сены, по которой осуществлялся подвоз продовольствия во французскую столицу. Поэтому агенты Сесила появились в этих городах, выясняя возможности их обороны против королевской армии и готовность принять английские гарнизоны. В августе 1562 г. туда же прибыл Киллигрю. Он пытался не только определить военные силы гугенотов в этом районе, но и убедить их лидеров принять английскую поддержку. Киллигрю пришлось пережить много опасных приключений, прорываясь силой с отрядом солдат через территорию, занятую неприятелем. В октябре 1562 г. английские войска прибыли в Гавр. Помощь запоздала и оказалась крайне недостаточной. Сам Киллигрю, раненный в ногу, попал в плен. Спасли его от печальной участи других пленных англичан, преданных смерти, лишь заступничество влиятельных друзей и надежда французских католиков получить немалый выкуп. После уплаты солидной суммы он был отпущен на родину.