Вскоре еще один догмат стал вызывать у него сильные сомнения. Началось все с того, что Симонс узнал о казни одного из "апостолов" Гофмана Зике Фриркса (Снайдера). Фрирксу отрубили голову неподалеку от Леевардена за то, что он повторно крестил себя. Менно тут же обратился к Св. Писанию, но так и не смог найти там однозначного основания для практики крещения младенцев. Тогда он начал изучать писания реформатов - Лютера, Бусера и Буллингера, но обнаружил, что приводимые ими аргументы в пользу крещения младенцев однозначно не подтверждаются Св. Писанием. Однако, несмотря на все свои сомнения, Менно Симонс по-прежнему оставался католическим священником. Более того, к тому времени его повысили в сане и перевели в его родной город Витмарсум. Именно там по-настоящему укрепилась его репутация евангелического проповедника, поскольку Менно часто приходилось выступать перед народом, обличая мюнстерских еретиков, распространявших в народе свое учение. Менно знал лидеров мюнстерского движения и даже пытался вести с ними переговоры, но, при всем уважении к их фанатичной преданности своей вере и искренности, нисколько не сомневался в том, что они заблуждаются, и в своих проповедях публично пытался объяснять прихожанам всю ошибочность их взглядов.
Поворотный момент в жизни Менно также оказался непосредственно связан с мюнстерской трагедией. Группа из примерно трехсот повстанцев, направлявшаяся на помощь осажденным сторонникам Бокгольда, захватила монастырь неподалеку от Витмарсума. Там бунтовщики были окружены войсками епископа. В итоге большинство из них были убиты, а остальные захвачены в плен и казнены. Считается, что среди повстанцев был и брат Менно Петер Симонс. На этот раз Менно решил перейти от слов к делу. По многим пунктам он был согласен с бунтовщиками, но решительно отвергал их слепой фанатизм. И все же он испытывал внутренний разлад - ведь в то время как эти, во многом близкие ему по взглядам люди, блуждая, как овцы без пастыря, шли к неизбежной гибели, он, прекрасно все понимая, жил в тиши и комфорте и даже укреплял свою репутацию яркими обличениями мюнстерского движения. Менно обладал типичным для его народа фризским характером - неспешным и основательным, но одновременно решительным и твердым. Решение созревало нелегко, но после долгой внутренней борьбы он, наконец, сделал свой выбор и порвал с прошлым.
В публичном заявлении, сделанном 30 января 1536 года, Менно объявляет о начале своего нового служения Христу, а затем скрывается из родного города с помощью мирных анабаптистов, чьи взгляды ему были очень близки. В течение следующего года Менно занимается изучением Св. Писания и много пишет. Несомненно, что именно в течение этого периода ему удалось окончательно сформировать ту систему взглядов, которой он неукоснительно придерживался в последующие двадцать пять лет вплоть до самой смерти. Через год уединенных трудов Менно посетила небольшая делегация анабаптистов из шести-восьми человек, попросившая его стать лидером их общины. После некоторых колебаний и раздумий о последствиях столь небезопасного шага как возглавление преследуемой религиозной группы Менно Симонс согласился взять на себя это служение и был рукоположен Оббе Филипсом, от которого несколько ранее принял и свое новое крещение.
В поисках своего пути
Как мы уже знаем, где-то в 1539-40 годы, т.е. через два-три года после рукоположения Менно Симонса, Оббе Филипс отошел от движения, устав от борьбы как с римско-католическим традиционализмом, так и фанатическим экстремизмом мюнстерских анабаптистов. Если первые ставили предание и традиции превыше Св. Писания, то вторые впадали в другую крайность, пытаясь истолковать каждый библейский текст в свете своих собственных мечтаний и чаяний. Между этими двумя полюсами были еще лютеране и кальвинисты, которые, с одной стороны, стремились к реформам, а с другой - сохраняли многие традиции, доставшиеся в наследство от католической церкви, и потому резко расходились с анабаптистами по целому ряду вопросов.
На долю Менно Симонса выпала очень нелегкая задача провести только лишь начавшую оперяться общину анабаптистов через разные духовные искусы и испытания ему предстояло отделить правду от полуправды, противопоставить заблуждениям ясное учение, вдохновить и ободрить преследуемых и гонимых, поправить и наставить заблудших и построить молодую сильную церковь, не падая духом от того, что его самого все время гнали и преследовали как еретика. В период этой нелегкой борьбы 1540-1550-х годов у Менно было немало сподвижников, среди которых следует особенно выделить Дирка Филипса. Однако именно благодаря руководству Менно, движение голландских анабаптистов сумело выйти из кризиса первых лет и, преодолев искус фанатичного радикализма и экстремизма, избегнуть весьма вероятного краха. Неслучайно, за Менно укрепился авторитет первого лидера и всех, кто примыкал к движению, начали называть сначала меннистами или меннонистами, пока наконец за членами общины не закрепилось нынешнее название - меннониты.
Надо сказать, что наибольшая трудность борьбы, которую Менно вел в те годы, состояла не в противодействии преследованиям со стороны католической церкви, или экстремистским идеям религиозных фанатиков. Самую сложную и интенсивную борьбу ему приходилось вести с лютеранами, кальвинистами и даже некоторыми из братьев из своего ближайшего окружения. Вот тут-то и оказалось труднее всего выработать оптимальную тактику действий. Скажем, меннониты сходились во мнении с лютеранами и кальвинистами по основным вопросам догматики, сложившейся в результате Реформации. В частности, они разделяли догмат реформатов об оправдании верою и верховном авторитете Св. Писания в области вероучения, однако делали из этих догматов несколько иные выводы. Так, для меннонитов оправдание верою означало, что крестить можно только достаточно взрослых людей, способных верить сознательно и принимать самостоятельные решения; в свою очередь членами их церкви, по их мнению, могли стать лишь те, в чьей жизни заметны реальные плоды веры.
Лютеране же и кальвинисты (реформаты), напротив, по-прежнему придерживались того мнения, что для безопасности общества необходимо иметь общую религию. При этом в качестве примера они указывали на мюнстерские события, показавшие, что может случиться, если предоставить людям право самим выбирать себе религиозную общину, либо вообще отказаться от членства в какой бы то ни было церкви. В 1540-х годах Менно в своих посланиях главам этих государственных церквей много полемизировал по этим вопросам и большая часть сохранившихся документов, написанных его рукой, относится именно к этому периоду.
В 1544 году в Эмдене состоялась первая важная встреча-дискуссия по вопросам вероучения с Яном Аласко, после чего Менно выпустил два пространных заявления. Вторая дискуссия была с Мартином Майкроном, пастором реформатской церкви в Лондоне. После того, как королева Мария, отменив реформы, проведенные Генрихом VII и Эдуардом VI, восстановила католицизм в качестве государственной религии в Англии, кальвинистам пришлось покинуть страну. Зимой 1553 года они высадились на побережье северной Германии неподалеку от Висмара. Меннониты, сами находившиеся в то время на положении беженцев, протянули беглецам руку помощи, когда их лодка застряла в прибрежных льдах, и помогли обосноваться на новом месте, где никто не хотел иметь с ними дела.