После победы над Ибрагимом Лоди Бабур стал укреплять свою власть в новой стране, и ему пришлось сражаться с отдельными отрядами афганских военачальников, которые остались от прежней иноземной власти на севере Индии. Он тогда даже не знал, кто такие раджпуты. Но рана Санга уже начал понимать, что означает воцарение нового мусульманского завоевателя в Дели. Сначала он надеялся, что Бабур, как и многие другие завоеватели до него, вернется восвояси с награбленной добычей. Но тот не спешил уходить. Рана Санга сумел уговорить раджпутских правителей Индии выйти совместно с ним на борьбу против Бабура. Он, видимо, жалел теперь о том, что год назад не удалось раджпутам выступить совместно с Ибрагимом Лоди, хотя историкам известно, что рана Санга предпринимал со своей стороны попытки соединить усилия раджпутов с кем-нибудь из этих иноземных завоевателей, чтобы в ходе борьбы выиграть Дели. Говорят, что рана Санга сумел собрать армию, в которой были кроме него семь раджпутских правителей княжеств и 804 подданных тхакура со своими военными отрядами. К ним присоединился даже брат Ибрагима Аоди Махмуд, которого дипломатичный Санга признал в качестве законного правителя Дели. Были с ними и некоторые уцелевшие домогольские мусульманские наместники северных районов Индии. Всех их объединяла задача изгнать Бабура из Индии. Это раджпутское войско захватило форт Баяна, где уже был посажен наместник от Бабура. Тогда Моголы впервые столкнулись с раджпутами и, как гласит история, были очень деморализованы воинским искусством раджпутских воинов. Посланные Бабуром на спасение Баяны полторы тысячи солдат были разгромлены раной Сангой и в панике бежали обратно, рассказывая всем, какой ужасный враг эти раджпуты. Даже астролог, взятый из Кабула, предсказывал поражение в сражении с ними. Могольская армия не хотела более никаких битв, она просилась обратно домой. Бабур был вынужден противостоять этой психологической атаке; он собрал свое войско и обратился к ним с речью, в которой напоминал своим наемникам, что дом родной далеко, что всякая жизнь кончается смертью; и что если суждено погибнуть, то погибнуть надо с честью, а если суждено победить, то это будет победа во славу божию. Он пообещал, что после победы отпустит всех, кто захочет, домой. И объявил священную войну джихад против раджпутского раны и его сторонников. Армия воспряла духом.
Два войска сошлись около деревни Кхануа в районе Агры и Сикри. У раджпутов было около 80 тыс человек. Армия Бабура, по-видимому, состояла из 40 тыс человек. Битва началась 17 марта 1527 г. Первый звук этой исторической битвы был выстрел из пушки в войске Бабура; эта пушка выстрелила каменным ядром, что произвело страшный грохот и совершенно ошеломило раджпутскую армию. Раджпуты никогда прежде не видели артиллерии и не знали, что это такое. Даже прекрасные военные слоны раджпутов дрогнули. Тем не менее раджпуты смогли смять правый фланг могольской армии. Моголы продолжали время от времени производить пушечные выстрелы (они были редкими), но раджпутская армия вполне оправилась от потрясения и успешно сражалась теперь уже по всему фронту. Но у Бабура оставались свежие отряды, которые он ввел в бой в критический момент битвы, что помогло ему переломить ситуацию в свою пользу. Кроме того, рана Санга был ранен и без сознания унесен с поля боя, что охладило воинственный пыл его армии. Раджпутская армия не умела воевать без командующего. Так победа оказалась в руках Бабура. Битва длилась десять часов и считается одной из самых заметных в индийской истории. Знаменита она тем, что до самой последней секунды ни одна из сторон не имела перевеса в ней. Раджпутская армия раны Санги сражалась до последнего, и многие были убиты, но только ранение раны Санги окончательно сломило боевой дух войска. Сам Бабур в своих мемуарах с уважением говорил о раджпутах.
Битва при Кхануа оказалась решающей и для индийских правителей, и для Бабура. Но судьбу индийских государств решил не только полководческий талант Бабура. Раджпутов победила артиллерия, которой они не знали, а Бабур уже заполучил. Многие раджпуты были деморализованы тогда этим обстоятельством и даже не думали о новых сражениях. Рана Санграм Сингх (рана Санга) не оставлял стремления вновь сразиться с Бабуром, но он так и не смог оправиться от ран, полученных в битве, и очень страдал душою; это привело к его смерти в январе 1528 г.
После этой битвы Бабур окончательно решил остаться в Индии. Он расширял и укреплял свои владения. Он занимался строительством и разводил сады, которые спасали его от нелюбимых им в Индии жары, пыли и ветра. Он наводил административный порядок на своих территориях. И умер 26 декабря 1530 г. Со смертью Бабура связана невероятная история. У Бабура был любимый сын, наследник Хумаюн. Он тяжело заболел, и никакие усилия врачей не могли ему помочь. Бабур попросил совета у мусульманского святого человека Абу Бака. Тот сказал, что помочь может только Аллах, и что для этого Хумаюн должен отказаться от самого дорогого, что у него есть. Бабур сказал: «Самое ценное, что есть у Хумаюна, — это я сам». И тут же попросил Аллаха принять в жертву его, Бабура, жизнь. Сказав это, он обошел трижды вокруг ложа больного сына, говоря, что принимает на себя его болезнь. История гласит, что вскоре после этого Бабур заболел, а Хумаюн пошел на поправку. Бабур успел назначить Хумаюна (1530–1556 гг.) своим преемником, поручил его заботам всю семью и братьев, и умер. Современные историки не все доверяют этому рассказу средневековой хроники, но в памяти людей Бабур остается еще и образцом отеческой преданности и любви.