Мастерская Джованни Санти обрела известность, занимая главенствующее положение среди других в городе. Обычно в таких мастерских писались не только портреты, обетные картины, алтарные образы и хоругви, но и расписывались cassoni — свадебные сундуки, неотъемлемая часть приданого невесты, и прочая мебель. Там же золотились различные предметы быта и конские сбруи. Не обошлось без помощи старого отца Санте, мастера на все руки, благодаря которому появился столярный цех по изготовлению багетных рам для картин и обрамления зеркал, основным поставщиком которых была Венеция. В мастерской производились также всевозможные поделки в стиле традиционных народных промыслов, пользовавшиеся большим спросом.
К Санти часто захаживали местные толстосумы, разбогатевшие на оптовой торговле и строительных подрядах. Эти нувориши ни в чём не хотели уступать знати и стали чуть ли не главными заказчиками предметов роскоши. Работы прибавлялось, и пришлось нанять новых подмастерьев. Так под началом Санти оказался молодой парень по имени Эванджелиста из соседнего городка Пьян ди Мелето, тут же получивший, как тогда было принято, прозвище «Пьяндимелето». Это была довольно загадочная личность, сыгравшая поначалу определённую роль в судьбе юного Рафаэля и введшая в заблуждение самого Вазари. Новый подмастерье был по натуре молчалив и не любил досужих разговоров, чем грешили товарищи по цеху. Он проявлял завидное упорство в работе, был трезвенником. На него, как посчитал хозяин мастерской, часто бывавший в разъездах по соседним городам в поисках заказов, можно было целиком положиться и доверить дело.
Добившись успеха, материального достатка и прочного положения в обществе, Санти в 1480 году женился на юной Маджии, дочери местного купца средней руки Баттисты Чарла. Их первенец умер вскоре после родов, заразившись оспой от деревенской кормилицы. Но родители недолго горевали — Маджия зачала вновь. В ночь на Страстную пятницу 28 марта 1483 года, то есть 6 апреля по новому григорианскому календарю, введённому в XVI веке, родился мальчик, наречённый при крещении Рафаэлем — именем одного из архангелов Священного Писания, исцелившего Товия.
Вопреки мнению родных муж настоял, чтобы жена сама кормила младенца, на которого он возлагал большие надежды, нутром чувствуя, что это будет самое значительное его творение в жизни, и, как вскоре выяснилось, не ошибся. Особенно ворчали две сестры-вековухи Маргарита и Санта, которые никак не могли взять в толк, что единственного их племянника кормит грудью мать, словно какая-то простолюдинка, а ведь род Санти принадлежал к числу самых уважаемых семейств в городе — недаром при крещении Рафаэля в соседней церкви Святого Франциска присутствовали герцогиня Джованна Фельтрия, сестра правителя Урбино, и другие важные особы. Сёстры Маргарита и Санта давно познали вкус городской жизни и вконец забыли, что их предки когда-то были обыкновенными деревенскими жителями.
Весна была в полном разгаре, и мир после зимних холодов и ненастья ожил и был в цвету. Счастливый отец видел в пробуждении природы доброе предзнаменование, а имя, данное сыну при крещении и означающее «целитель», вселяло радужные надежды. С нежного возраста красивый белокурый мальчик был окружён любовью и заботой родителей, деда Санте и двух тёток, живших, как сказано в рифмованной рукописи Джованни Санти, единой дружной семьёй, под крышей del nido patemo:
Каждый из домочадцев был занят своим делом с утра до вечера, и все вместе приумножали благосостояние семьи. Жизнь протекала спокойно и размеренно по раз и навсегда заведённому распорядку, который ничто не могло нарушить или изменить, настолько прочны и незыблемы были патриархальные устои и традиции, передаваемые от отца к сыну, от деда к внуку.
После вторых родов Маджия ещё больше похорошела и расцвела. Её стали приглашать с мужем, официальным художником двора, на балы и приёмы, устраиваемые во дворце, где она пополнила круг придворных дам в блистательной свите герцогини Елизаветы Гонзага.
Чтобы не ударить в грязь лицом и блюсти этикет, Санти пришлось раскошелиться на гардероб для жены. Не обошлось без помощи искусных рукодельниц сестёр Маргариты и Санты, полюбивших Маджию за добрый нрав и покладистость. Для этих целей на дом приглашался модный портной, и работы ему хватало. В составленном Санти подробном завещании среди прочего фигурирует описание жениных нарядов и упоминается парадное платье gamurra из тонкого аглицкого полотна с длинными атласными рукавами яркого кармазинного цвета и другое такое же, но уже с атласными рукавами фиолетового цвета. На упомянутом выше двойном портрете кисти Пьеро делла Франческа в таком же одеянии, но только с рукавами, сплошь расшитыми золотом, изображена жена прежнего правителя Урбино Баттиста Сфорца.
Муж не скупился на наряды и украшения для молодой жены. Её стройная фигура, лёгкая поступь и низкий грудной тембр голоса восхищали мужскую половину на званых дворцовых раутах, вызывая порой у Санти немалое беспокойство. Маджия была бесподобна на балах. Она выделялась среди всех неповторимой грацией и лёгкостью движений, особенно в старинном котильоне. Её не раз избирали королевой бала несмотря на низкое происхождение. Когда проводились благотворительные лотереи, то к Маджии на зависть остальным придворным дамам выстраивалась длинная очередь блистательных кавалеров, жаждущих получить только из её рук счастливый лотерейный билетик.
Благодаря жене, пользовавшейся успехом во дворце, Джованни Санти неожиданно для себя был повышен в должности и в течение августа-сентября 1487 года занимал весьма почётный пост приора со всеми полагающимися привилегиями. Но вскоре он почувствовал в обрадовавшем поначалу повышении что-то неладное, вызывающее недоумение. Вспомнив, как на балах и приёмах молодые ловеласы бросали на его Маджию жадные похотливые взоры, Санти добровольно отказался от высокой должности, сославшись на недомогание и загруженность по работе. Как его ни уговаривал близкий друг Франческо Буффа, дворцовый церемониймейстер и казначей, он настоял на своём. Обеспокоенный возникшими подозрениями и двусмысленными улыбками завсегдатаев дворцовых приёмов, Санти резко сократил поездки, чтобы проводить больше времени в кругу семьи с женой и сыном.
Мать Рафаэля вполне оправдывала своё редкое имя — Magia. В ней была заключена неизъяснимая магия, которая притягивала и манила при первом с ней знакомстве людей самых разных — от аристократов до простолюдинов. И для каждого у неё находились приветливое слово и обворожительная улыбка, от которой становилось теплее и радостнее на душе. Вне всякого сомнения, это поразительное свойство её натуры и природное обаяние передались сыну.
Рафаэль рос окружённый любовью и лаской. Он рано пошёл и заговорил. Взрослых умиляла в малыше его привычка одарять любого человека улыбкой. При этом он протягивал вновь вошедшему в дом игрушку или лакомство, хотя обычно маленькие дети, в которых чувство собственника проявляется довольно рано, неохотно расстаются со своими вещами и прячут их от посторонних. Удивительная приветливость и щедрость малыша поражали домашних и всех, кто переступал порог дома Санти. Маленький Рафаэль, как и его мать Маджия, оправдывал своё имя — «целитель», поднимая настроение у окружающих. Уже тогда в мальчике угадывалось что-то редкое и необычное, чему трудно было дать определение.
Рафаэль рос любознательным ребёнком, открывающим для себя мир на каждом шагу. Поутру спустившись по винтовой лестнице во внутренний дворик с колодцем, он попадал в помещение, где в печи не затухал огонь и мастеровые под присмотром деда Санте занимались золочением разных предметов, включая лошадиные сбруи и шпоры. За аркой в узкой смежной комнате пол был постоянно усеян пахучими смолистыми стружками и опилками. Это было царство плотников, где малыша всегда ждала загодя приготовленная дедом новая деревянная игрушка, затейливо раскрашенная фигурками птиц и зверюшек. Далее в двух просторных комнатах со сводчатыми потолками и большими окнами, глядящими на улицу, размещалась мастерская отца, откуда исходили непонятные запахи. Там на жаровнях готовились различные лаки, смеси и клеи для грунтовки и не утихал монотонный стук — это ученики толкли ступкой в алебастровых сосудах мел и пигменты, превращая их в мельчайший порошок, или шлифовали наждачной бумагой доски для будущих картин, добиваясь идеальной гладкости поверхности.