Это стало главной задачей третьего подпольного Центрального Комитета КПЧ, созданного летом 1942 года. Под его непосредственным руководством были заложены основы партизанского движения на чешской земле, в Подбрадске, в Гостинских горах, в окрестностях Штрамберка в Моравии, а позже во многих других местах. На чешской земле уже действовали десантники с Востока — выпускники советских партизанских курсов товарищи Пешл и Прохазка. Каждый из них организовал боевую дружину.
Ныне даже трудно себе представить, в каких сложных условиях проходила подпольная деятельность коммунистической партии. Необходимо было не только постоянно остерегаться полицейских облав оккупантов и разветвленной сети «доверенных» и агентов, но и противостоять идее подвижнического мученичества, к которому фактически вели лондонские призывы к пассивному выжиданию.
Выступая против развития партизанского движения, лондонские деятели аргументировали это тем, что оно, мол, требует слишком много жертв. Полковник Франтишек Моравец, главное доверенное лицо Бенеша в делах «домашней войны» и многолетний «экспонент» британской секретной службы, даже изложил подобные взгляды в журнале «Военске розгляды». Именно Моравец, один из главных организаторов покушения на Гейдриха, тот, кто непосредственно руководил всей акцией. Тогда, разумеется, он настаивал на проведении покушения, тогда проводил против воли руководства отечественной организации Сопротивления позицию Бенеша о неизбежности «некоей насильственной акции», покушения, «даже если бы это стоило больших жертв…».
Успешные действия первых партизанских дружин потребовали, разумеется, немалых жертв — были потери в боях, но не меньшими потерями расплачивался и враг. И жертвы эти не носили характера мученичества: они красноречиво свидетельствовали о том, что нет необходимости только отражать удары, но их можно даже наносить по собственной воле.
В донесении Гитлеру от 16 января 1943 года Далюге пишет, что, несмотря на суровые меры, цель которых поддерживать среди чехов психоз страха, в стране ширится дух сопротивления и крепнет воля к освобождению.
А в донесении пражского отдела службы безопасности от 15 июня 1943 года отмечается, что чешское Сопротивление не располагает ныне ни одной организованной группой, поскольку оно лишено центрального руководства, за исключением коммунистического Сопротивления.
«В ходе дальнейших акций по выявлению и истреблению противника были обнаружены в основном подпольные организации коммунистической партии, — пишет штандартенфюрер СС Эрвин Вейнман. — С момента начала новой акции против КПЧ в Чехии в середине января 1943 года было арестовано примерно 1400 граждан за их деятельность в подпольной КПЧ. Удалось раскрыть подпольную организацию в районе Пльзени и арестовать ее руководителей. В ходе ведущегося до сих пор следствия в Пльзени было арестовано около 675 человек, из них 377 человек с заводов „Шкода“ и 70 человек служащих чешско-моравских железных дорог. Эта организация была хорошо построена на основе новых принципов конспирации и вела подготовку к вооруженному восстанию. Кроме оружия и взрывчатых веществ, было заготовлено несколько сот красных повязок, которые должны были носить функционеры. Искусными методами работы нелегальной КПЧ удалось по указаниям центра собрать остатки чешского Сопротивления под знаменем Национального революционного комитета. Этим можно объяснить также тот факт, что среди заключенных есть ряд людей, принадлежащих к интеллигенции. В общем за время, которое освещает донесение, было арестовано в Чехии и Моравии за деятельность в нелегальной КПЧ 1415 человек».