Как сообщал в Москву посол в Гаване А. Алексеев, эта новость поначалу вызвала у Фиделя Кастро, мягко говоря, недоумение и растерянность. Но, выслушав аргументы советской стороны об опасности американской агрессии (и намеки на возможность, в случае отказа разместить советские ракеты, прекращения материальной помощи со стороны СССР), он согласился — раз это столь необходимо для укрепления «безопасности» социалистического лагеря.
В конце июня 1962 года в Москве министры обороны Кубы и СССР, Рауль Кастро и Родион Малиновский, подписали секретный «Договор между Правительством Республики Куба и Правительством Союза Советских Социалистических Республик о размещении Советских Вооруженных Сил на территории Республики Куба».
27 августа в Москве побывал Эрнесто Че Гевара, сообщивший советскому руководству поправки Фиделя Кастро, которые были тут же приняты Хрущевым.
Главный узбекский «партайгеноссе» Рашидов сделал очень простой вывод, вполне соответствовавший его интеллектуальному уровню: пальм на острове много, значит ракеты от американцев спрячем, а солдат и офицеров укроем в землянках. Были выбраны районы будущего развертывания советской группировки, соответствующие отчеты полетели в Москву.
Однако прибывшая 12 июля 1962 года на Кубу рекогносцировочная группа во главе с командиром ракетной дивизии, генерал-майором И.Д. Стаценко (1918–1987), забраковала места дислокации ракетных полков, выбранные советской делегацией.
Позже генерал Стаценко написал:
«Рекогносцировка показала, что центральная часть острова Куба (районы полков т. Сидорова и т. Черчесова) имеют резко пересеченную местность, бедную растительную массу, отсутствуют необходимые площадки, а имеющиеся дороги не обеспечивают проход ракетной техники без проведения большого объема скальных работ, водоносные слои залегают на глубине 150–200 метров, в районах действуют контрреволюционные банды. Таким образом, было установлено, что размещать полки в указанных районах крайне нежелательно и нецелесообразно…
Тщательно изучив строение грунта и климатические условия, было установлено, что располагать войска в землянках в условиях тропиков невозможно ввиду большого количества осадков и испарений.
В связи с этим для размещения личного состава части вынуждены были строить палаточные городки, которые впоследствии явились одним из основных демаскирующих признаков расположения войск на острове Куба».
Вся подготовительная работа на Кубе велась в обстановке тотальной секретности: советских ракетчиков во всех официальных документах именовали «специалистами сельского хозяйства», строительство ракетного комплекса на плато Эсперон официально называлось «строительством советскими военными специалистами учебного центра для кубинской армии». Советские офицеры носили форму кубинской армии, передвигались по острову только мелкими группами под охраной солдат «батальона личной охраны товарища Фиделя Кастро»
Генерал Стаценко:
«Цель проводимых работ содержалась в строжайшей тайне. О прибытии на остров Куба ракетных войск знал строго Ограниченный круг лиц кубинской армии: в начале работ — тов. Фидель Кастро, тов. Рауль Кастро и начальник разведывательного управления генштаба кубинской армии тов. Педро Луис, в последующем — 10 человек и к моменту окончания работ в эти вопросы были посвящены всего 15 человек».
Сохранением секретности проводимой операции был озабочен и Хрущев:
«Больше всего нас беспокоило, чтобы наша операция не была раньше времени раскрыта с воздуха. Американцы непрерывно летали над Кубой. А Кубу можно разведывать не только прямыми полетами, но и летать параллельно берегу над нейтральными водами, делая снимки почти всей территории острова…
Мы хотели скрытно поставить ракеты, чтобы США через свою агентуру и воздушную разведку не смогли их обнаружить. Это было очень важное обстоятельство. То есть, мы хотели сосредоточить ракеты на Кубе тайно от США».
Формирование Группы советских войск на Кубе было в основном завершено к 20 июня 1962 года.
Согласно директивам Генерального штаба, в состав развертываемой группировки вошли: а) штаб группы, состоявший из оперативного управления и отделов (разведки, баллистики, топогеодезического, метеослужбы, комплектования и учета, всего — 133 человека); б) 51-я ракетная дивизия.
Эту дивизию сформировали на базе 43-й гвардейской ракетной дивизии 43-й ракетной армии РВСН, дислоцированной на Украине (штаб — город Ромны). В ее состав вошли полки трех дивизий РВСН (664, 665, 668-й — из 43-й РД, 79-й — из 29-й гвардейской РД (Шяуляй), 181-й — из 50-й РД (Н. Белокоровичи).