В 1955 году по предложению Сергея Королева назначен главном конструктором СКБ-385. С 1963-го — начальник этого предприятия и главный конструктор, с 1977-го — начальник предприятия, генеральный конструктор. Под его руководством КБ стало ведущей научно-конструкторской организацией страны, сформировалась разветвленная кооперация НИИ, КБ, заводов-изготовителей, испытательных полигонов, решавшая задачи разработки, изготовления и испытания ракетных комплексов для Военно-морского флота.
Создатель отечественной школы морского ракетостроения: результат деятельности Виктора Макеева и руководимого им КБ (с обширной кооперации предприятий) — три поколения ракетных комплексов, принятых на вооружение ВМФ страны. В их числе комплексы с ракетами Р-21 — первой ракетой с подводным стартом (1963); Р-27 — первой ракетой с заводской заправкой топливом (1968), ставшей наиболее массовой отечественной БРПЛ; Р-29 — первой морской межконтинентальной ракетой (1974); Р-29 Р — первой морской межконтинентальной ракетой с разделяющейся головной частью (1977); Р-39 — первой отечественной твердотопливной БРПЛ межконтинентальной дальности стрельбы с 10 разделяющимися ГЧ (1983); Р-29 РМ — БРПЛ с наивысшим в мире энерго-массовым совершенством. В 1962 году КБ был сдан на вооружение сухопутный оперативно-тактический комплекс с ракетой Р-17, стартующей с самоходного стартового агрегата, известной под кодовым наименованием НАТО «Скад».
Отечественная школа морского ракетостроения, создателем и руководителем которой был В. П. Макеев, достигла выдающихся результатов в ряде тактико-технических характеристик и проектно-конструкторских решений по рактам, системам управления, стартовым системам. Основные приоритетные решения: размещение двигателей внутри баков горючего или окислителя, практически полное исключение объемов ракеты, не используемых под топливо, применение астро-радиокоррекции на боевых ракетах, использование поясной амортизации из эластомерных материалов, заводская заправка ракеты топливом с ампулизацией баков. Под его руководством создана уникальная лабораторно-экспериментальная база, обеспечивающая комплексную наземную отработку ракет.
Автор 32 основополагающих изобретений, более 200 печатных работ, в том числе монографий. В. П. Макеев вел большую преподавательскую работу, руководил аспирантурой. С 1960 по 1981 год — профессор, зав. кафедрой ЛА в ЧПИ, в 1981–1985 годах — зав. кафедрой проблем энергомашиностроения МФТИ. Инициатор сотрудничества с АН СССР отраслей промышленности и высшей школы в области механики конструкций из композиционных материалов. Возглавляемый им научный совет АН СССР по названной проблеме играл важную роль в координации научных исследований и проведении расчетно-экспериментальных работ. Выполненные под руководством и при участии В. П. Макеева исследования и разработки по тонкостенным оболочкам из композиционных материалов признаны Президиумом АН СССР одним из важнейших достижений в области механики за 1981–1985 годы.
Доктор технических наук (1965), член-корреспондент АН СССР (1968), академик АН СССР (1976), дважды Герой Социалистического Труда (1961, 1974), лауреат Ленинской (1959) и Государственных премий (1968, 1978, 1983). Награжден орденами Ленина (1956, 1961, 1963, 1974, 1984), Октябрьской Революции (1971), медалями. Авторитет Виктора Макеева был настолько велик, что в 1976 году ему был предложен пост министра общего машиностроения, однако от этого предложения В. П. Макеев отказался.
Виктор Петрович Макеев скончался 25 октября 1985 года, в день своего 61-летия. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.
Родился 26 августа 1919 года. В 1937 году поступил в МАИ, окончить который он смог только в 1945 году. В 1941–1943 гг. М. В. Мельников участвовал в разработке и создании первого в мире ракетного самолета БИ-2 конструкции В. Ф. Болховитинова, а в 1943–1944 гг. — в разработках ЖРД многократного действия РД-1 конструкции А. М. Исаева. В 1952 году Михаил Васильевич был переведен на должность начальника отдела из НИИ-1 в НИИ-88, а затем в том же году в ОКБ-1 Министерства оборонной промышленности.