Важное место в Евангелии Филиппа занимают рассуждения о людях, обладающих истинным знанием. В начале евангелия проводится одна из основных идей его автора: люди, обладающие внутренним знанием истины, «таковы, каковы они с самого начала»; именно эти избранные люди создают других истинных людей. Эта мысль проводится и в других местах евангелия. «Христос пришел выкупить некоторых: освободить одних, спасти других. Он выкупил тех, кто чужой, сделал их своими. И он отделил своих, тех, кого он положил залогом по воле своей». Итак, есть свои, «истинные люди»; чужие становятся своими, если внутри себя обретают божественную истину. Автор Евангелия Филиппа выступает против внешнего соблюдения обрядов, которое становилось характерным для многих христианских общин его времени. В этом евангелии в различных выражениях проповедуется необходимость духовного слияния с божеством. Автор весьма своеобразно толкует догмат о воскресении из мертвых: ему чужда вера в телесное воскресение, которая была, по существу, связана со стремлением народных масс получить вознаграждение за все страдания здесь, на земле, и в формах земной жизни. «Те, кто говорит, что умрут сначала и воскреснут, заблуждаются. Если не получат сначала воскресения, будучи еще живыми, [то] когда умирают — не получат ничего», — сказано в этом евангелии. В другом месте со скрытой иронией говорится о наивных опасениях тех верующих, которые боятся «воскреснуть обнаженными». Ни плоть, ни кровь, учит автор Евангелия Филиппа, «не смогут наследовать царствие божие». Плоть Иисуса — логос, а кровь его — дух святой; «те, кто получил это, имеет еду, и питье, и одежду». Именно эта, «истинная плоть», согласно Евангелию Филиппа, воскреснет.
Совершенство человека для автора Евангелия Филиппа лишено моральных характеристик: совершенный человек — это тот, кто облечется совершенным светом и сам станет светом. Но, став светом, человек тем самым перестает быть личностью. В этом учении крайний индивидуализм, выраженный в обращении к внутреннему миру изолированного человека, сочетался с фантастическим стремлением преодолеть изолированность столь же крайним способом — соединением человеческого духа со всеобщей божественной духовной сущностью. До какой же степени одинокими должны были чувствовать себя в окружающем мире люди, для которых «спасение» означало не только избавление от мира, но и отказ от своего «я»!
Однако автор не говорит о том, какими путями можно достичь этого гностического совершенства, этого растворения в «свете». И здесь кроется одно из глубоких противоречий гностического христианства. Первые христиане учили, что почитание распятого мессии, исполнение его заветов (которые каждая группа христиан формулировала по-своему) поможет спастись каждому уверовавшему в Христа. Авторы хенобоскионских евангелий заменили веру гносисом, мистическим озарением, но они не давали никаких советов относительно того, как, совершая одни поступки и не совершая других, обрести его.
Один из вопросов, который должен был встать перед гностиком-христианином, — это вопрос о том, как сочетать избранность пневматиков, людей, обладающих «духом», с христианской проповедью, обращенной ко всем людям, с идеей о том, что ученики и последователи Иисуса должны распространять его учение. Как бы в ответ на эти вопросы автор Евангелия Филиппа выдвигает мысль, что человек, не обладающий духовной сущностью, вовсе не человек, а животное в человеческом обличье. По его словам, Адам съел плод дерева, которое порождает животных; плод дерева животных породил людей-животных. Еще раз он возвращается к этой мысли в том месте евангелия, где определяется, что именно должен делать ученик бога. Ученик бога должен распознать под телесными формами душу каждого. «Есть много животных в мире, имеющих форму человека. Когда он познает их, свиньям он бросит желуди, скотине ячмень, и солому, и траву, собакам он бросит кости. Рабам он даст всходы, детям он даст совершенное». Свиньи и псы в этом отрывке напоминают аналогичные образы в Нагорной проповеди из новозаветного Евангелия от Матфея: «Не давайте святыни псам и не бросайте жемчуга вашего перед свиньями, чтобы они не попрали его ногами своими и, обратившись, не растерзали вас» (7:6). Нагорная проповедь, содержащая, по-видимому, наиболее древнюю в Новом завете христианскую традицию, обращена ко всем уверовавшим в Иисуса. Псы и свиньи в ее контексте — враги, преследующие его учение, от которых надо оберегать «святыню». Проповедь изобилует моральными призывами. Именно в ней обещается награда «нищим духом» (или, по Евангелию от Луки, просто нищим). В Евангелии Филиппа знакомый образ претерпевает изменения: это не аллегорическое изображение врагов, а характеристика извечной сущности людей-животных, которые не способны постичь истину. Внешне образ сохраняется, но суть его меняется кардинально. Такое обращение с традиционными образами и символами было свойственно всем христианским направлениям, по-разному толковавшим эти образы и символы, продолжая при этом считать свое учение истинно христианским.