Евангелие Фомы имеет большое значение для изучения не только воззрений египетских гностиков, но и становления христианской традиции, в том числе и новозаветной. Как и другие хенобоскионские находки, Евангелие Фомы представляет собой перевод на коптский язык с более раннего греческого источника, записанного, вероятно, если не в конце I в., то в самом начале II в. Оно создавалось приблизительно в то же время, что и канонические евангелия, и восходит к тем же устным и письменным источникам. По-видимому, это евангелие было одной из самых ранних попыток обработать в духе учения о логосе раннехристианскую традицию об Иисусе и его речениях. Оно было известно христианским писателям более позднего времени. Цитату из него приводит, например, Ориген. Вероятно, оно было распространено и за пределами Египта, во всяком случае за пределами группы гностиков, нашедших убежище в древнем Хенобоскионе. Название евангелия стоит в конце рукописи.
Евангелие начинается словами: «Это тайные слова, которые сказал Иисус живой и которые записал Дидим Иуда Фома». Таким образом, с самого начала подчеркивается свойственное гностикам представление о тайности учения Иисуса. Тот, кто обретет истолкование этих слов, не вкусит смерти. Характерно, что спасение, бессмертие обретается не через веру или добрые дела, но через истолкование, «познание» скрытого смысла речений. Итак, уже во вступлении к евангелию читатель предупреждается, что он не должен останавливаться на прямом восприятии написанного, а должен найти особый, невидимый поверхностному читателю смысл его. По существу, при всей своей внешней разнородности, Евангелие Фомы представляет собой попытку дать достаточно цельное гностическое толкование широко известным среди христиан поучениям, которые связывались с именем основателя христианства. Однако автор Евангелия Фомы не только дает возможность перетолкования этих поучений, вводя в них скрытый смысл, но и прибегает к прямой полемике с теми положениями учения отдельных христианских групп, которые он не разделяет.
Существенное место занимает в этом евангелии вопрос о царстве божием. Уже сам этот факт указывает на раннюю дату создания евангелия. Оно появилось в то время, когда среди христиан разных направлений одним из главных вопросов был вопрос о вознаграждении всех страждущих в царстве божием. Когда наступит это царство? Наступит ли оно на земле, или нужно ожидать награды на небесах после смерти, и что в таком случае представляет собой этот небесный рай — вот что волновало тогда приверженцев новой религии.
В Евангелии Фомы вместо «царства божия» обычно фигурирует просто «царство», или «царство отца», или, реже, как в Евангелии от Матфея, «царство небесное». Уже в первых речениях автор полемизирует с представлениями о царстве божием, как о чем-то конкретном во времени и пространстве: «Иисус сказал: если те, которые ведут вас, говорят вам: «Смотрите, царствие в небе!» — тогда птицы небесные опередят вас. Если они говорят вам, что оно в море, тогда рыбы опередят вас. Но царствие внутри вас и вне вас». В этом отрывке в уста Иисуса вложены слова, направленные против наивной веры народных масс в земные формы царства божия, в осязаемую награду, которую они получат на земле или на небе за те несчастья, что выпали им на долю. Слова «те, которые ведут вас» намекают на то, что учение о царствии небесном — не общепринятое исконное христианское представление, а взгляды руководителей отдельных христианских общин. В конце Евангелия Фомы снова говорится о царстве божием, но теперь поднимается вопрос о сроках его наступления: «Ученики его сказали ему: В какой день царствие приходит? Иисус сказал: Оно не приходит, когда ожидают. Не скажу: Смотрите там! Но царствие Отца распространяется по земле, и люди не видят его». Таким образом, в мучительных для христиан спорах о царстве божием, которые отражены и в новозаветных произведениях, автор Евангелия Фомы и те, чьи взгляды он отражал, заняли особую позицию: царство божие — это извечно существующая божественная сущность (то же самое, что «свет» или «истина» в других гностических сочинениях). Оно вне людей, но оно и в них, и только внутри себя они могут обрести его. Эта мысль повторяется и в другом речении евангелия. Ученики просят воскресшего Иисуса указать место, где он находится, на что тот отвечает: «Есть свет внутри человека, и он освещает весь мир. Если он не освещает, то — тьма». Итак, автор Евангелия Фомы выступает против конкретных, предметных представлений о царстве божием и об Иисусе, который «сам и есть свет». Такая трактовка царства божия была порождена кризисом апокалиптических настроений, связанных с ожиданием скорого второго пришествия и страшного суда. Кризис этот неизбежно должен был наступить при столкновении религиозных идей с реальной действительностью. Царство божие, согласно Евангелию Фомы, вне времени и пространства, и обрести его может только тот, в ком заложен свет.