Чисто гностические идеи выражены в Евангелии Фомы в речении, где говорится о необходимости сделать верхнее нижним. Как и в Евангелии Филиппа, здесь имеется в виду уничтожение присущих миру (космосу) разделений на противоположности: для того, чтобы войти в царство, нужно сделать внешнее внутренним, верхнее — нижним, а мужское и женское — одним. Вообще для Евангелия Фомы, как отмечает исследовательница этого памятника М. К. Трофимова, характерно сочетание речений абстрактного и явно мистического содержания с притчами и примерами, значительно более конкретными, чем аналогичные тексты новозаветных сочинений. Дело в том, что, в отличие от евангелий Нового завета, которые подвергались неоднократным изменениям и редактированию вплоть до канонизации «священных» книг в IV-V вв., Евангелие Фомы в том виде, в каком оно дошло до нас, представляет собой один из первых опытов объединения идей ранних христианских групп с мистикой египетских гностиков. Далеко не все притчи и слова Иисуса, взятые автором евангелия из устной или только что записанной традиции, он решился или сумел изменить, отредактировать. Но наряду с древними речениями приводятся логии отвлеченного характера, дававшие читателям своего рода ключ, с помощью которого они должны были проникнуть в «истинный» смысл, скрытый за конкретностью этих древних речений.
Более подробно и более образно, чем в Новом завете, дается в Евангелии Фомы описание борьбы, которую должен вызвать приход Иисуса на землю. В первоначальном виде это описание, несомненно, относилось к наступлению страшного суда. Гностики могли толковать его как мистическую борьбу света с силами зла, как отделение избранных от всех остальных: «Может быть, люди думают, что я пришел бросить мир в космос, и они не знают, что я пришел бросить на землю разделение, огонь, меч, войну. Ибо пятеро будут в доме: трое будут против двоих и двое против троих. Отец будет против сына и сын против отца…» Основной текст этого речения имеет аналогии в Новом завете; в Евангелии от Матфея сказано: «…не мир пришел я принести, но меч, ибо я пришел разделить человека с отцом его, и дочь с матерью ее, и невестку со свекровью ее» (10:34-35). В этом отрывке нет упоминания войны и огня и снято то напряжение, которое вызывает перечисление бед в отрывке у Фомы — «разделение, огонь, меч, войну…». В Евангелии от Луки аналогичная фраза еще менее внутренне напряженна: «Думаете ли вы, что я пришел дать мир земле? Нет, говорю вам, но разделение; ибо отныне пятеро в одном доме станут разделяться…» (12:51-52). Все три текста восходят к представлениям о конце света, свойственным христианам перед первым иудейским восстанием. В целом текст у Фомы отражает, вероятно, более ранний вариант речения. Как и при включении речений, тексты которых дошли до нас на оксиринхских папирусах, составители и редакторы евангелий от Матфея и от Луки смягчали апокалиптические настроения, выраженные в ранней традиции, отходили от представлений о скором наступлении конца света, а значит, и царства божия на земле.