Другие участники судебного разбирательства, в том числе Багиров, Атакишиев и Емельянов, судебное следствие ничем не дополнили.
После окончания судебного следствия суд перешел к судебным прениям. Первым, как это предусмотрено законом, выступил государственный обвинитель — Генеральный прокурор Союза ССР Р.А. Руденко.
В своей речи он обратил внимание на то что в настоящем деле много общего с делом Рухадзе, Рапавы и других, рассмотренным в сентябре 1955 г. в Тбилиси, поскольку эти дела и привлеченные по ним к уголовной ответственности лица были тесно связаны с преступной деятельностью Берии и его сообщников. Вместе с тем, государственный обвинитель отметил и особенность данного дела, заключавшуюся в особом положении Багирова, которое он занимал среди других участников преступной группы Берии. Это обусловливалось их тесной связью, установившейся между ними ещё” в начале 1920-х гг., когда Багиров был председателем АзЧК, а Берия — его заместителем.
Государственный обвинитель подчеркнул, что на высокие руководящие посты в партии и государстве Багиров мог пробраться только вследствие процветавшего беззакония, обусловленного культом личности и связанными с ним нарушениями норм государственной и партийной жизни.
Далее были проанализированы доказательства, подтверждающие далеко не светлое прошлое Багирова, отмечено, как он беспощадно и жестоко расправлялся с неугодными ему людьми, как подбирал в своё окружение тех, кто был готов беспрекословно исполнять любые его указания.
Была дана характеристика и другим подсудимым, на совести и руках которых кровь многих и многих ни в чём не повинных советских граждан.
В своей речи Руденко проанализировал обстоятельства фальсификации больших групповых дел, по которым были необоснованно репрессированы сотни граждан, большинство из которых расстреляны. Имелись в виду так называемые «шемахинское», «али-байрамлинское», «исмаиллинское» дела, дела на работников Каспийского пароходства, на партийных и комсомольских работников, на работников нефтяной промышленности республики, на работников электростанции «Красная Звезда» и многих другие, исследованные в ходе судебного разбирательства. Государственный обвинитель остановился на роли каждого подсудимого в фальсификации этих дел, указал на организующую и руководящую роль в этом Багирова, отметил, как по требованию последнего другие подсудимые фальсифицировали дела на видных партийных и советских работников, на старых членов партии, которые выступали или могли выступить против Багирова, против его интриг в отношении честных работников, против насаждавшегося им беззакония.
Был также дан краткий анализ причин роста по службе других подсудимых. Отмечено, Багиров возглавлял преступную деятельность всех подсудимых, однако это ни в коей мере не уменьшает степень ответственности каждого из них, преступная деятельность которых была достаточно полно исследована в ходе судебного разбирательства. Их преступная деятельность была направлена не только против отдельных граждан, но и против основ законности в стране, подрывала веру в советский закон и справедливость советского правосудия.
В заключение своей обстоятельной речи Генеральный прокурор СССР обосновал квалификацию содеянного подсудимыми как измену Родине, совершение террористических актов и участие в контрреволюционной организации. В обоснование своих выводов государственный обвинитель сослался на те же доводы, которые приводились им годом ранее в обвинительной речи по делу Рапавы, Рухадзе и других.
Государственный обвинитель не усмотрел наличия обстоятельств, смягчающих ответственность подсудимых, и закончил свою речь словами: «Я требую расстрела всем подсудимым, всем до единого».
Затем выступили защитники подсудимых. Все они оспаривали обоснованность обвинения своих подзащитных в измене Родине, приводя доводы, аналогичные тем, на которые ссылалась защита в судебном процессе по делу Рапавы, Рухадзе и других.
Первым произнёс речь в защиту Багирова адвокат В.Н. Гаврилов. В своей речи, фактические оспаривая доказанность преступных деяний, вменённых в вину Багирову, он остановился на обстоятельствах, которые, по его мнению, следует учесть, принимая решение о сохранении жизни Багирову. Защитник указал, что Багиров «с самого начала встал на сторону Октябрьской революции» и немало сделал для достижения её целей в Азербайджане. В дальнейшем же контроль за деятельностью Багирова ослаб. В результате этого из Багирова выработался руководитель с большим самомнением, зазнайством и верой в свою непогрешимость. Выработке таких качеств у Багирова способствовало и то, что отсутствовало коллективное руководство как в республике, так и во всей стране, молчаливое согласие большинства других руководителей со всем, что делалось Багировым и по его указанию. Что же касается разгула репрессий в 1937–1938 гг., то ведь это было характерно для всей страны. Значит, сделал вывод защитник, обвинение в этой части должно пасть не только на Багирова. Объясняя и оценивая события 1937–1938 гг., нельзя отвлекаться от условий, в которых находилось всё наше общество в то время, считал адвокат.