Семеновский не оспаривал и того, что Маркарян стал своеобразным начальником штаба оперативных групп, от которых к нему поступали все сведения о ходе арестов и результатах следствия. Он же готовил материалы к рассмотрению их на заседаниях «тройки», в состав которой входили первый секретарь ЦК КП/б/ Азербайджана Багиров, народный комиссар внутренних дел и прокурор республики. Следовательно, указывал в своей речи защитник, один Маркарян не может нести ответственность за деятельность этой «тройки».
Не оспаривалось в речи защитника и то, что в бытность Маркаряна с ноября 1938 г. временно исполняющим обязанности наркома внутренних дел республики, а с марта 1939 г. — заместителем наркома, террористические расправы над невиновными продолжались, и к этому самое непосредственное отношение имел Маркарян. В то же время защитник утверждал, что Маркарян был слепым орудием в руках Багирова.
Адвокат Семеновский оспаривал обоснованность квалификации действий Маркаряна как измену Родине и участие в заговорщицкой изменнической группе, просил исключить такую квалификацию содеянного Маркаряном и признать его виновным только в участии в террористических расправах над «многими честными советскими гражданами». Он просил не применять к Маркаряну высшую меру наказания.
Защитник Атакишиева К.Н. Апраксин в своей речи проанализировал причины, приведшие Атакишиева на скамью подсудимых. В этой связи он остановился на том, как подбирал себе Багиров нужных ему людей. Он стремился найти людей с «помарками» в автобиографиях, а Атакишиев был именно таким человеком. Как уже говорилось, он в 1929 г. был судим. Из-под стражи его освободили по распоряжению Багирова. За это Атакишиев был благодарен Багирову, но это и был первый шаг на скамью подсудимых. Атакишиев беспрекословно выполнял все распоряжения Багирова, не задумываясь об их правомерности. Кроме того, сложившаяся к тому времени обстановка позволяла органам НКВД, его сотрудникам совершенно пренебрегать требованиями закона, поскольку считалось, что они во всех случаях имеют дело с врагами народа. Поэтому Атакишиев, указывал защитник, боясь Багирова и «дрожа за своё место и положение», не задумываясь, подписывал справки на арест, обвинительные заключения и другие документы. К тому же, указания на арест ответственных работников давались только Багировым. Хотя Атакишиев имел отношение ко многим делам, но полностью он не провёл ни одного дела, документы, подписанные им, не предрешали исход дел.
Адвокат не оспаривал того, что действия Атакишиева объективно способствовали осуществлению вражеских планов, но, по его мнению, не была доказана общность замыслов Берии и Багирова, с одной стороны, и Атакишиева — с другой. Он не был посвящен в их планы. С учетом сказанного Апраксин просил исключить обвинение Атакишиева в измене Родине, учесть общую обстановку, сложившуюся в стране в 1937–1938 гг., и даровать своему подзащитному жизнь.
Последним выступал М.М. Гринёв, защищавший Емельянова. В своей речи он указал, что Емельянов совершил тяжкие преступления, но его фактическое участие в них, по сравнению с другими подсудимыми, всё же значительно меньше. Требование государственного обвинителя о применении к Емельянову высшей меры наказания едва ли является правильным.
Далее защитник остановился на биографических данных Емельянова: до 1939 г. в органах НКВД не работал, был рабочим, окончил Азербайджанский индустриальный институт, после чего работал на железной дороге. В 1938 г. перешел на партийную работу — был избран первым секретарём Дзержинского райкома г. Баку, а 28 марта 1939г. был назначен народным комиссаром внутренних дел Азербайджанской ССР. Емельянов фактически не имел опыта ни партийной, ни чекистской работы. Он слепо верил Багирову и полагался на тех, кого Багиров оставил в аппарате АзНКВД. Не выполнять преступные приказы Багирова у Емельянова не хватило гражданского мужества. Он боялся попасть в положение тех, с кем Багиров расправлялся, примиренчески относился к творившимся беззаконию и произволу, сжился с этим и сам в «последующем допустил ряд преступлений», сказал защитник. Тем не менее, Гринёв считал, что Емельянову необоснованно вменено обвинение в измене Родине, поскольку его подзащитный в изменнической группе не состоял, умысла на совершение этого преступления у него не было.