По инициативе Пачулии в НКВД Абхазской АССР был создан так называемый водяной карцер. Вот что он из себя представлял.
Это было небольшое герметичное помещение, которое заполнялось водой до уровня 20 сантиметров от пола. В него помещали донага раздетых заключённых, которым в течение нескольких суток не давали ни воды, ни пищи. Их не выводили для отправления естественных надобностей. Загрязненная испражнениями вода вызывала на теле арестованных воспалительные процессы и отёки. Некоторые истязаемые находились в таких условиях до 30 суток.
Широко применялись и другие методы принуждения к даче ложных показаний. Арестованных избивали палками, резиновыми дубинками, скрученной верёвкой, ножками от венского стула, шомполом, скрученной из проволоки плетью. Их заставляли брать чемоданы, забитые кирпичами, и стоять на одной ноге. Как правило, эти люди через непродолжительное время теряли сознание.
В летнее время арестованных одевали в меховую шубу, валенки, шапку-ушанку, давали в руки чемодан с грузом, и в таком виде заставляли стоять. Случалось, что арестованных ставили на голову к стенке и в таком положении их допрашивали.
В результате использования таких методов «следствия» многие арестованные умирали, кончали жизнь самоубийством, теряли рассудок.
Арестованный Байковский был избит до смерти на первом же допросе, а его показания не были зафиксированы. Также не фиксировались показания фактически убитых Джикирбы, Чукбара, Мамяна. Есть все основания полагать, что следственные дела в отношении этих лиц не заводились, поскольку они так и не были обнаружены. От избиений умерли и другие арестованные — Гидаба, Лупиан, Криштоф, Гегелашвили… Убийство Гегелашвили было оформлено вынесением постановления «тройки» о его расстреле.
Всего же за время работы Пачулии наркомом внутренних дел Абхазской АССР в результате избиений, всевозможных пыток и нечеловеческих условий содержания под стражей умерли 59 человек.
Было установлено, что Пачулия лично участвовал в избиении Джикирбы и Чукбара. Жестоко избитый им арестованный Руссо в результате стал инвалидом. Пачулия также участвовал в избиениях арестованных Илькова, Добровольской, Джих-оглы, Барциц, Симонова, Капиш и других. Все они впоследствии были реабилитированы.
По инициативе Пачулии и под его руководством были сфальсифицированы дела о якобы существовавших контрреволюционных организациях, таких, как: «Параллельный центр в Абхазии», «Вредительская организация в Госбанке», «Террористическая организация в органах суда и прокуратуры», «Диверсионная организация в типографии газеты «Советская Абхазия», «Шпионская организация в Сухумском порту», «Дашнакская организация» и «Контрреволюционная организация в системе Наркомпроса».
За «принадлежность» к этим мифическим организациям были необоснованно арестованы многие руководящие работники Абхазской АССР.
Применяя меры физического воздействия, Пачулия и его подчиненные принуждали арестованных, подписывать, например, заранее подготовленные их «показания» о существовании «Параллельного центра», в состав которого «включили» более 50 человек, в том числе секретаря Абхазского обкома партии, деггутата Верховного Совета СССР Виктора Кукбу, секретаря Очамчирского райкома партии, депутата Верховного Совета СССР Патона Кикорию, секретаря Гудаутского райкома партии Виктора Барцицу, управляющего трестом «Абтабаксырьё» Анатолия Капшу, начальника Сухумского порта Александра Митрофанова и секретаря парткома порта Дмитрия Шемадова. Всех их арестовали. На основании постановления Особого совещания при НКВД СССР Барциц и Кукба были лишены свободы, а все остальные — освобождены из-под стражи после снятия Пачулии с должности наркома внутренних дел Абхазской АССР.
По указанию Пачулии были арестованы бывший прокурор города Сухуми Иван Шария, бывший помощник прокурора Абхазской АССР Мелик Калайджан и секретарь прокуратуры республики Михаил Цурцулия. Их арестовали как членов «Террористической организации в органах суда и прокуратуры».
В ходе их избиения Пачулия домогался показаний о принадлежности прокурора республики Шонии и председателя Верховного Суда Абхазской АССР Антии к указанной «террористической организации». Но их не успели осудить. Все они были освобождены из-под стражи после снятия Пачулии с должности.
Пачулия лично руководил следствием по делам работников Госбанка Абхазской АССР. В результате жестоких избиений от них получили показания о существовании вредительской организации в Госбанке республики. Многие работники этого учреждения были арестованы. В ходе «следствия» умерли, а фактически были убиты управляющий Госбанком Чукбар, его сотрудник Кедров. Заместитель управляющего Танан был расстрелян на основании постановления тройки при НКВД Грузинской ССР. Остальных арестованных затем освободили из-под стражи.