В июле 1938 г. по распоряжению Пачулии начальник отделения НКВД Сухумского порта Вольфсон составил схему организации стрелкового полка, дислоцированного в Сухуми. Эту схему передали провокатору Пушкину, который подложил её на стол Илькова — бухгалтера управления Сухумского порта. Как только это было сделано, Илькова сразу же арестовали и стали жестоко его избивать. Ильков «признался» в том, что он занимался шпионажем в пользу иностранной разведки. Оговорил он и других в совершении такого же преступления.
Ильков тоже не дождался суда, он был убит в ходе «расследования» его дела.
По указанию Пачулии были переданы на рассмотрение «тройки» при НКВД Грузинской ССР дела на 72-х человек, обвинявшихся в принадлежности к «Дашнакской организации».
О том, как фальсифицировались дела этой мифической организации, рассказано выше.
По инициативе Пачулии и с его участием фальсифицируется дело о «Контрреволюционной организации в системе Наркомпроса». Арестовывается заместитель наркома просвещения Абхазской АССР Цхомария и другие сотрудники наркомата. Цхомария и инспектор этого наркомата Накопил были расстреляны на основании постановления тройки при НКВД Грузинской ССР.
С июля 1937 г. по ноябрь 1938 г. по распоряжению Пачулии были арестованы 2186 человек, из которых 749 человек были расстреляны на основании постановлений тройки при НКВД Грузинской ССР, а 794 человека — приговорены к лишению свободы на длительные сроки. Более 500 человек впоследствии были освобождены как необоснованно арестованные.
В суде Пачулия не отрицал совершение им перечисленных преступлений, но считал, что всё содеянное им образует лишь состав преступления, предусмотренного ст. 58–7 УК Грузинской ССР, то есть вредительство.
Военный трибунал Закавказского военного округа признал Пачулию виновным в совершении преступлений, предусмотренных ст. 58–7, 58–8 и 58–11 УК Грузинской ССР, приговорив его к высшей мере наказания — расстрелу.
8 сентября 1956 г. дело Пачулии рассматривалось Военной коллегией Верховного Суда СССР в кассационном порядке. Приговор в отношении Пачулии был изменён: Военная коллегия нашла, что обвинение Пачулии в совершении преступления, предусмотренного ст. 58–11 УК Грузинской ССР (участие в контрреволюционной организации) фактически ничем не доказано и в приговоре оно никак не обосновано. Поэтому обвинение Пачулии в этой части исключено из приговора.
Военная коллегия в своём определении указала, что после освобождения от должности наркома внутренних дел Абхазской АССР Пачулия занимался трудовой деятельностью (перед арестом он — старший тренер детских футбольных команд, заслуженный мастер спорта), других преступлений не совершал.
В соответствии с примечание 1 к ст. 15 УК Грузинской ССР, если суд найдет возможным применение к подсудимому давности, то при назначении ему высшей меры наказания — расстрела, эта мера наказания должна быть заменена лишением свободы. Поэтому Военная коллегия Верховного Суда СССР заменила Пачулии расстрел лишением свободы сроком на 25 лет.
Из приведённых данных видно, что Пачулия усердно боролся с «врагами народа», видимо, чрезмерно усердно даже с точки зрения руководства НКВД Грузии. Ведь целых семь контрреволюционных организаций «разоблачил» он на территории совсем небольшой Абхазии. Имея в виду «результаты» деятельности Пачулии, вполне правомерно предположить, что он стал одиозной личностью, и от него освободились. Это было сделано фактически безболезненно для Пачулии. Ведь немало было случаев, когда лиц, подобных Пачулии, расстреливали. Как и тех, кого эти лица «разоблачали».
Решение Военной коллегии Верховного Суда СССР о применении к Пачулии примечания I к ст. 15 УК Грузинской ССР и об исключении из приговора обвинения в совершении им преступления, предусмотренного ст. 58–11 УК Грузинской ССР, представляется совершенно справедливым. Действительно, Пачулия в течение семнадцати лет после совершения тяжких преступлений занимался общественно полезным трудом, других преступлений не совершал. Не состоял он и ни в какой контрреволюционной антисоветской организации. Впрочем, не состояли в таких организациях Рапава, Рухадзе, Багиров и другие осуждённые с ними лица, о чём уже говорилось.
Дело С.С. Давлианидзе