Алексей Михайлович — необычайно образованный для своего возраста монарх — внимательно наблюдал за ходом прений с лютеранами, и неудача этих прений, столь важных для России и для него лично (при том, что он был уверен в правоте русских в этом споре по существу дела), показала ему (как, вероятно, показывало и многое другое в окружающей его действительности): Россия должна учиться и должна начать учиться немедленно. Сам Алексей Михайлович, воспитанный под руководством боярина Б.Морозова (одного из удачнейших в России промышленников и богатейших хозяев; к концу его жизни его ежегодный доход превосходил 100 000 р.), ознакомленный им (в том числе и с помощью западных гравюр, что было новым методом обучения) с жизнью Европы и даже нашивавший «немецкий» костюм, понимал важность хозяйственного и технического прогресса, любил и умел работать и учиться, уважал и «ценил» (и буквально ценил, что выражалось в очень больших цифрах годового жалованья) знающих и работоспособных людей, в том числе иностранцев. При этом царь был воспитан в православии и любви и уважении к Церкви и богослужению, которое прекрасно знал.
При молодом царе обновилось и омолодилось царское окружение, появились и новые идеи и замыслы, которые поддерживал царский духовник. Он и его друг, протопоп Казанского собора на Красной площади Иван Неронов (переведенный в Москву из Нижнего Новгорода в 1647 г. по инициативе Стефана и боярина Ф.М.Ртищева), поддержали (в их совещаниях участвовал и патриарх) мысль молодого царя (вероятно, родившуюся под впечатлением, произведенным на него учеными советниками принца Вальдемара, всем неудачным диспутом вообще и его затянутостью — полтора года! — в частности) вызвать в Москву лучших проповедников-протопопов из провинциальных русских городов. Можно думать, что с другой стороны это был 1-й шаг в осуществлении грандиозной программы царя Алексея Михайловича — создать всеправославное царство с центром в Москве; если так, то эта программа, следовательно, уже тогда, в самом начале его царствования, была осознана, или, скорее, лишь интуитивно прочувствована и им, и, что очень важно, его советниками — Ртищевым, Нероновым и Вонифатьевым. Последующими шагами, для совершения которых был необходим этот 1-й, вероятно, должны были стать: 2) вызов в Москву большого количества высококвалифицированных переводчиков с греческого, 3) ускорение и завершение в Москве под наблюдением собравшихся туда лучших духовных лиц России правки устава богослужения и богослужебных книг, 4) тиражирование выправленных текстов и замена ими (по всей России, начиная с Москвы) старых, невыправленных, 5) единообразие и благочиние богослужения, 6) заведение в Москве школы и 7) распространение всего этого (через школу) на провинцию. Царь Алексей Михайлович, чувствуя необходимость Москве учиться, сделал 1-ю попытку найти хороших учителей — своих же великороссов — протопопов; несогласия с ними заставят впоследствии его же совершить 2-ю — учиться у малороссов, 3-ю — у греков, а затем его сына — 4-ю — у немцев. Собирание в Москве лучших духовных сил России было, с третьей стороны, продолжением деятельности Неронова по обновлению и улучшению приходской жизни и богослужения, которую он самоотверженно вел уже давно, и, вероятно, и было им и Стефаном подсказано царю.
Были вызваны в Москву протопопы: Аввакум из Юрьевца (под Нижним Новгородом), Лазарь из Романова-Борисоглебска (под Костромой), Даниил из Костромы, Лонгин из Мурома; с ними сблизился и Соловецкий архимандрит Никон, задержанный в Москве волей царя. Эти влиятельные духовные лица и Неронов, связанные дружбой и общностью идеалов и стремлений, называются обычно в исторической литературе «кружком боголюбцев»; их деятельность стала ориентиром для широкого движения среди русской церковной иерархии. Они продолжили дело нижегородских священников, которые, стремясь к очищению Русской Церкви от застарелых пороков и недостатков, подали (во главе с Нероновым) в 1636 г. «память» об этих недостатках патр. Иоасафу и просили его принять срочные меры для поднятия благочестия в России. В частности, запретить многогласие (одновременное пение и чтение в церкви разных текстов для ускорения утомительно длинного богослужения, которое при таком пении и чтении становилось неразборчивым и непонятным), о чем в их «памяти» говорилось: «говорят голосов в пять-шесть и более, со всем небрежением, поскору», и принять меры к улучшению нравов духовенства и народа. С тех пор положение с многогласием улучшилось (пели и читали только в 2–3 голоса), но оставалось все же неудовлетворительным; прочие вопиющие церковные проблемы беспокоили царя Алексея Михайловича, его духовника и их друзей — протопопов по-прежнему, как и лучших духовных лиц во многих городах России. Собравшиеся в Москве боголюбцы, от всей души стремившиеся очистить Русскую Церковь от гибельных для Нее и народа пороков, имели (при сочувствующем им молодом и деятельном царе) для выполнения своей программы больше возможностей, чем кто-либо иной в другие эпохи русской истории; имели они и достаточное количество последователей по всей России. (О пороках и недостатках русской церковной жизни, к середине XVII в. уже застарелых, см. [75, с. 240–256]).