Распутин, несомненно, был в той или иной степени знаком с религиозной практикой хлыстов, но сам к секте не принадлежал. Вероятно, у хлыстов он заимствовал обряд общего чаепития со своими поклонниками и главным образом поклонницами.
6 сентября 1907 года, по доносу 1903 года, поступившему от о. Петра Остроумова, Тобольской консисторией было заведено дело на Распутина, который обвинялся в распространении лжеучения, подобного хлыстовскому, и образовании общества последователей своего лжеучения.
Распутину инкриминировали занятие врачеванием без диплома, а также проповедничество без принадлежности к духовенству, поскольку сам он в иноки идти не хотел. Дочь Матрена показала на следствии, что отец «говорил, что ему не по душе монастырская жизнь, что монахи не блюдут нравственности и что лучше спасаться в мире». Будто бы две девицы Дубровины, сестры жены Распутина, по словам односельчан, умерли из-за «издевательств Григория». Сам Распутин настаивал, что они умерли от чахотки, и в этому ему можно вполне поверить.
Распутину также вменяли в вину эпизод насильственного поцелуя 28-летней просфорни Евдокии Корнеевой. Между ними была устроена очная ставка. Как отмечалось в протоколе, «обвиняемый отрицал это показание частью вполне, а частью отговариваясь запамятованном («6 лет тому назад»)».
У следствия имелись также показания священника Покровской церкви отца Федора Чемагина, который «зашел (случайно) к обвиняемому и видел, как последний вернулся мокрый из бани, а вслед за ним оттуда же пришли и все жившие у него женщины – тоже мокрые и парные. Обвиняемый признавался, в частных разговорах, свидетелю в своей слабости ласкать и целовать барынешек, сознавался, что был вместе с ними в бане, что стоит в церкви рассеянно». Распутин «возразил, что он в баню ходил задолго до женщин, а сильно угоревши, лежал в предбаннике, оттуда вышел действительно парный, – незадолго до (прихода туда) женщин».
Первоначальное расследование провел священник Никодим Глуховецкий. На основе собранных фактов протоиерей Дмитрий Смирнов, член Тобольской консистории, подготовил рапорт епископу Антонию с приложением отзыва о рассматриваемом деле специалиста по сектам Д. М. Березкина, инспектора Тобольской духовной семинарии.
Д. М. Березкин в отзыве о ведении дела отметил, что следствие произведено «лицами, малосведущими в хлыстовстве», которые обыскали лишь жилой двухэтажный дом Распутина, хотя известно, что место, где происходят радения, «никогда не помещается в жилых помещениях… а всегда устраивается на задворках – в банях, в сараях, в подклетях… и даже в подземельях… Не описаны картины и иконы, найденные в доме, между тем в них обычно кроется разгадка ереси…» После чего тобольский епископ Антоний постановил произвести доследование по делу, поручив его опытному противосектантскому миссионеру.