Запись, которую всегда используют при сравнении последовательности митохондриальной ДНК, представляет собой число отличий от эталонной последовательности — в этом качестве выступает самая первая митохондриальная ДНК, последовательность которой была расшифрована в 1981 году учеными из Кембриджа. В запись вносятся порядковые номера тех оснований, которые не совпадают с эталонными: например, если последовательность исследуемой ДНК отличается от эталона по пятнадцатой и сотой позиции, то краткая запись выглядит так: 15, 100. Последовательность ДНК в образце герцога Эдинбургского, записанная по этому способу, выглядела как 111, 357. Все прочие 498 позиций в цепочке из 500 оснований точно совпадали с исходной.
Всегда сложнее получить полную, ненарушенную последовательность ДНК в ископаемых образцах по сравнению с современными. От времени молекулы могут дробиться, так что даже контрольный регион — относительно короткий сегмент, состоящий из 500 оснований, предстояло восстанавливать из ряда перекрывающихся фрагментов по 100 оснований или около того. Это была кропотливая работа, но в конце концов последовательность предполагаемой царицы и детей была воссоздана. Последовательность оказалась в точности такой же: 111, 357. Налицо было полное совпадение с данными герцога Эдинбургского.
Такой триумфальный результат, однако, не удалось повторить в случае с мужчиной, предполагаемым царем. Полного совпадения последовательностей у него и князя Трубецкого не было. ДНК князя имела последовательность 126, 169, 294, 296, в то время как у предполагаемого царя были отклонения от эталона только по позициям 126, 294 и 296 — последовательность очень похожая, но не идентичная! Это было ударом для всех. Столько неоспоримых фактов, казалось, свидетельствовало о принадлежности найденных тел семье Романовых, имелось, наконец, полное совпадение, полученное при анализе генетического материала останков женских скелетов и герцога Эдинбургского. Однако, решившись на проведение генетического анализа, невозможно потом отмахнуться от его результата. Близкое сходство не есть совпадение. А если материнская цепочка, ведущая через шесть поколений к князю Трубецкому, не была нарушена, то совпадение должно было быть полным.
Существовала ли вероятность того, что князь в действительности не приходился родственником царской семье, вопреки записи в родословной? В этом случае, где-то на линии от Луизы Гессе-Кассельской к царю и далее, к Трубецкому, должен был иметься разрыв. Это означало, по сути дела, что матерью кого-то в этой цепочке была не записанная в родословной, а другая женщина. Такая возможность всегда существует — ребенка могут усыновить или перепутать детей при рождении, но в данном случае это были лишь смутные предположения. Другое дело, если бы речь шла о мужской линии. Биологическим отцом ребенка легко может оказаться не тот мужчина, который женат на матери, но в случае с матерью подобную подмену организовать куда сложнее. В конце концов, сам момент рождения немыслим без присутствия обоих — матери и дитяти. Таким образом, при формальном подходе можно было сделать единственный вывод: перед нами не царь, а поскольку другие генетические анализы абсолютно достоверно указывают на него как на отца детей, то, следовательно, исследуемые останки вообще принадлежат не царской семье.
Однако невозможно было отвернуться от факта, что последовательности митохондриальной ДНК у Трубецкого и тела мужчины из раскопок не совпадали полностью, они все же были очень схожи. Такое близкое попадание навело на следующую мысль. У них совпадали три мутации в позициях 126, 294 и 296, у Трубецкого имелась и четвертая, в позиции 169. Не могло ли случиться, что при считывании последовательности ДНК у предполагаемого царя была допущена ошибка? Всей группой мы вернулись к исходной записи, выданной аппаратом, расшифровывающим последовательности, и принялись внимательно всматриваться в показания по позиции 169 в образце «Царь». Сама запись выглядит как четыре местами перекрывающиеся и пересекающие друг друга линии разных цветов, которые представляли показания четырех каналов, каждый из которых определял наличие одного из четырех оснований: красный цвет соответствовал Т, черный — Г, синий — Ц, а зеленый — А. У Трубецкого след в позиции 169 выдавал явственный красный пик, соответствующий Т (мутация), а след в пробе «Царя» в той позиции выглядел как небольшой синий пик Ц, точно такой же, как в эталонном образце. Однако, присмотревшись, можно было различить, что под синим пиком проглядывает слабый всплеск красного цвета. Не может ли это означать, что ДНК «Царя» представляет собой смесь двух разных митохондриальных ДНК: одной, основной, с последовательностью 126, 294, 296, и другой, представленной в гораздо меньшем количестве, с той же последовательностью, плюс мутация в позиции 169? Выяснить это можно было только одним способом — клонировать образец.