В 1979 году Чухачев экстерном сдал экзамены за полный курс Московского высшего общевойскового командного училища им. Верховного Совета РСФСР. Впоследствии, в 1990 году, уже будучи зачислен в ряды Вооруженных сил СССР, он окончил Высшие офицерские курсы «Выстрел».
С 1982 по 1984 год Чухарев в составе ограниченного контингента советских войск исполнял интернациональный долг в Афганистане. Там он создал кинологическую службу 40-й армии. Начав службу практически с нуля, Евгений Николаевич создал такую службу, которая оказалась востребована и во время военных действий, и в мирной жизни: в стране шла минная война, карт минных полей не было, к тому же в Афганистане стали применяться мины в неметаллических оболочках, да и железнорудные аномалии делали применение миноискателей невозможным. К сожалению, опыт применения минно-розыскных собак в годы Великой Отечественной войны был за ненадобностью не востребован, а вернее — утрачен. Пришлось все восстанавливать заново. К счастью, к этому времени еще были живы участники войны, создатели этой службы: генерал-майор Г. П. Медведев, подполковник А. П. Мазовер и другие. Благодаря их мудрым советам была создана в войсках, находившихся в Республике Афганистан, разветвленная сеть кинологических постов. Это послужило основой для практического применения минно-розыскной службы в Афганистане, завоевания ею огромного авторитета в войсках, что позволило на основе боевого опыта делать правильные выводы и принимать радикальные решения для дальнейших боевых действий.
Находясь в Афганистане, Евгений Николаевич выступил как активный организатор подготовки и применения служебных собак в обеспечении боевых действий. Вот его высказывания в интервью корреспонденту газеты «Красная Звезда» (ноябрь 1992 года):
«По поведению собак мы довольно точно могли прогнозировать, когда будет обстрел. Движется, например, колонна, и вдруг собаки начинают нервничать, не находят себе места. Это сигнал к опасности. Через 10–15 минут, как правило, следует обстрел колонны, но мы уже готовы к этому, заняли позиции…»
После возвращения в 1984 году из командировки Чухачев был назначен командиром учебной роты, а затем и батальона по подготовке специалистов минно-розыскной службы, а вскоре стал и заместителем начальника школы по специальной подготовке. В 1991 году он занял пост командира (начальника) Центральной школы по подготовки младших специалистов караульной службы (военного собаководства). Это было трудное время в истории всей страны и, конечно, в жизни школы. Страдала материально-хозяйственная часть школы и военного городка в целом, шли постоянные перебои в снабжении продовольствием, вещевым и денежным довольствием. Отдельные специалисты-кинологи стали поглядывать в сторону «гражданской жизни». В этой сложной и запутанной обстановке полковнику Е. Н. Чухареву удалось сохранить все хорошее, что было оставлено в наследство предшественниками, создать новое — свое.
Благодаря его настойчивости и целеустремленности школа в 1994 году была реорганизована в 470-й методико-кинологический центр военного собаководства Вооруженных сил Российской Федерации. Вместо имеющихся пяти рот по подготовке специалистов военного собаководства было создано несколько батальонов со всеми вытекающими последствиями требований текущего момента. Появился служебный рост и стимул для офицерского состава, увеличилось число рабочих мест для гражданского персонала и т. п. С появлением новых задач и новых возможностей резко пошла на подъем и кинологическая служба. Военные собаководы стали чаще демонстрировать свои навыки на выставках, показательных выступлениях и спортивных соревнованиях. Именно в этот период кавказская овчарка Осман-2 становится в Дортмунде чемпионом мира среди представителей своей породы. И это было только начало.
Одновременно полковник Чухарев был избран председателем Президиума Федерации служебного собаководства СССР (1991–1992 годы). Он активный пропагандист служебного собаководства в системе РОСТО Российской Федерации и организатор ежегодных учебно-методических сборов специалистов клубов служебного собаководства (1991–2003 годы). В соавторстве с другими специалистами-кинологами Евгений Николаевич участвовал в разработке и написании учебников для обучения войск и курсантов школы — «Основы военного собаководства», «Дрессировка и применение военных собак», «Учебно-методическое пособие по подготовке расчетов минно-розыскных собак».