Хотя в 2003 году полковник Чухарев уволился из рядов ВС РФ, но он был тем человеком, которому постоянно нужно было идти вперед, искать новое. Поэтому предложение Государственного таможенного комитета (ныне Федеральная таможенная служба) РФ возглавить Кинологический центр ГТК/ФТС РФ было воспринято им как новое дело, которое по своим возможностям и перспективам было ему по душе. И снова все с нуля. Его идеи порой многим казались фантастикой. Тем не менее они воплощались в жизнь. Новое дело было для него очень интересным: человек выдающихся организаторских способностей, высококвалифицированный специалист-кинолог, мудрый педагог и талантливый воспитатель, он в короткое время смог наладить работу. Всего за семь лет, отпущенных ему историей, он сумел создать эффективную службу, чьи представители и сегодня плодотворно трудятся на всех границах нашей Родины. Его авторитет специалиста-кинолога был настолько высок, что он был единодушно избран председателем Кинологического совета силовых структур России и стран СНГ, как закономерный итог — присвоение звание генерал-майора таможенной службы. За время службы Евгений Николаевич Чухарев был награжден многими правительственными наградами: орденами «Красная Звезда» и «За военные заслуги», рядом медалей Министерств обороны и внутренних дел, таможенной службы, погранвойск и других.
Было много задумок, проектов, но их выполнение пришлось воплощать в жизнь его боевым друзьям, соратникам, ученикам.
12 ноября 2010 года Евгения Николаевича Чухарева не стало. Ушел из жизни специалист-кинолог, «генерал от кинологии», как он и его друзья называли, просто ушел из жизни хороший и добрый человек.
От автора. Моя совместная служба с Евгением Николаевичем была не долгой, но мне длительное время довелось наблюдать его становление как командира, воспитателя и руководителя. Будучи заместителем командира школы по политической части, я часто бывал в роте, которую возглавлял Евгений Николаевич, помогал в воспитательной работе, подсказывал и направлял. С ним было легко: понимание солдатской службы, боевой опыт, вникание во все тонкости воспитательной работы, энтузиазм, энергия и организаторские способности, конечно, любовь к животным, все это выгодно выдвигало Евгения Николаевича на передний план в офицерской среде. Его авторитет в профессии военного собаковода, особенно после командировки в Афганистан, в подготовке вожатых минно-розыскной службы был непререкаем. Наблюдая за его профессиональным ростом как командира, мне было приятно, что дело военного собаководства в надежных руках и идет славное его продолжение.
За время руководства школой Евгений Николаевич завоевал авторитет и уважение подчиненных и начальников. Завоевал не стремлением к карьере, а добросовестной службой, преданностью делу, не показной, настоящей любовью к своим четвероногим друзьям. Не случайно среди подчиненных его за глаза, да и нередко в глаза называли «собачий папа». Впрочем, он не обижался.
С грустью воспринял я уход Евгения Николаевича с военной службы, но после нескольких встреч с ним на праздновании Дня части, его рассказа о Кинологическом центре ФТС России, о его задачах, решаемых вопросов и т. д., понял: человек на своем месте. Он пригласил меня побывать в центре, но этому не суждено было осуществиться. И как-то в голове не укладывается, не верится, что Евгения Николаевича среди нас нет, так и кажется, что вот-вот он появится и, как прежде, возьмет руководство на встречах ветеранов в свои руки.
Друзья и соратники не забыли Евгения Николаевича. В рамках таможенных органов РФ проводится чемпионат среди специалистов-кинологов на кубок памяти генерал-майора таможенной службы Е. Н. Чухарева. Это увлекательный профессиональный спортивный праздник, сочетающий в себе высококлассную технику мастеров и эмоциональность состязания. Соревнования способствуют повышению профессионального мастерства, популяризации деятельности кинологов в таможенных органах, неразрывной связи с именем организатора и первого начальника центра. В Дмитрове проводится турнир по волейболу, посвященный памяти ветерана боевых действий в Афганистане Е. Н. Чухареву. Не забыли о Евгении Николаевиче и в Дмитровском политехническом колледже: именно с его подачи, его усилиями и при его непосредственной помощи колледж начал готовить специалистов-кинологов.