С. О. Макаров подчеркивал, что не менее важным условием обеспечения непотопляемости является герметичность отсеков: водонепроницаемыми должны быть не только переборки, но и палубы, ограничивающие отсек. Молодой ученый разработал конструктивные чертежи герметических крышек на палубные люки и горловины второго дна. Забегая вперед, отметим, что одной из причин гибели Русалки 23 года спустя было именно отсутствие герметических крышек, на необходимость использования которых указывал С. О. Макаров, изучив обстоятельства аварии монитора. С. О. Макаров даже привел результаты расчетов, которые показали, что при использовании герметических крышек в кормовое машинное отделение влилось бы в шесть раз меньше воды, в камбуз — в восемь раз меньше.
Молодой ученый разработал также схему водоотливной системы, которая позволяла бы использовать на судне любые помпы для осушения любого отсека, чтобы не повторилось положение, возникшее на Русалке, когда матросы надрывались, откачивая воду ручными помпами, а мощные паровые помпы было невозможно использовать.
Изучив обстоятельства аварии Русалки, С. О. Макаров предложил снабдить все корабли постоянным пластырем четырехугольной формы, который в случае необходимости можно было бы накладывать на пробоину с наружной стороны корпуса. Через несколько лет после аварии на Русалке такими пластырями снабдили все корабли Балтийского флота.
Свои исследования С. О. Макаров привел в статье (журнал «Морской сборник» за 1870 г.). За эту работу С. О. Макарову на четыре года раньше срока было присвоено очередное звание лейтенанта.
Так, исследование аварии на мониторе Русалка положило начало научной деятельности С. О. Макарова в области теории корабля, а его работа «Броненосная лодка Русалка» явилась краеугольным камнем в науке о непотопляемости корабля.
Позднее на Русалке были другие аварии, но в сентябре 1893 г. монитор находился в строю. Весной 1893 г. Русалку тщательно осмотрели корабельные инженеры Кронштадтского порта и пришли к выводу, что ее корпус годен к службе еще на 17 лет, двигатели — на 9 лет, котлы (их заменили в 1891 г.) — на 10 лет.
Закончились летние стрельбы учебно-артиллерийского отряда, в который входила Русалка, переведенная в 1892 г. в класс броненосцев береговой обороны. Как всегда, во время летних стрельб этот отряд базировался на порт Ревель (Таллин), и в сентябре ему предстояло вернуться в Кронштадт.
В состав отряда входили самые разные корабли: быстроходные и тихоходные, с хорошими мореходными качествами и с явно недостаточной мореходностью, и командир отряда контр-адмирал П. С. Бурачек приказал капитану II ранга В. X. Иенишу, командиру Русалки, сняться с якоря 7 сентября и в сопровождении канонерской лодки Туча идти в Гельсингфорс (Хельсинки), а оттуда шхерами следовать на соединение с отрядом в Биорке. Остальные корабли должны были выйти из Ревеля в Биорке на следующий день — 8 сентября.
Решение контр-адмирала П. С. Бурачека было правильным: если бы Русалка сразу пошла на Кронштадт, ее основной путь лежал бы в открытой части Финского залива, а это было опасно из-за неблагоприятных гидрометеорологических условий и низких мореходных качеств корабля. Путь же от Ревеля до Гельсингфорса составлял всего 46 миль, из них в открытой части залива только 30 миль. Переход должен был занять только 6 ч, из них по открытому заливу — 4 ч, так что риск был сравнительно невелик.
Просчет адмирала был в другом. Обычно в сентябре погода ухудшалась примерно с полудня и успокаивалась к вечеру. Поэтому Русалка и сопровождающий ее корабль должны были выйти на рассвете, часов в пять утра, чтобы к полудню добраться до Гельсингфорса. П. С. Бурачек же приказал кораблям сниматься с якоря в 8 ч утра, и командиры Русалки и Тучи не решились ослушаться своего начальника.
В. X. Иениш договорился с командиром канонерской лодки, что Русалка, как менее быстроходный корабль, будет следовать в кильватере Тучи. Не прошло и часа со времени выхода из Ревеля, как ветер начал заметно свежеть, волнение усилилось, и к 12 ч над заливом свирепствовал 9-балльной шторм.
Русалку сразу же начало заливать. Согласно инструкции, командир В. X. Иениш должен был немедленно закрыть люки верхней палубы герметическими крышками, которыми после опубликования упомянутой работы С. О. Макарова снабдили все корабли Балтийского флота. Герметические крышки забыли еще в Кронштадте.